在所有有關秦始皇的評價中，最具爭議的問題是焚詩書坑術士，但是，唐代之後，「焚詩書」里的「詩書」變成了所有的書籍，「坑術士」中的「術士」演變成了儒者，變成了「焚書坑儒」。所以，焚書坑儒成為後期評議的重點之一。
第一個涉足這一熱點的是南宋初年的大學者鄭樵（1104—1162）。鄭樵是南興化郡莆田人（今福建莆田），是中國古代著名的歷史學家、目錄學家。鄭樵一生不應科舉，努力著述。《通志》是其最具特色的著作，這是一部專門以研究中國古代典章制度為專題的史書。其中《校讎略》一卷中，鄭樵寫下了《秦不絕儒學論二篇》兩篇文字。這兩篇文章不長，但是，它提出了一個重大課題，即秦始皇坑殺的儒生只是「一時議論不合者」，「秦時未嘗廢儒」，「秦時未嘗不用儒生與經學」。
鄭樵的依據有六點：一是漢初大儒陸賈就是秦朝之人；二是劉邦手下另一重臣酈食其也是秦朝儒生；三是為劉邦議定朝儀的叔孫通是秦朝中央政府的「待詔博士」；四是秦二世在坑術士之後曾經召集博士三十餘人商議朝政；五是叔孫通降漢王劉邦之時，手下有儒弟子百餘人；六是項羽死後魯地百姓為項羽守節，直至劉邦將項羽的人頭示眾，魯地才降漢。可見，秦朝宮廷並沒有廢儒學，所以大秦帝國有儒生、有儒學、有儒學之風。
鄭樵之論，干係甚大。他首先說明秦始皇坑儒並不是有計畫地廢儒學，而是「一時」衝動。秦始皇對儒家學士、儒家學說都未廢止。這是對秦始皇坑儒的重要新釋，也是自兩漢以來對秦始皇焚詩書坑術士的一次重大翻案。
鄭樵提出的另一個重大課題涉及焚詩書。
鄭樵認為，劉邦進入咸陽，蕭何入秦宮收秦律令圖書，證明秦始皇並未焚書。世傳的焚書事件，只是「一時間事耳」。所謂「一時間事耳」即是指一個短時期內發生的事，不是持續不斷地焚書。而且，真正導致經書毀滅的不是秦始皇焚書，而是另外一大原因——學者窮經而經絕。「自漢已來，書籍至於今日，百不存一二，非秦人亡之也，學者自亡之耳。」（鄭樵《通志》卷七十一《秦不絕儒學論二篇》，中華書局1987年版）
什麼叫「學者窮經而經絕」？鄭樵的意思是說，學者煩瑣的注經方式導致通一經必須終其一生，而經書本身又缺乏實用，這導致了經學的衰微。
與鄭樵同時代的另一個著名學者范浚（1102—1150），對秦始皇焚詩書提出了與鄭樵類似的看法，他也認為詩書之亡並不是秦始皇焚書導致的。在《對秦問》中，他承認秦始皇焚過書，但是秦始皇的焚書並沒有導致詩書的消亡。范浚提出了兩點證據：第一，現在仍然有六經傳世，難道現在看的六經不是詩書嗎？所以秦始皇焚書並沒有導致詩書的消亡。第二，經之所以為經，並不僅僅依靠簡牘的傳播方式而存在，它可以有多種傳播途徑。被秦始皇燒成灰者不過是些枯竹罷了，漢代不是從房屋牆壁中發現了詩書嗎？因此，詩書不會因為秦始皇的焚書而消亡。
范浚的觀點與鄭樵不謀而合：秦始皇確有焚書之舉，然而對書籍造成的影響並沒有後人誇張得那麼嚴重。但是，范浚與鄭樵兩個人論證的目的不盡相同，鄭樵意欲為秦始皇焚書翻案，范浚則想說明秦始皇通過焚書的辦法來控制天下言論是不可行的，焚書最終導致了焚國（其焚詩書，非焚詩書也，焚其國也。……吾今乃知天下之不可愚，又知詩書之不為秦焚亡矣。《香溪集》卷五《對秦問》，影印文淵閣《四庫全書》，台灣「商務印書館」1986年版）。
范浚的觀點在歷史上並沒有引起多大的反響，因為他想證明的「焚書亡國論」與以前的對秦始皇的批判並沒有多大分別，只不過借用了另外的一種論證方式而已。與之相比，鄭樵石破天驚、標新立異的觀點確實令人耳目一新，但也因此引發了後人的激烈爭論。
明人孫承恩率先發難，針對鄭樵的看法，他專門撰寫了《秦儒》一文，痛斥鄭樵之言是「不深考而妄為議論」。孫承恩為什麼這樣說呢？
首先，陸賈、酈食其雖然是秦儒，但是他們卻沒有被朝廷重用。叔孫通「待詔數年，獸畜而已」。如果非要對天下儒生斬盡殺絕才算廢儒，豈不是太苛刻了？
其次，秦帝國的博士相當龐雜，有占夢博士，有方士，即使留下來一些未殺的儒生，也未必是真正的儒生。
最後，歷史上的暴君像夏桀和商紂王也沒有干過坑儒之事，秦始皇做得比古代亡國之君更為暴虐。
仔細比較一下鄭樵與孫承恩的看法，應當說孫承恩的話更有說服力。鄭樵過於傾向為秦始皇「焚詩書坑術士」進行辯護，反而顯得有些蒼白無力。但是，鄭樵的聲音反映了一個事實，當時間拉開一段距離之後，再對秦始皇的作為進行重新審視時，人們對秦始皇的功過看法正在悄然發生變化。
距離產生美感。歷史評價必須有待時空距離的檢驗。距離太近，往往太功利太現實；只有拉開距離，人們對歷史評價的視野才更廣闊，對歷史的認識才更深刻，才更具有歷史哲學的高度。
鄭樵對焚詩書的闡釋得到了晚清著名學者章太炎的大力支持。章太炎寫了《秦獻記》一文，他認為：「燒書者，本秦舊制，不始李斯。」章太炎還引了《韓非子·和氏篇》的「商君教秦孝公以連什伍，設告坐之過，燔詩書而明法令」為證，說明秦國自商鞅之時就有焚書之議。章太炎此說明顯是為秦始皇的焚詩書進行開脫。只是章太炎的開脫比鄭樵聰明，因為秦始皇焚詩書是秦國一以貫之的做法，並非只是秦始皇一個人的行為。這樣，秦始皇焚詩書的暴行就有了新的承擔者，不必由秦始皇一個人獨自背負千古罵名了。
鄭樵之說的意義在於他對秦始皇的評價擺脫了傳統評價中只罵不分析的傾向，明確指出即使是備受後人詬病的焚詩書坑術士也還有重新分析的必要。章太炎的言論意在說明秦國施行文化專制由來已久，並非自秦始皇開始。這些看法對我們認識秦始皇的焚詩書坑術士都有重要的參考價值。
魯迅先生曾經在《華德焚書異同論》中指出：「不錯，秦始皇燒過書，燒書是為了統一思想。但他沒有燒掉農書和醫書；他收羅許多別國的『客卿』，並不專重『秦的思想』，倒是博採各種的思想的。」（《魯迅全集》第五卷《准風月談》，人民文學出版社2005年版）
對秦始皇的焚書坑儒，清代的朱彝尊也提出了一個嶄新的觀點，他認為秦朝確實曾經焚書，但不是秦始皇心甘情願乾的，而是處士橫議者燒的。為什麼這麼說呢？他認為有五個方面的理由。
第一，秦國一直以來是重法的，是以法治國的。通過三件事情可以看出秦國對法律的執行非常嚴格。一是秦孝公時期對公子虔的處置。自從商鞅變法以來，秦國的法制建設就被不斷強化。商鞅變法內容頒布執行之時，太子犯法，商鞅認為，法律之所以不能嚴格貫徹執行，是因為領導階層率先違法，因此，在商鞅的堅持下，太子的師傅公子虔被割掉了鼻子。二是秦昭襄王時期對國君至親權貴的驅逐。范雎為相，實行「固干削枝」的政策，堅決剝奪親貴手中的大權，於秦昭襄王四十一年（前266）被收回穰侯的相印，令其回封地養老。接著又把華陽君、涇陽君、高陵君驅逐到關外，將宣太后安置於深宮，不準其再干預朝政。對此，當時的秦昭襄王認為依法理當如此（衛鞅曰法之不行自上始也，刑則加於太子之師傅；而范雎為相，棄逐君之母弟，秦之君以為法在焉。《曝書亭集》卷五十九《秦始皇論》，世界書局1984年版）。三是荊軻刺秦時大臣的表現。當秦始皇在咸陽殿上被手持匕首的荊軻追得上躥下跳時，左右之臣除了給秦始皇吶喊助威，無所作為，因為秦朝法律規定大臣不得攜帶兵器上殿，左右之臣寧可眼巴巴地看著他們的主子被追殺的醜態卻不敢操尺寸之兵上殿，在當時看來「於法宜然，無足怪也」。由這三件事，可以看出秦國對法律的熱衷與依靠。秦國一切都依靠法律，法制是秦國的基本國策。既然如此，當有影響法制的貫徹和執行的行為、語言發生時，掌權者必然要採取維護法律尊嚴與權威的措施，哪怕是激進的措施。
第二，處士橫議。士人對社會及統治者指手畫腳的風氣由來已久。當周天子大權旁落之時，天下處士就開始議論滔滔了，孟子認為這些人無父無君，無異於禽獸，說的都是歪理邪說。隨著秦國勢力的漸趨強大，這些處士開始以攻擊秦國為快事，稱秦國為「嫚秦」（「嫚」是輕視、侮辱之意）、「暴秦」「虎狼秦」「無道秦」，各種侮辱斥罵的詞語無所不用其極，只恨語言不夠豐富。這個時候，秦始皇剛剛統一了六國，六國的貴族正處於國破家亡的痛苦之中，因此秦始皇對這些妄議者隱忍未發。
第三，機緣巧合。秦始皇三十四年（前213），博士淳于越在咸陽宮殿上那一番要求秦始皇分封子弟的話語成了導火索。妄加議論，以古非今，禍機一動，李斯上言，燒毀百家之說，而詩書也隨之遭殃。