比爾·亞伯勒面臨著一項巨大的工程，但是他首先必須「清理房間」——包括提高門檻。
1961年，也就是接管特種部隊之後不久，亞伯勒逐漸意識到特種部隊的原有成員中有很大一部分人達不到他的新型作戰部隊的標準。這些人都很厲害——有翻江倒海的本領。他們都是很有能耐的軍人，可是在政治上和心理上比較敏感的形勢下，他不能指望他們個個都能夠很好地發揮作用。
亞伯勒說：「在綠色貝雷帽部隊中，我特別不想留的，是那些『老油子突擊隊員』，也就是老式突擊隊中的那種人。坦率地說，在特種部隊中這樣的人還不少。
「在第二次世界大戰中，我曾經和突擊隊並肩戰鬥，我了解他們，也很欽佩他們的優點：他們是勇敢的『放血者』。他們是作戰的機器。可是他們根本不懂外交，根本不接受任何人的規勸。對於我們所說的比較人性化的特性，例如同情、憐憫、惻隱之心，他們幾乎從不放在心上。如果這些事符合當時的情形，那行。如果不是這樣，也行。他們去那裡就是打打殺殺的。不論你放手讓那些突擊隊或別動隊隊員去幹什麼，他們都會去。這是沒有任何問題的。
「不過，我在陸軍中的一些同事在陸軍部擔任重要職務，他們依然把特種部隊看成某種突擊隊。他們從來就不理解我們為什麼非要清除那麼多『老油子兵』，也不理解我們後來為什麼在資格課程中有那麼高的淘汰率。他們無法理解在判斷力問題上的淘汰率，也不理解在認識人性問題上的淘汰率。……一個不願和山民一起卧倒在地，向他作［武器］瞄準示範的人，對我來說是沒有用的。
「由於高淘汰率問題，我們不斷受到指責。但是只要我決意處理的事，我們就寸步不讓。我會堅持對從那個大鍋爐、那個體制中出來的每個人提出最起碼的要求。」
有些老特種部隊的人無論是在崗還是不在崗，都很厲害——這就給亞伯勒增添了更多的麻煩。
由於特種部隊的編製有限，提銜晉職都很困難。優秀的軍官在可能的情況下往往都不願意被分配到特種部隊來。那時，特種部隊對軍官的訓練水平也比較低：例如校官就可以免修資格課程，而且常常是這樣。
由於種種原因，特種部隊的優秀士官的前途比較光明，所以士官的質量就比較高，他們的專業技能也比較高（他們中的許多人是二戰和/或朝鮮戰爭的老兵，都具有相當豐富的實戰經驗；許多人都負過傷），亞伯勒在訓練新來者的時候，想充分利用這些士官的專業技能。但是他們總覺得自己的權很大似的，想怎麼干就怎麼干。他們與比他們年輕的士兵一起行動的時候，往往表現出不少野性。
對他們必須加以管束。
不過，更大的問題還是軍官問題。儘管有一些明顯的例外，很多軍官都把分配到特種部隊看成是一個暫時的棲息，是一個有男子樂趣的地方——酗酒、胡鬧、搞女人、勾搭別人的妻子。
這些現象必須制止。
在到任初期，亞伯勒把他的軍官——上尉和上尉以上的軍官——帶到基地的松林中，直截了當地說了他對他們的期望。他對他們不會溫良恭儉讓的。
這就是令人難忘的亞伯勒「林中訓話」。
「只要由我來負責特種部隊，」他開門見山地說，「這裡的規矩就要變。要有一個新的開端。
「首先，不準搞女人，不準酗酒，不準胡鬧，不準通姦。不能有調皮搗蛋的，不能有不服管束的。從現在起，所有這一切都在被禁之列——不準搞變通。我們要有道德標準，紀律標準，儀錶標準。
「第二，所有軍官都必須通過資格課程考核。不準有例外。不管他是什麼軍銜。
「第三，我所說的話適用於所有軍銜的人。沒有例外。所以你們要把這些話跟你們的士官交代清楚。
「最後，如果你們有意見，可以有兩種方式來處理。你們可以中止自己的職業生涯。你們也可以到我辦公室提出調動到其他單位的要求。否則，你們就必須來個脫胎換骨，如果你們還想留在這支部隊的話。」
那些最差勁的都走了；那些最好的都留下了。亞伯勒著手進行實質性的改革。
與此同時，特種部隊的軍官和士官開始覺得有了奔頭。如果你到了特種部隊，能夠幹得好，就有希望很快得到提拔，如果你願意，就有可能在部隊長期幹下去。
所以特種部隊對那些有野性的、不稱職的、守舊的人，已經不再是沒有發展的地方了。它成了一個讓人嚮往的地方，成了一個可以大有作為的地方。
肯尼迪政府明確表示，「對付叛亂」是美國政府外交政策的正式工具。此後不久，對付叛亂需要的一些主要武器系統的問題就突顯出來。它們必須聯繫與行為和社會科學有關的各種資源——心理學、人類學、政治學、經濟學、歷史學以及國際關係學——一起打造。問題在於如何把這些學科和比較直接的軍事功能結合起來，產生一個在對付叛亂的惡劣實戰環境中可以有效使用的工具。
特種戰爭中心必須對這一新領域進行研究。
比爾·亞伯勒本人就是學者和知識分子。他在情報和反情報工作方面的經驗使他學到了很多關於如何了解敵人（和朋友）的方法。他知道到哪裡去尋找知識和靈感的源泉以及如何去尋找。
他首先去找了羅傑·希爾斯曼。在提出反游擊戰以及非正規戰爭的概念方面，希爾斯曼在國務院和白宮都起了很大的作用。希爾斯曼到特種戰爭中心來過好幾次，向亞伯勒和中心的教官和學員提供了這方面的背景信息和觀點。
亞伯勒和他的參謀人員還研究了正面和反面的例子。正面的例子是英國人在馬來西亞的勝利。它指明了一條可行的反游擊戰理論——即要深入了解當地文化，在向當地的游擊隊滲透的過程中不要心慈手軟，然後把他們從人民中連根剷除。反面的例子就是法國在印度支那的失敗和他們在阿爾及利亞的虛假勝利。
向他提供經常性諮詢的人還有一些專家，包括查爾斯·M·泰勒（二戰中美國駐南斯拉夫軍事代表團團長，後來擔任美國之音的台長）、傑伊·扎沃德尼博士（時任賓夕法尼亞大學政治學教授，二戰時與華沙的波蘭抵抗組織並肩作戰，後來發表過許多關於非正規戰爭和心理戰方面的論著）以及其他幾個有專長的人。
他所諮詢的人和研究的有些問題是有爭議的。亞伯勒不怕使學生感到驚訝。他知道，按常規的思維是無法把這項工作做好的。
例如，有左翼思想傾向的法國軍人作家貝爾納·福爾就經常應邀到特種戰爭學校非常規戰爭班去講學。福爾的《沒有歡樂的街道》被用作該校的教科書。那是一本經典的歷史著作，寫的是法國在印度支那進行的那場戰爭。福爾對美國在東南亞的所作所為進行了言辭犀利、入木三分、不留情面的評論，常常在他的軍人聽眾中引起熱烈的反響。亞伯勒寫道：「他有事實，有數據，有歷史，還有個人體驗。而學生方面由於自尊心受到傷害，缺乏充分的資料，所以通常情緒比較低落。」
最後，福爾對美國的越南政策的鄙視，使得「五角大樓的一些人」對他在布拉格堡的頻頻出現表現出關注。亞伯勒接到華盛頓打來的一個電話：「那個叫貝爾納·福爾的法國人在特種戰爭學校是不受歡迎的人。」可是，當亞伯勒要求把這項命令落實成書面文字的時候，他們收回了這項要求，而福爾的出現就像催化劑一樣，繼續給學校里年輕的綠色貝雷帽們帶來衝擊。
關於非正規戰爭的另一個有爭議的看法，則來自有傳奇色彩的空軍上校愛德華·蘭斯代爾——似乎是從間諜小說中跳出來的真實人物。實際上他的故事曾經鼓舞了好幾位小說家；他是格雷厄姆·格林的《文靜的美國人》和萊德勒與伯迪克創作的《醜陋的美國人》中的人物原型（他們的人物中還可以看見羅傑·希爾斯曼的影子）。雖然他的成就是有爭議的——他在越南的行為值得懷疑——但卻是真實的。在20世紀50年代，蘭斯代爾被借調到中央情報局，而後被分配到菲律賓。他使得中央情報局在對付菲律賓的共產黨游擊隊（被稱為「胡克」）方面取得了極大的成功。
蘭斯代爾採取了好幾種辦法。首先，為了對抗共產黨的影響，他推出了一個無疑有很大影響的人物——拉蒙·麥格賽賽 。有人爭論說，麥格賽賽是菲律賓的華盛頓和林肯。他後來成為菲律賓總統，但是上任後不久就因飛機失事而死亡。第二，蘭斯代爾後來被人們說成是在「黑色」心理戰方面有超群才華的人——散布能夠傷人的謠言。例如，他在農村散布謠言說，內心邪惡的人將成為當地吸血鬼的盤中餐。接著他讓手下人把一個死胡克的血抽干，然後在脖子上戳洞，再把屍體仍到一條人來人往的路上。謠言不脛而走，說胡克是吸血鬼的美餐。第三點也是比爾·亞伯勒研究非正規戰和政治戰時最重要的核心問題。亞伯勒寫道：「埃德·蘭斯代爾使我認識到，我們所說的民事行為與正規軍在民眾中發揮作