龍雲和蔣介石、地方和中央聯手抗戰之中，雙方的摩擦和矛盾也在積累。抗戰開始後，大批中央軍進駐雲南，疏散的中央機關也紛紛到雲南設立機構，雲南原來鐵板一塊、只服從於龍雲的格局被打破了，儘管被委以「行營主任」的崇高職務，有調度雲南境內所有軍隊的許可權，但他對中央軍絲毫指揮不動,龍雲再已不是唯我獨尊的這片紅土地之王。
而龍雲絕不甘心蔣介石借抗日之機把他的雲南吃掉。他規定，不準中央憲兵在郊區駐紮和執行任務，中央部隊調動不準經過和駐紮昆明市區，防守司令部所屬部隊必須駐紮市區二十里外。這些規定，使凌駕於全國之上的蔣介石集團深感土皇帝的可惡。
在抗戰中，龍蔣矛盾被對外戰爭暫時掩蓋，但其間已屢有表現。1939年6月，昆明空軍軍官學校特務團就開始執行一項秘密任務——搜集龍雲集團的情報，包括龍雲對中央的態度，雲南現有兵力及布防，團長以上軍官的姓名、年齡、出身、籍貫、主要經歷和人事關係等。而早在1938年，軍統就在雲南派駐大量特務頻繁活動，龍雲惱火不已，要求蔣介石將其撤走；蔣介石當面否認，說絕無特務活動之事，暗中命戴笠收斂。
龍雲感到危險，在動用自身力量之時，對反蔣民主運動有了好感。抗戰期間，許多思想進步的知識分子入滇，龍雲與他們建立了密切關係，西南聯大的教授隨時可以和他見面交流。在反蔣自保的動機之外，龍雲的政治思想也受到了一些影響。
1943年，龍雲輕車簡從，回到闊別已久的家鄉昭通，在家鄉的群眾大會上作《民為貴，君為輕》的演講。他脫離講稿，率性演講兩個多小時，問聽講群眾：「為什麼一提起蔣委員長，就要起立立正？」還問：「什麼是民主？民主和獨裁有什麼區別？」極大猱撼了群眾。這篇演講還在《滇東日報》和《雲南日報》昭通版上公開發表。
在家鄉期間，他接受《滇東1=1報》負賁人黃濟舟採訪，又大力抨擊蔣介石集團：「培育人才，特別是送留學生出國很重要。去年，我打算送一批學生出國留學，一切用費由我負擔。哪知，從去年辦出國護照到今年，都難以到手；而中央各部門的人，他們想送子女公費出國留學，護照都隨時可辦。我們自己出錢送學生培養卻遭如此刁難！」
龍雲對昆明的民主運動採取放任乃至支持態度。民主人士在昆明可以辦雜誌，出海報，作演講，乃至遊行示威。1944年五四前夕，中共地下組織以西南聯大為主力，籌備大規模紀念活動。何應欽對龍雲說：「只要犧牲幾個警察，就可以把這些活動鎮壓下去。」意思是殺死幾個警察栽贓學生，做為鎮壓由頭。龍雲輕輕一句：「這是小事情，就交給兄弟我處理吧。」結果，紀念五四運動的255演講會、營火會和出牆報、遊行，全在龍雲的庇護下安全進行。 1
由於龍雲對民主運動的支持保護，特務在昆明雖然暗中活動，但只敢搞搞情報，別處隨時發生的抓捕、暗殺，在昆明一件也未發生；囚禁民主人士的監獄，也只設於敢慶和貴州，雲南沒有。因此，昆明是當時全聞民主氛圍最濃厚的城市，被稱為「民主堡壘」;昆明的公園到處是海報和演講,被稱為「中國的海德公園」。龍雲對此頗為得意。
抗戰逐漸走向勝利，龍雲思索著中國、雲南及他自己的前途。他覺得，蔣介石政權不會太長壽，但自己這個雲南王只怕同樣會倒；中國的未來很可能是中共和民主派的，他不管是要對抗蔣介石的吞併、維持地位，還是考慮蔣介石倒台後的境況，都要在他素有好感和聯繫的民主派那邊進一步扎進腳去。他做出了一個重大決定：加入中國民主同盟。
1944年底的某一天，在龍公館，龍雲秘密加入民盟。在場的人有楚圖南、聞一多、馮索陶等。龍雲宣誓過後，即在監督人當面,把入盟申請書和誓詞銷毀。龍雲入盟只有民盟高層極少數人知道，此後民盟最高領導人張瀾直接和他秘密聯繫，直到1949年，龍雲在香港加入民革。
蔣介石越來越覺得這個土皇帝是個心腹大患。龍雲不服從自己的意志，雲南在他這個中國頭號人物權力之外，本已令他念及就不快；現在龍雲明顯倒向了民主派那一邊，更讓他坐立不安。抗戰一勝利，他就要集中精力對付共產黨，龍雲實力強大，可不能讓西南失火，拖住自己的後退。
拔掉龍雲的陰謀，在緊鑼密鼓地暗中部署進行。十八年的五華山龍家小朝廷，即將走到末路。
1945年4月初，蔣介石的黃埔嫡系、第五集團軍總司令兼昆明防守總司令杜聿明接到昆明機場的電話，要求他立即去重慶見蔣介石。
一到重慶，蔣介石劈頭問逍：「來的時候有什麼人看到沒有？」杜聿明說沒有。蔣介石再問來重慶見到了什麼人，杜聿明說誰也沒見，心裡已知他要接受重要任務了。
果然有重要任務：武力解除龍雲所有武裝，並限令龍雲三日內到重慶就任軍事委員會軍事參議院院長。蔣介石要朝龍雲下手了。杜聿明接下任務，當天返回昆明。
這次計畫沒有落實。就在杜聿明準備動手之時，蔣介石又告訴了何應欽他要武力解決龍雲，何應欽主張和平解決，就暫時緩了下來。
在1945年4月到10月3日龍雲終究被「解決」這段時間，蔣介石方面對龍雲有何行動，兩方後來各執一詞。何應欽說他和多位國民黨大員勸說龍雲交出雲南軍政權力，到中央另任要職，但龍雲拒不受調，故才武力解決；而龍雲反駁說如在事前他們流露過要他離開雲南的意思，他就會小心防範，根本不可能讓杜聿明10月3日突襲得逞。
1945年8月，剝奪龍雲實權的行動開始實施了。這個月底，何應欽傳達蔣介石指示：雲南所有軍隊開人越南，接受日軍投降。
那時日本剛剛無條件投降，舉國歡慶，沒有人會想到威望在海內外達到頂點的中國領袖蔣介石在大喜之日，心裡時刻考慮的居然是如何搞掉與他並肩戰鬥取得勝利的雲南省主席。
龍雲對蔣介石要把他的部隊全開到越南，也有猶疑，但蔣介石、何應欽反覆強調越南不是一城一地，而是一國，受降事大，且滇軍入越受降也是雲南的莫大光榮。龍雲警惕一放鬆，就基本接受了指令。只是在盧漢率軍出發之際，他密告盧漢：「如果後方有事，聞訊即火速回軍。」
中共地下組織代表、雲南大學教授華崗覺得事態危險，就提醒龍雲別中了調虎離山之計，同時告訴龍雲近期駐昆明蔣軍似有異常調動。龍雲覺得事情不至如此，就說：「諒老蔣不敢動我一根毛。如果他敢動手，老子要收拾他，叫他龜兒子一個也跑不脫！」
精幹一生的龍雲這回大意了。共八個師的滇軍主力去了越南，留在昆明的只有一個師、一個憲兵團和一個警衛大隊；而此時蔣介石在昆明的部隊卻有第五軍、第二零七師、雲南機場守備司令部所屬的四個團和憲兵十三團等部隊。
而在一發生意外可回師救援的入越滇軍主力，也陷進了中央軍的包圍。蔣介石哪能不考慮到盧漢會救援龍雲的問題？他以受降重要為名，隨盧漢軍隊又加派兩個軍一個師同進越南，加上原在越南的部隊，在越南形成了中央軍十個師對盧漢八個師的優勢。
到9月27日，扳倒龍雲的準備進入最後階段。這一天，蔣介石專程飛到西昌。在這裡，他首先詳細布置了對龍雲的軍事行動，要求杜聿明保證龍雲生命安全，最好一槍不發，使用武力中也要對龍雲客氣尊敬，因為要「調任」他為軍事參議院院長，將來名義上還是杜聿明上級；其次，蔣介石找來當任國民黨中央委員的雲南老牌政客李宗黃，交代解決龍雲後由他暫代省主席。最後，蔣介石簽發了免去龍云云南省主席兼雲南行營主任職務、調任軍事委員會軍事參議院院長、雲南地方部隊由杜聿明接編、任命盧漢為雲南省主席、李宗黃為代主席的手令。同時，又以私人身份給他的「志舟（龍雲的字）兄」寫下一封恭敬的信，請龍雲「如期來渝，早就新職」。
遠在昆明的龍雲，沒想到川邊小城西昌，正在散開一張針對他的陰謀大網。
1945年10月2日下午，杜聿明行動了。他召集團以上軍官及西昌來昆人員，傳達蔣介石命令，做出嚴密部署。
10月2日夜，昆明戒嚴；10月3日凌晨5點，杜聿明各部隊根據布置，向各自目標撲去！
龍雲發現大事不好，是10月2日深夜。他在威遠街的公館忽然響起急促的電話聲，值班聱衛睡眼惺忪接起電話，那邊急切要龍主席接聽，警衛說龍主席早睡了，不敢去叫醒；那邊心急火燎地說那麼龍夫人來聽也行。龍雲妻子顧映秋起床接過電話一聽，臉色大變，趕緊叫醒龍雲。
龍雲在電話里聽到的是：「龍主席，事情不對，不知有什麼意外，市區已戒嚴幾分鐘了，是防守司令部戒嚴的，電話怕中斷！……」話未說完，果然中斷。馬上副官來報告：公館被包圍，交通被斷絕，司機被隔在外面！接著，外面送來一封信，龍雲急忙拆