圍繞秦始皇評價的第二個重要議題是郡縣制與分封制的爭論。當年，正是這場爭論，引發了震驚世人的焚詩書事件。
明末清初的大學者王夫之在《讀通鑒論》一書中指出：「夫封建之不可復也，勢也。」這是說秦始皇廢除分封制推行郡縣制是歷史的大趨勢，不是哪一個人可以決定的。
王夫之並沒有進一步解釋為什麼郡縣制代替分封制是歷史的大趨勢，但是我們完全可以理解這一點。
周朝施行封土建國的分封制之始，周天子力量強大，完全有能力擔當天下共主；各諸侯國之間因為血緣關係親近也不會相互征伐。但是，隨著時間的推移，後世各諸侯國的血緣越來越疏遠，相互之間以強凌弱的現象屢屢發生，不可禁絕。而且，一旦出現這種情況，周天子天下共主的地位一定會削弱，周天子無法行使自己的權力。諸侯國中最強者必然會出面收拾殘局，打著維護周天子地位的旗號彰顯自己的實力。這幾個強者就是霸主。春秋五霸因此就出現了。
稱強稱霸者最終並不會滿足於霸主的地位，一旦它們能夠控制局面，必然還會兼并小國，擴大自己。諸侯國之間的這種相互兼并發展到極致，天下就只剩下最強的幾個諸侯國。這些諸侯國繼續進行兼并，最終一國戰勝他國，形成天下統一。
所以，天下一統的大趨勢是無法逆轉的。當最終兼并所有諸侯國統一天下的一國取得完全的勝利之後，它仍然面臨著施行封土建國的分封制還是施行郡縣制兩種選擇。但是，封土建國最終必然導致霸主爭霸、諸侯兼并。兼并成功者如果想避免周朝的悲劇，只能選擇一種新的可以避免重蹈歷史覆轍的辦法，這種辦法就是在全國範圍內施行郡縣制。所以，施行郡縣制是大勢所趨，是歷史的必然。
王夫之認為廢除分封制而實行郡縣制還有兩大好處：一是可以減少百姓負擔，二是可以實行選舉。分封制度下的官員是世襲的，貴以承貴，賤以承賤。所以繼承人大大多於郡縣制下任命的官員，官員數量多，百姓的負擔自然加重。同時，只有廢除了世襲的分封制，才有可能施行科舉制，使平民百姓有可能進入官員隊伍。
清初學者顧炎武作有《郡縣論》九篇，首篇就說：「封建之廢，非一日之故也。雖聖人起，亦將變而為郡縣。」《顧炎武全集》第二十一冊《亭林詩文集》，上海古籍出版社2011年版）可見，認為郡縣制代替分封制是歷史必然，這是一批學者的共識。
顧炎武進一步研究分封制和郡縣制各自的弊端，得出了「封建之失，其專在下；郡縣之失，其專在上」的結論。
在中國兩千多年有關分封制和郡縣制的討論中，以顧炎武的思考最具深度。
顧炎武之所以能夠看出分封制與郡縣制各自的弊端，是因為他生活在明清兩代極度專制的皇權制度下，更能看出作為皇權專制政治基礎的郡縣制的缺失。
清代另一學者袁枚也從一個嶄新的角度評價了分封制和郡縣制的優劣。不過，袁枚的立論和其他學者大不相同。袁枚認為，分封制的社會環境寬鬆，所以才會有孔子、孟子等諸子百家學說的誕生。如果在郡縣制下，思想高度統一，就不可能出現百家爭鳴的局面。
賴有封建，然後栖栖皇皇之衛，之陳、蔡，之梁，之齊，之滕，几几乎有可行之勢。而諸侯敬，弟子從，則聲名愈大，千萬年後猶知遵奉為師。使聖人生於郡縣之世，三試明經不第，則跼促一邦，姓氏湮沉，亦「遁世無悶」已耳，安見其有以自立於天下耶？（周本淳標校《小倉山房詩文集》卷二十三《再書封建論後》，上海古籍出版社1988年版）
袁枚還認為，實行分封制，如果天子不道，天下的諸侯多著呢，百姓在「千八百國中，苟有一賢君，則民望未絕」。商湯就是以一個諸侯的身份取代了夏桀建立商朝，周武王也是以一個諸侯的身份取代商紂王建立周朝。袁枚認為，分封制是多元政治，郡縣制是皇帝專權，行分封可以形成政治多元，行郡縣則易造成君權至上。
分封制的缺點在於封國勢力強大之後，各自爭霸爭強，不服從中央政府。郡縣制的優點在於不會出現封建制下的「尾大不掉」的弊端，但是郡縣制之下郡守、縣官是由皇帝任命，一屆到任之後就會遷轉，由於遷轉的次數過於頻繁，很難洞察各地的民情。等到這些官員熟悉了當地的情況，想有所作為之時，已經一屆到任，所以，各地官員都把自己管轄的地方看作是個中轉的驛站，把屬地的百姓看作是路人。
袁枚的看法有一定的道理。袁枚提出這一說法主要是希望能夠通過施行分權削弱皇帝的專權，但是他忽略了另一個問題，即分封制下的不法諸侯王。他們不是數年一遷轉，但如果他們專橫殘暴，該諸侯國的百姓不知要受多少磨難才能有出頭之日。所以，郡縣制的官員任期確實存在問題，但是分封制下的終身制同樣有諸多弊病。袁枚之說具有參考價值，但並非良策。
民國時期著名的思想家梁啟超在1920年寫的《戰國載記》一文也指出：
天下之統一，勢也，不統於秦，亦統於他國。而統一之愈於分爭，則明甚也。天將假手於秦，以開漢以後之局，夫誰能御之！而秦與他國，又何擇焉！
秦並六國，實古代千餘年大勢所趨，至是而始成熟。非始皇一人所能為，並非秦一國所能為，其功罪尤非一人一國所宜任受也。（《梁啟超全集》第十二卷《戰國載記》，北京出版社1999年版）
這等於承認：
第一，天下統一是大勢所趨，是千餘年來大勢的邏輯歸宿。
第二，統一之利遠勝於分裂之害。至於是誰統一都無所謂，關鍵是要統一。
第三，秦始皇統一天下不是他一人的功績，他的罪過也不能由他一人承擔。
這些學者之所以大唱分封之歌，關鍵是他們目睹了明、清兩代皇帝專權的各種危害。提倡分封只是一種政治策略，他們是想用分封制的分權解決郡縣制的專權，這是在新時代新形勢下學者們的新思考。