1.陸贄評兩稅不公
歷史上足與賈誼媲美的唐代大政論家陸贄，曾批評兩稅制度有七種弊病。他說：
兩稅之立，則異於斯，唯以資產為宗，不以丁身為本。資產少者則其稅少，資產多者則其稅多 。曾不悟資產之中，事情不一：有藏於襟懷囊篋，物雖貴而人莫能窺；有積於場輔囤倉，直（價值）雖輕而眾以為富 ；有流通藩息之貨，數雖寡而計日取贏；有廬舍器用之資，價雖高而終歲無利。如此之比，其流（流即類）實繁。一概計估算緡，宜其失平長偽 。由是務輕費而樂轉徙者，恆脫於徭稅。敦本業而樹居產者，每困於徵求。此乃誘之為奸驅之避役。力用不得不弛，風俗不得不訛，閭井不得不殘，賦入不得不闕。
由上可知，兩稅制是獎勵人走上商業社會之路線，只注重資產，對農業社會有所損害，使人恐懼於安居置產。
農業社會以量入為出，商業社會則是量出為入，但兩稅制度之量出為入非同一般。中國人之置產是置不動產，可見到的，不生利的。故兩稅制是使某一種人（農民）吃虧，卻使另一種人（商人）佔了便宜。陸贄又說：「復以創製之首，不務齊平 ，但令本道、本州島各依舊額徵稅。軍興已久，事例不常，供應有煩簡之殊，牧守有能否之異，所在徭賦，輕重相懸，既成新規，須懲積弊。化之所在，足使無偏；減重分輕 ，是將均濟 。而乃急於聚斂，懼或蠲除，不量物力所堪，唯以舊額為準。舊重之處，流亡益多；舊輕之鄉，歸附益眾。有流亡，則已重者攤征轉重；有歸附，則已輕者散出轉輕。高下相傾，勢何能止。」
政府急於徵收，仍依舊額為準，只注意稅收總額，而不思公平分配，實乃此制之缺失。
2.兩稅制加劇貧富懸殊
當時人批評兩稅制之徵稅是以資產作標準，但如欲正確計算資產，實大不易。古代每畝地收若干稅有規定，且全國一律。但現在兩稅法是一年的收稅總額作為兩稅之定額，要依照大曆十四年所收之數為標準。故陸贄說：「此乃采非法之權令以為經制，總無名之暴賦以立恆規。」他批評政府並不體恤民間困苦，把平時徵收的稅如「急備」、「供軍」、「折估」、「宣索」及「進奉」等各種攤派，全部加入兩稅法中，一併征取。
更有甚者，兩稅制度隨地區而攤派，造成田多大家少派、田少大家要多派之現象。如遇荒年，田租加重，農民無法負擔而逃亡，人減少了，租稅再加重。故清代之賦稅制度最不合理，亦因為清制乃跟隨唐代之兩稅法演變而來。
清代時，江蘇省一府所出田租抵得上一個省。如江蘇省常州府之賦稅較一省為大，其原因就是「隨地攤派」。此即由兩稅制而來，故兩稅制實際上並非「量出為入」。所謂「定額以收」，乃是非法之權令，將無名之暴賦均加入田地之賦稅內，一切租庸調各稅均加入田租內。如田被大水沖壞，人逃走他鄉，但田租反而加重。農民逃聚之地區因人口增多，而攤派反而減少，故人人樂於逃亡他處。
租庸調製是稅目分明，兩稅法則並歸一項。前者授田征租之制，後者卻是僅征租而不授田。故兩稅制已完全喪失為民制產之精神，造成社會上貧富更為懸殊，土地兼并益發猖狂。當時有錢富家拚命買田，其情形一如漢代。正如陸贄所說，兩稅造成「富者兼地數萬畝，而貧者無容足之居」。使貧農只好「依託豪強，以為私屬。貸其種食，賃其田廬。有田之家，坐食租稅」。
當時「京畿之內，每田一畝，官稅五升，而私家收租殆有畝至一石者」。比官稅重20倍。即使中等之田，也比官稅重十倍。按當時之私租額已比租庸調舊制增加到20倍，即兩稅制之官稅亦已比租庸調製增高了。兩種稅制下之社會經濟及其一般景況，自然起了急劇之變化。而其中貧富之極端懸殊，富人之兼并土地實由兩稅制鼓勵所致。
3.利商不利農之法
兩稅制時，包含主戶客戶，前者是原住民土著，後者屬外地流移寄居之謂。在當地有居民戶籍冊者便得納稅。
當時之客戶依主戶為生，受主戶之役使與約束。但客戶亦有稟性狠悖者，或做些小買賣；或學些雜務；或本為無妻之戶，而誘人妻女而逃；或丁口繁多，衣食有餘，有能力買三五畝田宅，自立門戶，而脫離主戶而去。可見此時之客戶亦有獨立之私產與儲蓄，並有可能轉變其身份為主戶，甚至成為豪民者也有。
至北宋時，主、客戶口丁數皆分別統計。客戶是在經濟上有租貸契約關係而受主戶之管束。與漢代所謂奴隸，唐朝所謂部曲戶者不同。故唐、宋時期之客戶並非農奴。
當時有大量土地之莊園主亦得向國家納稅。大曆四年有諸道將士莊田，一切依照九等輸稅之詔，其取利不過從私租重於官稅處所得，可見唐中葉以後之莊園田主與古代之封建貴族不同。此可謂乃實行兩稅制後農田兼并下之一種情態。與租庸調製自不可同日而語。
兩稅制因量出為入，與農業經濟之情況並不契合，因田地所產作物有固定之常額。在正常運作時，每耕種三年，必有一年儲蓄以應付非常事變，如遇水旱荒災則可得官府減免田租。現在既定了「量出為入」的制度，則有不顧收穫而隨意加征之弊，難免此後造成租稅日益加重之現象。
還有，兩稅制乃用錢幣納稅，實乃妨農而利商。史載：「定稅之數，皆計緡錢，納稅之時，多配綾絹。」納稅人以所供非所業，必將增價以買所無，減價以售所有，使豪家大商得益，而農民日困。當時如無錢幣，則可代以實物。但物與錢的比例並不固定，時有漲落。如前時一匹絹值3200文，今一匹絹則1500文。即從前一匹，後來要兩匹余。
行兩稅法後40年，有人說從前一匹絹值4000文，斗米200文，如一家要納稅一萬文，兩匹半絹已足夠。今則一匹絹僅值800文，斗米只50文，故要12匹絹才夠繳稅，如延至六月，絹價將更下跌。賣絹繳錢，人民吃大虧。故兩稅法是為政府而設，乃針對日盛之商業經濟作預算，對農村社會大不利。此後中國之稅制，只將兩稅制稍加改動，竟不能再回到租庸調製之路。