霍姆斯在摩亞門森監獄的牢房中坐著。摩亞門森監獄是一棟帶有塔樓的大型建築，位於費城南部的第十街和里德街交匯處。雖然霍姆斯抱怨自己入獄是不公平的，但似乎並不覺得不安。「比起需要忍受的不適，自己變成犯人帶來的極大羞辱更令我痛苦不堪。」他寫道。但事實上，他根本就沒有感到絲毫的恥辱。如果說他有任何感覺，那就是一種自鳴得意的滿足感：目前為止沒有任何人能找到確鑿的證據，證明他殺了本·皮特澤爾或者失蹤的孩子們。
他的牢房長十四英尺，寬九英尺，外牆高處有一扇裝有鐵欄的小窗，裡面只有一盞電燈，獄警每天晚上九點會將它熄滅。牆壁被刷成了白色。監獄的石牆將現在費城以及美國大範圍肆虐的炎熱擋在了外面，但無法擋住費城那臭名遠揚的潮濕空氣。這種空氣像一條受了潮的羊毛斗篷一樣緊緊纏著霍姆斯和其他囚犯，不過，他似乎同樣不怎麼在意。霍姆斯變成了模範囚犯——事實上成了模範中的模範。他耍了一些伎倆，用他的魅力從獄警處換來了一些特權，比如可以穿自己的衣服，還可以保留自己的手錶和一些小的隨身物品。他還發現可以花錢買到食物、報紙和雜誌，這些都是從外面來的。在報紙上，他得知自己已在全國範圍內越來越臭名昭著。他也得知那位在六月和他面談過、名為弗蘭克·蓋爾的費城偵探現在正在中西部搜尋皮特澤爾的孩子們。這個消息讓霍姆斯很高興，滿足了他需要關注的心理，也給了他一種掌控偵探的權力感。他知道蓋爾的搜尋只會是徒勞無功。
霍姆斯的牢房裡還有一張床、一把凳子和一個書桌，他就在這桌上寫自己的回憶錄。他自稱，前一個冬天他就已經開始動筆了——更準確地說，是從一八九四年十二月三日開始的。
回憶錄的開頭，他彷彿在寫一篇寓言故事：「如果你願意，請跟著我來到一座安靜的新英格蘭小村莊……我，赫爾曼·W·馬蓋特，這篇回憶錄的作者，於一八六一年出生在這裡。我沒有理由認為我的童年時光和任何一個在鄉村長大的普通男孩有什麼不同。」日期和地點都是準確的。不過，他將自己的童年描述成典型的田園牧歌式的生活，這幾乎可以肯定是捏造的。精神變態者的一個典型特徵是從童年起就隨性地撒謊，對動物和其他小孩展現出異常的殘忍，並且經常做出破壞行為，其中最受他們喜愛的是縱火。
霍姆斯還在回憶錄中插入了「監獄日記」。他聲稱從進入摩亞門森監獄的第一天就開始寫了。但更有可能的是，他是為了寫回憶錄才特地創作了這些日記，目的是製造一種溫暖而虔誠的印象，讓他自稱無罪的說法更有力度。在日記里，他自稱制訂了一套日程表，目標是進行自我提升。每天早上，他會在六點三十起床，進行「每日海綿擦洗浴」，然後打掃牢房。七點吃早飯。「我被禁錮於此，就不會吃任何肉類。」根據計畫，他會做運動和讀早報，一直到十點。「一周里的六天，從十點到十二點，兩點到四點，我會安排自己學習以往的醫學課程以及其他大學課程，包括速記、法語和德語。」其他的時間，他用來閱讀各種期刊和從圖書室借來的書。
他在日記中的一處提到，他正在讀《特里比》，一八九四年的一本暢銷書，作者是喬治·杜·莫里哀，講的是一位叫特里比·奧法雷的年輕歌手被催眠師斯文加利控制的故事。霍姆斯寫道：「有一些情節我十分喜歡。」
在日記的其他部分，霍姆斯走的是煽情路線。
一八九五年五月十六日的日記中寫道：「今天是我的生日。我三十四歲了。就像以前每年的這一天一樣，我想知道，母親有沒有寫信給我……」
在另一篇中，他提到了現任妻子喬治安娜·約克來探監的事。「她很痛苦，雖然她竭力想掩蓋自己的痛苦，卻徒勞無功。再過幾分鐘，就又要和她告別了。知道她要帶著沉重的負擔走到外面的世界去，這比任何形式的垂死掙扎都更令我痛苦。除非知道她不再受到傷害和侵擾，否則每一天我都會活得像身處煉獄一般。」
在監獄裡，霍姆斯也給嘉莉·皮特澤爾寫了一封長信，根據他寫信的方式我們可以推測，他知道警察會讀這封信。他一口咬定愛麗絲、內莉和霍華德正和「W小姐」一起待在倫敦，並聲稱如果警察按照他提供的線索去詳細調查，一定會解開關於孩子們的謎團。「我很細心地照顧他們，將他們視為己出，你應該足夠了解我，不會像這裡的陌生人一樣對我妄下判斷。本不會做任何傷害我的事，我也不會做任何傷害他的事，我們情同手足，從未吵過架。即便我有殺他的理由，也下不去手，他對我而言太重要了。至於孩子們，除非你親自告訴我，否則我永遠不會相信他們已經死了，也不相信自己會做任何事情來除掉他們。你這麼了解我，能想像我殺死無辜的小孩嗎？特別是在沒有任何動機的情況下？」
他解釋了為什麼孩子們沒有寄來任何信件。「他們無疑是寫過信的，W小姐出於自身安全的考慮將信件扣下了。」
霍姆斯每天都仔細地閱讀報紙。顯然，偵探們的搜尋沒有任何成果。霍姆斯認為，蓋爾很快就不得不終止調查，返回費城，他對此毫不懷疑。
一想到這個，他就愜意到了極點。