列奧納多在《繪畫論》一書中寫道：
「畫肖像，你得有個特殊的畫室—— 一個長方形的院子，寬十肘，長二十肘，牆壁塗成黑色，沿著牆頂搭上用布撐起的篷檐，用於遮擋陽光，根據需要，可以收起，也可以張開。只有黃昏或者遇到多雲和有霧的天氣，作畫時才不必撐起布篷。這是最完美的光線。」
為了畫肖像，他在自己房東的家裡布置了這樣一個院子，他這時寄居在皮埃羅·迪·巴爾托·瑪爾特利家中，此人是佛羅倫薩的名流，長老議會專員，為人聰明，喜愛數學，對列奧納多頗有好感，他的家在瑪爾特利大街左側，從聖喬萬尼廣場往美第奇宮方向數第二棟房子。
1505年春末的一天，天氣暖和，寧靜，霧蒙蒙的。陽光透過薄薄的霧靄變得暗淡而柔和，彷彿是水下的光線，投下的陰影輕淡，像是消融著的煙霧——這是列奧納多所喜歡的光線，他認為能賦予女性的面孔以特殊的魅力。
「莫非是不來了？」他想著他正給畫肖像的那個女人，這幅肖像差不多已經畫三年了，他表現出前所未有的堅持不懈的精神，並且付出了極大的努力。
為了接待她，他把畫室準備停當。喬萬尼·貝特拉菲奧偷偷地觀察著他，見他等待得神心不寧而感到吃驚，因為老師一向很穩重，從來沒有表現出煩躁不安來。
列奧納多整理好擱板上各種畫筆、調色板、顏料罐——顏料上面的膠脂凝結成一層亮晶晶的硬殼，好像是凍上一層冰；肖像放在一個能夠活動的三腳架上，他把罩布從肖像上揭下來。為了讓她開心，院子中央修了一個噴泉，他打開噴泉的閥門，泉水從上面流下來，落到一個玻璃的半球體上，使這個半球體旋轉起來，並且奏出一種奇特的樂曲。他在噴泉的周圍親手栽種並且精心侍弄她所喜愛的一種花卉——鳶尾花；拿來一個小筐，裡面裝著切碎的麵包，這是給家養的扁角鹿吃的，這隻扁角鹿就在這個院子里跑來跑去，由她親手餵食；放著一把深色橡木做的帶扶手的透籠靠背的安樂椅，他整理一下安樂椅前的地毯。一隻稀有品種的亞洲白貓已經蜷伏在地毯上它所習慣的位置上，打著呼嚕，這隻貓也是為了讓她開心而專門買來的，它的兩隻眼睛各有不同的顏色，右眼是黃色的，像是黃玉，左眼是藍灰的，像是藍寶石。
安得雷亞·薩拉伊諾拿來了樂譜，開始給維奧拉琴調音。另外一位樂師阿塔蘭特也來了。列奧納多早在米蘭摩羅公爵宮廷任職時就認識他。他演奏畫家所發明的馬頭形銀詩琴特別出色。
列奧納多把一些優秀的音樂家、歌手、講故事的人、詩人和最俏皮的交談者都請到自己的畫室來，其目的是為了給她開心取樂，免得她感到寂寞無聊——通常被畫肖像的人都難免寂寞。談話、講故事和演奏樂曲，能夠引起她的思想感情活躍，便於他在她的臉上研究其思想感情的變化。
後來，這種聚會逐漸少了：他知道不再需要了，因為沒有這類聚會，她也不感到煩悶。唯有演奏樂曲還在堅持，這有利於畫家和被畫的人開展工作，因為她也參與自己肖像的繪製工作。
一切都準備就緒了，可是她仍然沒有來。
莫非是不來了？他想，今天的光與影彷彿是專門為她而準備的。要不要派人去找她？可是她知道我在等她。應該來的。
喬萬尼也看出來他的焦急不安加劇了。
突然，吹來一股微風，把噴泉的水流吹斜；玻璃響起來，白色的鳶尾花瓣在水霧中抖動著。敏感的扁角鹿伸著脖子，警覺起來。列奧納多仔細地聽著。喬萬尼儘管什麼都沒有聽到，可是從老師的臉上看得出來，這是她來了。
首先走進來的是卡米拉教妹，她恭順地行了個禮——這個改宗修女住在她的家裡，每一次都陪同她到畫家的畫室來，她有一種完全不引人注意，彷彿根本不存在似的本領，悄悄地坐到一個角落裡，手裡拿著一本祈禱書，眼睛也不抬，一句話也不說，因此列奧納多三年來幾乎沒有聽到過她的聲音。
隨著卡米拉之後，走進來的就是大家在此等候已久的那位婦女——只見她三十來歲，穿一件普通的深色衣服，深色的劉海垂到前額中央——她就是蒙娜麗莎·喬昆達。
貝特拉菲奧知道，她是那不勒斯人，出身於一個古老的世家，父親安東尼奧·傑拉迪尼做過高官，從前家財萬貫，但1495年法蘭西人入侵時破了產。她的丈夫是佛羅倫薩市民弗蘭切斯科·德爾·喬昆達，1481年娶了馬里亞諾·魯切拉伊之女為妻。過了兩年，妻子謝世，他續娶托瑪莎·維拉尼，第二房妻子死後，第三次結婚，娶了蒙娜麗莎。列奧納多給她畫像時，畫家已經年過五十，蒙娜麗莎的丈夫喬昆達先生四十五歲。他被選為十二名市議員之一，很快就要當上議長。這是個普普通通的人，這種人任何地方任何時候都很多——既非很壞，也非很好，兢兢業業，精打細算，熱心於公務和自家的農業經營。年輕美貌的妻子對於他來說是家裡最體面的裝飾。可是他並不懂得蒙娜麗莎的美麗，而是對新品種西西里牛的優點或者進口生羊皮繳納關稅更有利更精通。據說蒙娜麗莎嫁給他並非出於愛情，只是迫於父命，她的第一個未婚夫失望之餘志願戰死在疆場上。也還有些傳聞，也許是純屬謠言，涉及她另外一些崇拜者，說他們都很堅決，可是沒有一個不絕望的。況且好造謠中傷的人——在佛羅倫薩並不少——每逢談到喬昆達時卻不能說任何壞話。她安詳純樸，信仰虔誠，嚴格遵守教禮教規，對待窮人仁慈，是個好的家庭主婦、忠誠的妻子，對於丈夫前妻之女——十二歲的迪亞諾拉來說等於溫柔的親生母親，而不像是繼母。
這就是喬萬尼關於她所知道的一切。可是蒙娜麗莎每逢來到列奧納多的畫室，他都覺得完全是另外一個女人。
三年來，時間並沒有消除這種奇怪的感覺，反而加深了它——每逢她出現時，他都體驗到一種類似於恐懼的驚異，彷彿是站在一個透明的物體前似的。他有時這樣來解釋這種感覺：他已經習慣於看她畫像上的那張臉，老師技藝之高，使他覺得活的蒙娜麗莎並不比畫布上畫得更真實。可是這裡也還有別的原因，更加隱秘。
喬萬尼知道，列奧納多曾經有機會在非工作的時間裡看見她，當時有別人在場，有時有許多來賓，有時只有跟她形影不離的卡米拉教妹——但從來也不曾單獨跟她會面。可是喬萬尼卻感到他倆有一種秘密，既讓他們二人接近，又讓他們二人疏遠。他也知道，這並非愛情的秘密，或者至少並非由於人們所說的那種愛情而產生的秘密。
他聽列奧納多說過，所有的畫家都不由自主地喜歡把自己的身體和面容模擬到被他描繪的人的身體和面容上去。老師認為這原因就在於人的靈魂作為自己肌體的創造者，每逢構思一個新的肌體時，都要在其中重現它已經創造過的——這種愛好如此強烈，有時在肖像中甚至透過與被描繪者外表的相像而顯露出畫家本人來，即使不是他的肌體，至少也是他的靈魂。
目前在喬萬尼眼前發生的一切更加令人驚奇：他覺得，不僅畫中描繪的蒙娜麗莎，而且就連她本人都越來越像列奧納多，正如多年一直生活在一起的兩個人有時所發生的那樣。況且這種越來越相像的主要力量與其說在於輪廓——儘管近來這種相像有時讓他驚異不止——不如說是在眼神和微笑之中。他懷著一種無法解釋的驚訝想起來，他曾經多次看見過這種微笑：用手指捅著基督的傷口不相信主能夠復活的多馬面帶這種微笑——那是韋羅基奧以年輕的列奧納多為模特而塑造的多馬雕像，始祖母夏娃在知識樹前面帶這種微笑——那是老師在其處女作中畫的，《岩間聖母》中的天使面帶這種微笑，跟化身為天鵝的宙斯在一起的勒達面帶這種微笑，老師早在認識蒙娜麗莎之前無論是繪畫還是雕塑，凡是刻畫婦女形象時多數情況下在她們臉上描繪這種微笑——好像是他一生在自己的一切作品中所尋求的就是反映他個人的美，最後終於在喬昆達身上找到了。
喬萬尼長期觀察這兩個人所共有的微笑，有時不禁感到可怕，甚至像是在奇蹟面前那樣恐怖：現實變成了夢境，夢境變成了現實，蒙娜麗莎彷彿不是一個活人，不是最普通的佛羅倫薩市民喬昆達先生的夫人，而是一個類似於幽靈的人——是由老師的意志召喚來的，是個變形人，是列奧納多本人的女性同貌者。
那隻白貓是喬昆達的寵物，它跳到她的膝上，她摩挲著白貓，貓身上的毛在她那纖細柔軟的手指的摩擦下雖然看不見火星，卻能聽見噼啪響聲。
列奧納多開始工作了。可是突然把畫筆放下，仔細端詳著她的臉：這張臉上一絲一毫的微小變化都沒有從他的目光下漏掉。
「夫人，」他說，「您今天因為什麼事情有些不安吧？」
喬萬尼也感覺到了，她跟平時不太一樣，不像自己的畫像。
蒙娜麗莎抬起安詳的目光，看著列奧納多。
「是的，有一些，」她回答道，「迪亞諾拉身體不太好。我一整夜沒睡。」