11月上旬，路易十二隆重地慶祝了女兒的誕生，然後接受米蘭人的宣誓，任命特里烏齊奧元帥為倫巴第總督，便返回法蘭西去了。
大教堂里舉行向聖靈謝恩的彌撒。城裡恢複了平靜，但這只是表面的：民眾很憎恨特里烏齊奧，因為他殘忍而陰險。摩羅的擁護者們煽動百姓暴亂，暗中散發號召書。許多人不久前還以譏笑和謾罵歡送他逃跑，可是如今想起他來卻把他當成了最好的君主。
1月末，一伙人在蒂齊諾城門附近搗毀了法蘭西收稅員的櫃檯。同一天，在帕維亞附近的拉迪拉戈莊園，一個法蘭西士兵企圖糟蹋一個年輕的倫巴第婦女。她進行自衛，用笤帚往這個欺凌者的臉上抽打。士兵拿起斧子威脅她。她的父親聽見叫喊聲，拿著棒子跑來。法蘭西人砍死了老人。於是集聚來一批人，把那個法蘭西士兵殺了。法蘭西人向倫巴第人發起進攻，殺了許多人，蕩平了整個村落。消息傳到米蘭，成了落到火藥庫里的一顆火星。民眾在廣場、街道、市場上設置了障礙物，瘋狂地叫喊著：
「國王滾出去！總督滾出去！打死法蘭西人！摩羅萬歲！」
特里烏齊奧人數太少，不足以抵禦這座城市的三十萬居民。他把大炮架在臨時充當炮樓的教堂鐘樓上，把炮口對準民眾，下令根據他的信號開炮。為了平息民眾的怒火，他想要做最後一次嘗試，便來到廣場上說服他們。可是假如不是一隊瑞士僱傭兵在隊長庫爾森日的率領下從要塞衝出來救援，讓他有可能及時地逃進市政廳大廈，他就得一命嗚呼。
開始了燒殺掠搶。落到暴亂者手裡的法蘭西人以及被懷疑同情法蘭西人的市民遭到嚴刑拷打和被處死。
2月1日夜間，特里烏齊奧偷偷溜出要塞，把要塞留給德斯庇隊長和科德貝卡爾守衛，自己逃跑了。同一天夜裡，從日耳曼回國的摩羅受到科莫城居民的熱烈歡迎。米蘭的市民把他當成救星，盼望他早日歸來。
在暴亂的最後幾天，列奧納多害怕遭到炮擊——鄰近已經有幾棟房子毀於炮擊——便遷到地窖里，安上煙囪，架起爐灶，布置了幾個住人的房間。這裡好像是一座要塞，家裡凡是貴重的東西：繪畫、手稿、圖書和儀器等全都搬過來。
這時，他最後決定到塞薩爾·博爾吉亞那裡去供職。他跟阿加皮托先生簽署的協議規定，列奧納多應該不晚於1500年夏抵達羅馬涅，他打算在此之前到自己的老友吉羅拉莫·梅利齊那裡去，以便在他那座離米蘭很近的寧靜的瓦普里奧莊園度過戰爭和暴亂的危險時期。
2月2日是奉獻節，路加·帕喬利一大早就跑來見列奧納多，通知說城堡里發大水了：米蘭人路易吉·達·波爾托從前給法蘭西人效力，現在投靠了暴亂者，夜間打開為羅凱塔城堡護城河供水的運河水閘。洪水溢出，淹沒了城堡附近的磨坊，灌進存放火藥、奶油、糧食、葡萄酒和其他給養的地窖；這樣一來，假如法蘭西人不能花費很大力氣搶救出一部分——飢餓就得逼著他們投降，交出要塞，這也就是路易吉先生所期望的。發大水期間，韋切利城門外地區與城堡相毗鄰的運河出槽，那裡地勢低洼，完全被洪水淹沒，也淹了坐落在那裡的聖恩瑪麗亞修道院。路加教兄向畫家表述了自己的擔心，即洪水是否損壞了《最後的晚餐》，因此建議他前去看看壁畫是否完好無損。
列奧納多故意裝出無所謂的樣子，說他現在沒有時間，說他並不為《最後的晚餐》擔心——壁畫在高處，潮氣不會給它帶來危害。可是帕喬利剛剛離開，列奧納多便向修道院跑去。
走進食堂，他看見磚地上有一攤攤骯髒的積水——這是洪水退去以後殘留下來的。室內散發著潮氣。一個修士說，水位曾達到四肘。
列奧納多走到畫著《最後的晚餐》的那面牆跟前。
顏色看樣子很新鮮。
通常畫壁畫使用的是水彩，而他用的卻是油彩，是他本人發明的，透明而且柔和。他在繪畫之前處理牆壁也有自己的絕招：首先塗上一層用刺柏漆和阿利芙油調配的黏土漿，在第一層底色上面再塗第二層——用的是魚膠脂、焦油和石膏。一些有經驗的畫師認為這裡地勢低洼，牆壁潮氣太大，油彩不會耐久。可是列奧納多一向熱衷於新的試驗，探索藝術的新途徑，因此毫不理會別人的建議和警告，而堅持己見。他對用水彩繪製壁畫很反感，因為抹石灰要求快速和一氣呵成，這些正好與他的氣質格格不入。「不進行懷疑的畫家不會取得大的成就」，他對此堅信不疑。他認為必須懷疑、動搖、修改、摸索探求，因此工作進展緩慢，這種工作方式只有用油彩繪畫時才有可能。
他俯在牆上，用放大鏡仔細觀察畫的表面。突然在左下角桌上檯布底下，使徒巴多羅買的腳下發現一道小裂縫，旁邊的顏色有些變淺，出現如白霜一樣的霉變。
他的臉色變得煞白，可是他立刻就控制住自己，又繼續進行觀察。
第一層底色由於受潮有些翹起，從牆上剝離，把上面的一層石膏和薄薄的著色層鼓起來，形成了肉眼難以察覺的裂紋，從這些裂縫中往外面滲漏著牆上疏鬆的舊磚里含硝的潮氣。
《最後的晚餐》的命運決定了：顏色本來可能保存四十年，甚至五十年，儘管畫家本人沒有看到褪色，但有一個可怕的事實卻是確鑿無疑的：他的偉大作品之一毀滅了。
離開食堂以前，他最後一次看看基督的面容——彷彿他只是第一次看見——突然明白了，這幅作品對於他來說是多麼珍貴。
隨著《最後的晚餐》和大型雕塑的毀滅，把他跟活著的人們——即使不是親近的人們，起碼也是較遠的人們——維繫在一起的那些線都被斬斷了，如今他孑然一身，孤獨更加難忍。
大型雕塑的塵土被風吹散了；曾經畫著基督面容的那堵牆上黴菌遮蓋上了晦暗的剝蝕成鱗片形的色彩，於是維持著他的生命的一切都像影子一樣消失了。
他回到家裡，走進地窖，經過亞斯特羅卧病在床的那個房間時，停下來片刻，只見貝特拉菲奧正在用涼水給病人做濕敷。
「又發燒了？」老師問道。
「是的，說胡話。」
列奧納多俯下身去，想要查看一下繃帶包紮，聽到病人昏迷中發出不連貫的囈語。
「高一些，再高一些！直接朝著太陽。翅膀可別燃燒了。小嗎？從哪兒來？你的名字叫什麼？力學？我從未聽說過誰取了『力學』這個名字。你齜牙幹什麼？……算了吧，別來這一套。開開玩笑也就夠了。拖，拖……我不能，等等——讓我喘口氣……咳，我要死啦！……」
一聲驚叫從他胸中衝出來。他覺得他正在落進無底的深淵。
然後又急匆匆地喃喃道：
「不，不，不要譏笑他！是我的過錯。他說過，翅膀還沒準備好。當然……我丟人了，給老師丟臉了！……你聽見了嗎？這是什麼？我知道，說的是小鬼，小鬼中間最沉重的一個——力學！……」
「魔鬼就帶他進聖城耶路撒冷，」病人像是在教堂里誦讀經書似的，拉著腔調繼續說，「叫他站在殿頂上，對他說：你若是神的兒子，可以跳下去。因為經上記載著，主要為你吩咐他的使者，用手托著你，免得你的腳撞到石頭上 ……可是我忘記了他對力學小鬼說了些什麼。你不記得嗎，喬萬尼？」
他看了看喬萬尼，那目光幾乎跟清醒時一樣。
貝特拉菲奧以為他還在說囈語，因此沒有回答他。
「你不記得嗎？」亞斯特羅執著地繼續問道。
為了讓他安靜下來，喬萬尼從《路加福音》第四章第十二節中引用了一句話：
「耶穌對他說：經上說，不可誘惑主，你的神！」
「不可誘惑主，你的神！」病人帶著一種難以形容的感情重複著——可是立刻又開始說起囈語來：
「湛藍的，湛藍的天空，沒有一絲雲彩……沒有太陽，而且也不會有——上面，下面，都是藍天。不需要翅膀了。噢，要是老師能了解就好了，多麼幸福，掉到天上軟綿綿的！……」
列奧納多看看他，心裡想道：
「是由於我，他是由於我而毀了！我誘惑這個孩子，讓他和喬萬尼一樣中了邪！……」
他把手放在亞斯特羅滾燙的前額上。病人稍稍地安靜一些，睡熟了。
列奧納多進入自己在這地窖里的房間，點上蠟燭，埋頭於運算。
為了避免設計翅膀時出現新的錯誤，他開始研究風——空氣流動力學，根據波浪——水流力學的原理。
「如果你把兩塊大小相同的石子隔著一定的間距先後拋進平靜的水裡，」他在日記中寫道，「那麼水面上便產生兩個不斷擴大的圓圈。不禁要問：一個圓圈逐漸擴大，與另一個也在逐漸擴大的圓圈相遇，它會把另一個圓圈切開，進入裡面去，還是兩個波浪相撞之後在接觸點上按照相同的角度分離開呢？」
自然界解決這個力學問題十分簡單，強烈地吸引著他，他在這段話的一旁又