異教徒案件由新成立的聖主教公會審理。
法庭判處逃亡哥薩克阿維爾揚卡·別斯帕雷及其親姐姐阿庫琳娜車裂，其餘諸犯鞭笞、挖鼻，男犯流放苦役，女犯發配紡織場和關進修道院監獄。
吉洪由於受傷險些沒有死在監獄醫院裡，從前的保護人雅科夫·威廉莫維奇·勃留斯把他營救出來。他把吉洪帶回自己家，治癒了他的傷，在諾甫哥羅德斯式大主教費奧凡·普羅科波維奇面前為他求情。費奧凡對吉洪頗感同情，希望通過他表現出牧人對迷途羔羊的仁慈，這是他所宣傳的：「對待教會的敵人應該採取寬厚和剋制態度，而不應該像有些人那樣採用激烈的言辭和進行排斥。」他還想要使吉洪脫離異端邪說，投入東正教教會的懷抱，從而給其他異教徒和分裂派教徒樹立一個榜樣。
費奧凡免除了他的鞭刑和流放，讓他在自己身邊進行悔過，並把他帶回彼得堡。
彼得堡的主教會館坐落在卡爾波夫卡河的藥鋪島上茂密的森林中。房子的底層是圖書館。費奧凡發現吉洪對書籍的愛好，便委派他整理圖書。圖書館的窗戶直接朝著森林，由於天氣炎熱而經常開著，林中的寂靜和藏書室的幽靜融成一體，樹葉的沙沙聲和翻動書頁的沙沙聲諧調一致。不時響起啄木鳥的嘟嘟聲和布谷鳥的咕咕聲。偶爾可以看見一對犄角陡直的駝鹿跑到林中空地上來，它們是從當年還是完全荒無人煙的彼得羅夫島被趕到這裡來的。綠樹掩映的室內，光線暗淡。空氣清新，環境舒適。吉洪整天關在這裡，鑽到書中度時光。他覺得好像又回到了雅科夫·勃留斯的圖書館，四年的流浪生活只是一場夢。
費奧凡對他很好。沒有急於讓他回到東正教教會的懷抱，只是讓他閱讀幾本德文的（由於沒有俄文的）教義問答，空閑時間跟他談談讀過的書，根據希臘-俄國教會的學說訂正新教的錯誤。其餘的時間讓他自由支配，隨便幹什麼都可以。
吉洪又研究起數學來。他在冷靜的理性中休息，擺脫開瘋狂之火，紅死和白死的噩夢。
他也重讀了笛卡兒、萊布尼茨、斯賓諾莎等哲學家的著作。想起了格留克牧師的話：「真正的哲學，如果淺嘗輒止，會引導人離開上帝；如果深入地鑽進去，則把人引向上帝。」
上帝對於笛卡兒來說是物質的第一推動力。宇宙是機器。沒有愛，沒有秘密，沒有生命——除了理性之外，什麼都沒有，理性反映在各個世界裡，猶如光線反映在透明的冰晶中。吉洪對於這死的上帝感到可怕。
「自然界充滿生命，」萊布尼茨在其《單子論》中斷言道，「我可以證明，任何運動的原因都是精神，而精神就是活的單子，單子則由理念組成，就像中心由角組成一樣。」單子由上帝所規定的和諧結合成一個整體。「世界就是上帝的時鐘。」又是機器取代了生活，力學取代了上帝——吉洪想，他又感到可怕了。
但是斯賓諾莎比所有的人都可怕，因為他比所有的人都說得明白。他說出了別人所不能說的。「斷言上帝體現在人身上——如此荒唐，猶如斷言圓吸收了三角形或四邊形的本質一樣。言語成了肉體——這是東方人說的話，對於理性來說不可能有任何意義。基督教區別於其他宗教的不是信仰，不是愛，不是聖靈的某些天賜，而僅僅是把奇蹟當成了自己的基礎，亦即愚昧是一切邪惡之根源，從而把信仰變成了迷信。」斯賓諾莎暴露了所有的新派哲學家的一個隱秘思想：要麼與基督在一起，反對理性，要麼與理性在一起，反對基督。
有一天，吉洪跟費奧凡談起斯賓諾莎來。
「這種哲學的基礎顯然是最愚蠢的，」大主教以輕蔑的嘲笑口吻說，「斯賓諾莎用最穢褻的矛盾編織成一套空論，只用美麗而傲慢的言辭來掩蓋自己的愚蠢……」
這種謾罵並沒有使吉洪心服口服，也沒有使他安心。
他在外國神學家的著作中也沒有得到幫助，他們跟俄國大主教反駁斯賓諾莎一樣，批判新的和舊的哲學家時十分輕率。
費奧凡有時讓吉洪抄寫聖主教公會的文件。《宗教管理條例》的誓詞中有一段話使他震驚：「我宣誓：奉全俄國的君主，我們最仁慈的皇帝為一切宗教機關的最高裁判者。」皇帝成了教會的首腦，皇帝取代了基督。
「用來稱呼國家的巨獸列維坦，是人為之作和人為的人。」他想起了英國哲學家霍布斯的《列維坦》一書中的話，這位哲學家也斷言，教會應該是國家的一部分，巨獸列維坦，即龐大機器的部件——國家豈不就是《啟示錄》中所說的按照野獸神的形象所創造的野獸像嗎？這個死的上帝的死的教會不禁向吉洪撲來一股理性的寒氣，對於他來說也跟瘋狂的火，跟紅死和白死的人一樣，成了致命的。
已經定下了日子，要在三位一體大教堂給吉洪舉行敷膏油儀式，這將標誌他回到東正教教會的懷抱。
頭一天的夜裡，一些客人到卡爾波夫主教會館來進晚餐。
費奧凡在他用拉丁文寫的書信中把這種集會叫作風雅之夜，這就是其中的一次。人們一邊吃著大主教的腌制和熏烤食品，喝著管家神甫蓋拉西姆久負盛名的啤酒，一邊談論著哲學，自然事物和自然法則，多數情況下氣氛是自由的，甚至如某些人所說的，是「無神論的」。
吉洪站在連接圖書館和餐廳的玻璃長廊里，從遠處聽他們談話。
「聰明人之間不可能發生信仰問題的紛爭，因為他人的信仰完全與聰明人無關，他根本不在乎——是路德派，加爾文派，還是多神教，他不是看信仰，而是看行動和習俗。」勃留斯說，「不應該打聽一個好人的信仰和祖籍，就跟不應該詢問如何釀造好的葡萄酒一樣。」費奧凡表示贊同。
「禁止哲學的人不是愚昧之徒，就是陰險的僧侶。」礦務局長瓦西里·尼基季奇·塔季謝夫指出。
學識淵博的修士司祭瑪爾凱爾證明說，許多聖徒傳就其真實性來說都是很貧乏的。
「很多都是騙人的，很多都是騙人的！」他重複著費多斯卡的名言。
「我們這個時代沒有奇蹟。」布留蒙特羅斯特醫生同意修士司祭的意見。
「前幾天，」彼得·安得烈耶維奇·托爾斯泰冷笑著說，「我有機會到一位朋友家去，在那裡看見了兩個士官。他倆爭論起來：一個肯定上帝的存在，另一個否定上帝的存在。否定的人說：『這點兒小事有什麼可磨牙的，上帝是沒有的！』我插嘴問道：『是誰告訴你的，沒有上帝？』『伊萬諾夫少尉昨天在客棧說的！』『可算是找到地方了！』」
大家都笑了，他們感到很開心。
可是吉洪卻覺得很可怕。
他覺得，這些人開始走上一條行不通的道路，遲早有一天要使俄國走到歐洲已經達到的地步：要麼與基督在一起，反對理性；要麼與理性在一起，反對基督。
他回到圖書館。坐在窗前，身旁是一垛堆放得整整齊齊的書牆，這些書清一色是皮封面的，他看了看黑色的雲杉上方的白色夜空，只見它空空蕩蕩，死氣沉沉，叫人害怕，於是他想起了斯賓諾莎的話：
「上帝和人之間的共同點很少，猶如大犬星座和作為會吠叫的動物的狗之間一樣。人能夠愛上帝，可是上帝卻不能愛人。」
好像是在那死氣沉沉的天空上有一個不能愛人的死的上帝。說根本就沒有上帝豈不是更好。也許是沒有吧？他想，感到驚懼，就像不久前，當伊萬努什卡哭起來，而向他舉起刀的阿維爾揚卡卻笑起來的時候那樣。吉洪跪下了，開始祈禱，望著天空，只重複著一個詞：「主哇！主哇！主哇！」
可是天空一片寂靜，心裡也是一片寂靜。無盡無休的寂靜，無盡無休的恐懼。
突然間，在這最寂靜的深處，有人回應了，說了該怎麼辦。
吉洪站起來，走進自己的凈室，從床底下把行李拖出來，從中揀出自己破舊的旅行法衣、皮腰帶、念珠、僧帽、索菲婭贈送的神智索菲婭聖像，脫下長袍和其餘的德國衣服，穿上從行李中揀出來的衣服，挎上背包，拿起一根棍子，畫個十字，神不知鬼不覺地從房子里走出來，進入森林。
第二天早晨，到了該到教堂去舉行敷油膏儀式的時候，開始尋找吉洪。找了很久，可是沒有找到。他失蹤了，毫無蹤影。