這時，肯尼迪讓步了。他終於也認為這樣一種論點多少有點道理：政府既然準備派遣美國部隊到世界另一邊的寮國去攻打共產黨，就不可能對佛羅里達以南不過90英里(約合145千米)的一個咄咄逼人的共產黨政權置之不理。但是即使在這時候，他仍然疑慮重重。後來施萊辛格認為，當時如果有某位高參出面反對，遠征計畫就肯定會取消的。可是那時只有施萊辛格和參議員威廉·富布賴特曾經表示異議(切斯特·鮑爾斯和愛德華·默羅也知道這一計畫，他們表示反對，不過他們的消息來源是非正式的，因此不能直接向白宮提出意見)。施萊辛格問肯尼迪：「對這個該死的入侵計畫，你是怎樣想的·」肯尼迪無可奈何地回答說：「我能不想，就不去想它。」
4月10日，星期一，古巴旅乘卡車來到上船地點尼加拉瓜的卡貝薩斯港。星期四，全部人員都上了船。星期五，他們的中央情報局的領導人告訴他們，行動的目標是：在豬灣佔領三個灘頭陣地，同時由古巴旅的傘兵奪取位於古巴本島和大海之間的薩帕塔大沼澤地上的幾個據點。星期日中午，這支遠征隊便到了有進無退的地步。這批造反者——他們的武裝船隊和他們的小小的空軍都已投入戰鬥了。
但是，這次戰鬥的真正性質，同總統認為他批准了的那項計畫並不是一回事。總統根據彙報，完全相信古巴旅是一支擁有受過游擊訓練的1400人的精銳部隊。他(和古巴旅的人)聽說他們在豬灣的目標是一片偏僻荒涼的海灘，那裡僅有的一點人跡是一些現在閑著的避暑房屋。彙報的人還解釋說，這些造反部隊乘黑登陸，卡斯特羅根本不會知道。中央情報局的情報進一步向總統保證，古巴的獨裁者至少在72小時內沒有可能採取任何行動。即使那時，他也會莫名其妙的，因為為了迷惑他，古巴旅的168名突擊隊員將在300多英里(約483千米)以外的東方省海岸作牽制性登陸。
杜勒斯、中央情報局的計畫的主要設計者理查德·比斯爾，以及他們的顧問們，包括小霍華德·亨特在內，一致堅信，對卡斯特羅感到失望的古巴人多得很，足以保證這次登陸成功。他們說，已有2500名古巴人參加各種抵抗組織，另有2萬人同情抵抗運動，而且至少有占人口總數25%的人準備給登陸的起義軍以積極的支持。這一點是很重要的，因為肯尼迪在私下和公開場合一再強調，美國軍隊決不參與對卡斯特羅的進攻。他對這一點是堅定不移的。他在4月12日舉行的一次記者招待會上說：「在任何情況下，美國部隊都決不介入古巴問題，而且本政府將竭盡全力——我認為它是能履行自己的責任的——保證不會有任何美國人捲入古巴境內的任何軍事行動……古巴的基本問題不是美國同古巴之間的問題，而是古巴人自己之間的問題。」
他手下的人告訴他說，倘若這些流亡者不能在豬灣建立並守住灘頭陣地，他們就會結束這一行動，「消失在山區中」的。這樣，總統就認為一切可能發生的意外都已經想到了。他相信，這樣一變，使這項原想大張旗鼓進行兩棲作戰的計畫變成一種無關宏旨的滲透活動，因而感到，危害美國信用和威望的任何可能性都已經排除。
他完全錯了。中央情報局乾的根本是另一套。從1960年11月4日以後古巴旅(那時不過300人)就再沒有接受過游擊戰訓練。後來新招募的人大多不適合進行艱苦的叢林戰爭。全旅只有135人是合格的兵，其餘的人過去是職員、律師、銀行家、醫生、地質學家、教師、養牛人、新聞記者、音樂家、描圖員、工程師、藝術家、機工等等。此外，還有三名天主教神甫和一名新教牧師。一支精銳的部隊，必須由20歲左右的青年組成，但這些人的平均年齡是29歲，其中有的已經60開外了。最後參加的一些人根本還不會放槍。
肯尼迪的失算這時還不過剛剛開頭。實際上，這支叛軍在山區究竟如何活動，從未經過試驗。說來難以置信，離登陸點最近的山脈是埃斯坎布拉伊山區，離岸有80英里(約129千米)，同豬灣之間還隔著一片無法越過的沼澤地帶。流亡者都是古巴人，他們可能早已指出這種情況。問題在於從來沒有人對他們說過，他們有可能要分散滲透到那個山區或其他任何地方。中央情報局既沒有請示總統，又沒有同參謀長聯席會議商量，竟擅自對叛軍隱瞞了那個備用計畫。它的理由是，倘若這些流亡者知道了這一點，他們的戰鬥意志就會削弱；他們就可能在很有可能取勝之際放棄灘頭陣地。
中央情報局的人想盡辦法來增強叛軍的士氣，包括做出一些不能兌現的諾言，例如，弗蘭克·本德對他們說：「你們到時候會強大起來的，你們馬上就會得到許許多多人的支持，所以你們根本無需等我們來援助。你們完全可以長驅直入。你們只要伸出雙手，向左轉，直奔哈瓦那就是了。」此外，中央情報局的特工人員還向流亡者保證：萬一失敗了，美國人會來救他們的。事後很久，流亡者的領袖何塞·佩雷斯·聖羅曼才聽說原來有一個在不得已時可以逃往山區去的備用計畫，不禁痛心地說：「我們可從來沒有聽說過這個計畫。當時只告訴我們：『如果你們失敗了，我們馬上就開進去』。」在邁阿密，民主革命陣線的曼努埃爾·拉伊一直相信，美國部隊會緊跟著古巴旅登陸的。他後來說：「我們得到的通知是，這次登陸行動將得到一切必需的支援。他們甚至還告訴我們，已經準備了一支1萬到1.5萬人的兵力。」
古巴旅受到的第一個挫折來自空中，這也是決定性的挫折。中央情報局一貫瞧不起古巴的空軍，對它的戰鬥力的估計是「幾乎等於零」，認為它的飛機「大部分已經過時，不起作用了」；指揮機構「紊亂透頂」，等等。卡斯特羅共有15架B-26轟炸機、10架「海上怒濤」式機和4架快速的T-33型噴氣式教練機。為了消滅這些飛機，中央情報局計畫在登陸前兩天即4月15日(星期六)，對古巴各機場進行空襲。計畫由八名流亡者駕駛二次世界大戰時的螺旋槳B-26轟炸機去，事後由其中兩人在邁阿密聲稱自己是從古巴空軍中逃出來的。這種做法當然很不妥當。卡斯特羅當然知道是不是從他那兒逃出來的，而恰恰在這個倒霉的時候，一個真正的叛逃者在傑克遜維爾著陸了，這就更增加了美國人的手忙腳亂。笨重的B-26飛機，速度慢，操縱困難，發動機經常出毛病。星期六晚上，弗蘭克·本德打電報給佩佩·聖羅曼說：轟炸任務非常成功，卡斯特羅的飛機差不多全部在地面上被摧毀了——12架在古巴的聖地亞哥機場，6～8架在自由城，8～10架在聖安東尼奧。如果這是真的，那可是太好了，可惜不是這樣。古巴的空軍還剩下6架B-26，兩架「海上怒濤」式，4架戰鬥機，更重要的是還有兩架T-33噴氣式。令人費解的是，中央情報局和參謀長聯席會議都認為T-33沒有什麼價值，因為是教練機。但是它畢竟還是噴氣式，因而就可以圍著叛軍的B-26飛行。這種飛機還裝有50毫米口徑的機關槍，可以對B-26的尾部進行射擊。而B-26轟炸機又是特別經不起來自後面的射擊的。在二次世界大戰中，B-26原來是有自衛的尾炮的，現在中央情報局卻把這幾架的尾炮撤去了，代以備用油箱，使飛行員能在古巴飛得久一些。這樣，流亡者飛行員可就註定要倒霉了，而制空權就落入卡斯特羅之手。在一場兩棲行動中，制空權極為重要，而在這裡，由於中央情報局犯了另一錯誤，就更顯得重要了。原來，誰也始終沒有說過到底為了什麼緣故，中央情報局的人員竟命令把頭十天戰鬥的補給品——彈藥、汽油、食物、醫院設備——全部裝在一艘船上了。
這條船叫「里奧·埃斯孔迪托」號，是這次投入的五艘笨重的二次世界大戰時代的運兵船之一。它們和兩條護航艦一起參加行動，統稱加西亞輪船隊以掩人耳目。因而從某種意義來說，這條船可以說是整個行動的象徵。船身沒有上漆，滿是鐵鏽，發動機經常出毛病，底艙惡臭衝天，早已屬於「非洲皇后」另一類見英國作家福斯特描寫第一次世界大戰非洲德國殖民地中一條破船脫險的小說。——譯者。那些流亡者們見到它不免大吃一驚。他們中有一個叫恩里克·魯伊斯·威廉斯的迫擊炮手，懂得一點航海常識，更是嚇壞了——他後來追憶說，當時真是「涼了半截」。而埃爾內多·奧利瓦更覺得「這是一大騙局，我們一到船上就有這種感覺。完全出乎我們的料想之外。這不是我們等待已久的東西啊。」選擇這樣一條船來執行偷襲任務，簡直荒唐。它的起重機和絞盤用起來無不嘎嘎作響，它那銹成一片的裝卸機鬧聲更大。「里奧」號早已出了毛病。當它沿密西西比河而下到達墨西哥灣時，一片螺旋槳撞上了一根木頭。該旅的潛水員下去一看，發現完全打彎了。這樣，它的運轉便大受限制，現在只能顛簸前進，去和敵人空軍進行決鬥。
肯尼迪原以為，這些年輕的古巴愛國者會悄悄地在一處荒涼的海岸上登陸的，但曼哈頓的一家新聞發布公司首先就使他吃了一驚。