在美國聯邦政府對諾列加提出起訴之後，參謀長聯席會議指示美國南方司令部司令小弗雷德里克·F·沃納將軍根據以下準則對現有的應急計畫進行修改：保護美國人民的生命和財產安全；保持巴拿馬運河的暢通；做好在和平或敵對環境中非戰鬥人員的撤離準備；制定一個輔助最終將取代諾列加政權的政府的計畫。
此後便有了一系列新的計畫——統稱「精心迷宮行動」——這將由美國南方陸軍司令部司令勒夫克少將以巴拿馬特種部隊指揮官的身份來實施。
這些計畫要求在美國的巴拿馬基地內大量集結部隊。這些部隊將起到威懾巴拿馬國防軍領導人的作用，促使他們推翻諾列加政權，如果不成功，就入侵巴拿馬，消滅巴拿馬國防軍。
儘管沃納將軍提出的大規模軍事行動的建議受到幾次重挫，但他還是不喜歡有些人所推崇的突襲戰略。突襲戰略是在經過一段時間的部隊集結後，由美國本土的部隊與特種部隊以及沃納將軍的部隊一起，對諾列加及其巴拿馬國防軍發動一次快速、猛烈、有準備的攻擊。
沃納提議的方法最嚴重的缺點是：奏效太慢。它使那些壞傢伙們有了喘息之機，得以東山再起。因此，如果在最初的攻擊中沒有抓住諾列加，他就可能逃進山裡並組織游擊戰。生活在巴拿馬的近30000名美國公民極易被扣做人質——或者更糟——更不要說可能的平民死傷和財產損失了。
1988年3月16日，巴拿馬國防軍的一個派系在國防軍總部發動軍事政變，結果遭到諾列加的無情鎮壓。此後，他開始清洗巴拿馬國防軍中那些他認為不可靠的人，宣布國家進入緊急狀態，鎮壓異己，並通過嚴格的旅行限制、搜查及路障等方式加劇反美騷擾。
參謀長聯席會議主席海軍上將克羅看了沃納的計畫後，讓他把「精心迷宮行動」計畫分成4步，以便實施。沃納將軍的參謀人員把這些計畫統稱為「祈禱書計畫」。第一個是「克朗代克密鑰行動」，即組織非戰鬥人員撤離。全巴拿馬的美國公民將被護送到巴拿馬城和科隆的集結地以便撤回美國（在運河太平洋一側的巴拿馬城是該國的首都。科隆是通向加勒比海的門戶）。
根據第二個行動，即「賽馬開始時間行動」，駐巴拿馬的第193步兵旅和從美本土及美國大西洋司令部調來部署於此的部隊將負責保衛美國的公民和設施，保衛巴拿馬運河。從美本土調來的部隊包括陸軍第7步兵師的一個旅、第5機械化師的一個機械化步兵營、海軍陸戰隊第6遠征旅以及一個航母戰鬥群。這些部隊將構成實施「祈禱書計畫」中另外2項行動——即「藍勺行動」和「盲人邏輯行動」——的主體。
「藍勺行動」要求發動聯合進攻來擊敗並解散巴拿馬國防軍。已在巴拿馬的大約12000人的部隊將率先行動，並持續8天。在隨後2星期，從美本土調來的大約10000名部隊將加入進來。同時，一個航母戰鬥群將封鎖通往古巴的航線和水路，並提供近地支持，而一個兩棲特遣隊將作為額外的地面部隊。除了「賽馬開始時間行動」列出的駐紮在美本土的部隊外，南方司令部指揮官將從特種作戰司令部調派一支特種部隊來執行針對巴拿馬國防軍領導層、指揮和控制設施以及機場的行動。這支特種作戰部隊還將營救人質、進行偵察以及尋找並抓捕曼努埃爾·諾列加。
南方司令部司令不僅從總體上負責「藍勺行動」，還將是戰術協調指揮官。他和巴拿馬特種部隊指揮官以及特種部隊特遣隊指揮官一起同時指揮各自的行動。
「藍勺行動」的首輪進攻一結束，特種部隊將按照「祈禱書計畫」的第四步，即「盲人邏輯行動」，開展民事行動。民事階段的任務將幫助重建公共安全和醫療機制，恢複政府的各項服務，隨後將把控制權交給文官。
從長遠來看，美國執行民事任務的部隊將和一個新的巴拿馬政府共同重建巴拿馬國防軍，使其效忠於文官政權和民主政府。
參謀長聯席會議聯合參謀部作戰部長托馬斯·W·凱利中將從一開始就和南方司令部有意見分歧。他不相信南方司令部有足夠的指揮和控制能力來管理、調動及支援準備用於執行「藍勺行動」的部隊。一旦從美國本土增派的部隊部署在那裡，就要有一名軍級指揮官來指揮控制整個行動。他認為第18空降軍具有這樣的參謀人員以及快速部署能力。
1988年夏，沃納將軍在他的參謀機構中又增加了13個人，還增加了幾個特種作戰計畫人員，從而暫時解決了這一矛盾。在他看來，憑他的參謀們所具備的專業技能和對巴拿馬及巴拿馬國防軍的了解，南方司令部足以成為「藍勺行動」的作戰總部，但他也意識到，如果巴拿馬特種部隊需要美國本土的增援部隊，那麼還是需要一個軍部來負責整個行動。1988年7月5日，他向海軍上將克羅提出在「藍勺行動」的部隊清單中增加一個軍部。但沃納內心卻認為，行動開始前軍部不要接手戰術指揮和控制，只有當沃納決定要部署「賽馬開始時間行動」清單上的美國本土的部隊時才讓他們接手。
海軍上將克羅於1988年10月19日批准了沃納司令的要求，並指示美國陸軍司令部 指揮官小約瑟夫·T·帕拉斯特拉將軍對部隊清單做相應的修改。9天後，帕拉斯特拉授權當時的第18空降軍指揮官約翰·福斯中將和南方司令部建立聯絡。
福斯知道在「藍勺行動」開始之前他不會有行動的控制權，甚至行動開始後也不會有，所以他在開始的時候把計畫權授予巴拿馬特種部隊總部，但在隨後的1年里，他一直對巴拿馬特種部隊的作戰計畫進行監督。
與此同時，參謀長聯席會議聯合參謀部作戰部長凱利仍然對此感到不滿意，認為這種指揮機構臃腫而鬆散。1988年11月他約見了南方司令部和美國陸軍司令部的作戰部長來解決問題。他主張把軍部作為一個完整的整體置於所有已部署的戰鬥部隊之上，但他無法說服沃納——即使南方司令部的作戰部長馬克·西斯內羅斯准將和凱利意見一致。海軍上將克羅似乎也同意他的意見，但他沒有否決南方司令部。