到20世紀70年代後期，特種部隊的經費只佔整個國防預算的1‰（現在佔3.2%）——即使這樣也比原有份額有所提高。因此，訓練、戰術機動能力和活動節奏都受到了限制 ，而且在現代化方面也沒有什麼大的進展。
然而，世界在不斷變化。叛亂活動有增無減，國際恐怖主義愈演愈烈。像「沙漠一號」營救悲劇和「馬亞圭斯號」營救行動的失敗，又一次突出地說明了一個不爭的事實：美國正在喪失對非常規威脅的反應能力。對此必須採取一些措施。
事實上，軍方高層大多數人都未意識到這一點，但有一小部分人看到了這個不祥之兆，80年代初的陸軍參謀長愛德華·C·夏伊·邁耶將軍便是其中之一。在反映高層領導觀點的、1980—1981年的《陸軍綠皮書》上，他以「變革帶來的挑戰」為題撰文指出：
「今天我們所尋求的陸軍的累積效應就是加速建設：一支能在北約範圍內或更遠地區內進行全球機動反應的部隊；能在綜合戰場最惡劣的條件下長期作戰的部隊；一支能夠靈活自如地適應所有低強度衝突的部隊。」一張顯示各種可能發生的、不同等級衝突的系列圖就可以說明為什麼最後一條尤為關鍵，因為「最有可能出現的挑戰來自系列底端的低風險、高回報的軍事行動，所以［我們需要］結構最優化的部隊，以便充分利用我們的國家資源。」
邁耶將軍說到做到。他運用其能力和聲望開始了大刀闊斧的改革，導致了：
1. 特種部隊指揮結構的變化，涉及到具有相關能力的陸軍部隊——所有的特種部隊、突擊部隊、心理戰部隊、民事部隊以及陸軍特種作戰航空部隊。
2. 特種部隊的現代化進程的制定、特種作戰部隊功能區域評估辦法的制定以及美國陸軍特種部隊總體規劃的制定。
邁耶將軍還下命令成立了特種部隊第1大隊，其目標主要針對太平洋地區。他還就如何提升心理戰部隊和民事工作部隊的能力作出了指示，並命令把其他各特種部隊的組織授權等級提升至最高優先等級。這就意味著特種部隊有權獲得他們需要的任何人員和裝備。
用卡爾·斯廷納的話說：「邁耶將軍認識到國家所面臨的挑戰的複雜性，認識到特種部隊迎接這些挑戰的能力。他把特種部隊帶出有史以來的最低點，並率領他們完成了許多重要任務。對此，邁耶功不可沒。」
這是一個良好的開端，但還有很多事情要做。此時，國會挑起了這一重擔。
1986年，國會通過了戈德華特-尼科爾斯法案，因為對邁耶將軍有所啟發的現實世界也啟發了他們。這是一次大範圍的軍事變革。它強化了統一的作戰指揮（如中央司令部或歐洲司令部的司令）以及參謀長聯席會議的作用，使參謀長聯席會議主席成為總統的主要軍事顧問，並在總體上對各軍兵種進行了優化組合。
同年，參議員山姆·納恩和威廉·科恩提議對該法案進行修正，以便對美國特種作戰進行一次同樣大範圍的改革。這一提議得以通過——其效果令人震驚。
第一，成立了美國特種作戰司令部（USSO），由一名四星上將指揮，負責指揮駐紮在美國國內的所有現役與預備役特種部隊（駐紮在海外的此類部隊一般由其所在地區的總司令指揮）。
第二，設立了分管特種作戰及低強度衝突的助理國防部長一職，負責這些方面的工作，包括對政策和資源的監督。
第三，確定了特種作戰的任務要求。現在這些要求包括：直接攻擊、戰略偵察、非常規作戰、外國內部防禦、民事、心理戰、人道主義援助以及其他由總統或國防部長下達的任務。
第四，讓新成立的美國特種部隊作戰司令部擁有自己的經費，並能自由支配這些經費。新設立了一個款項——主要部隊計畫（MFP-II）——要求國防部把特種部隊的經費與其他軍兵種的經費分開。只有在國防部長與美特種作戰司令部總司令協商後，才能對特種作戰司令部的經費進行修訂。
第五，這一修正案（後來成為立法）非常詳細地規定了新任命的總司令以及助理國防部長的職責、對人力和經費的控制、對特種部隊軍官及應召入伍士兵升遷的監督等內容。
特種作戰司令部終於成立了。
當然，麻煩的是一些細節問題。國會可以授權，但實施還要靠軍方。
首先，必須建立一個全新的指揮機構——組織的建立和人員的配備都要從頭開始——但是在如何實施的問題上，意見紛紛，觀點各異。例如，美國戰備司令部司令（1986年下半年）詹姆斯·林賽將軍有一個想法。戰備司令部的職責是為常規部隊準備兵力，向聯合地區司令部提供支援。這一職責包括部隊的部署及應急計畫的制定、受命部隊的聯合訓練，以及對美國本土的防禦。林賽認為，新成立的特種部隊司令部的任務與戰備司令部類似，並且提出「為什麼不把這兩個司令部合而為一呢？使特種部隊成為隸屬於戰備司令部的一個組成部分不好嗎？」他還進一步闡述其想法，提議這兩個司令部合成一個新的司令部，叫做美國攻擊司令部 。
林賽將軍最初的計畫及其修改後的計畫都未被採納，因為它們沒有考慮納恩-科恩立法中的要求是，建立一個類軍事組織，由一名四星上將領導——（而不是隸屬於戰備司令部或戰略司令部的三星中將司令）——但這是發人深思的……其結果也一定令他非常吃驚。
1987年1月，參議員科恩給參謀長聯席會議主席海軍上將克羅送去一道指令，要求新成立的司令部必須全部由特種部隊人員組成，並且具備「自主行動」的權力。1月23日，參謀長聯席會議宣布準備撤消戰備司令部，在它的基礎上建立特種作戰司令部，使用它的設施、資源、行政機構以及能夠承擔這項任務的工作人員。同年3月，國防部長正式批准這一計畫。4月16日，在前戰備司令部所在地坦帕，特種作戰司令部正式成立——林賽將軍為它的第一任司令。
既然機構已經建立，指揮官就必須決定究竟讓誰進入這一機構——哪些人是「特種部隊」？可想而知，對於這一問題也不無爭議。陸軍方面還比較好說話，把它所屬的特種部隊——各特種作戰大隊、特種作戰航空兵以及第75突擊隊（後來在卡爾·斯廷納任司令期間，心理戰以及民事部隊也被編入特種部隊系列）——全都移交給了新的司令部。至於其他軍兵種，事情就複雜得多了。比如，當時隸屬於軍事空運司令部的空軍特種作戰部隊在轉交給美國特種作戰司令部後，空軍仍希望保留對其的部分控制。海軍陸戰隊有所謂的具有特種作戰能力的部隊，但並沒有真正的特種部隊。儘管海軍在這之前從未對其海豹突擊隊有所青睞，但是他們突然發現海豹突擊隊是海軍大家庭中不可分割的一個部分，並極力留住他們——而且想留住給海豹突擊隊的那一份預算。海軍想盡辦法，這使得這一爭執持續了大半年，但還是無濟於事，海豹突擊隊也轉到了美國特種作戰司令部麾下。最後，還有人爭論說，聯合特種作戰特遣部隊應該成為美國特種作戰司令部的一部分，或應該不受任何中間指揮層的阻礙，直接對國家指揮當局負責。最終，它也被列為美國特種作戰司令部的序列，作為一個二級聯合司令部。