秦始皇通過「焚書」和「坑儒」這兩件大事，在極短時間內迅速統一了思想、控制了輿論，造就了包括思想在內的大一統的歷史格局。但是，「焚書坑儒」一直被作為秦始皇殘酷暴戾的鑿鑿證據，被後世天下文人唾罵了兩千餘年，以至於今天一想到這個歷史事件，有人仍然耿耿於懷，恨不能掘墓鞭屍，恨不能穿越兩千多年的時空，對秦始皇食肉寢皮、敲骨吸髓。這種仇恨實際上是後來的文人們潛意識裡面的集體恐懼。不過如果要評價一個歷史事件，最好從該事件造成的後果的角度來評價，而不要採用道德或者感情的標準，為道德、情感所綁架。那麼焚書坑儒的歷史後果是什麼呢？
第一，焚書的後果。
一是開了愚民統治先河。
秦始皇焚書的惡果不僅僅在於他燒毀了大量先秦典籍，更重要的在於秦始皇開了一個極其惡劣的頭——用暴力推行愚民統治和控制輿論。對於秦始皇來說，這是他實行個人獨裁統治的必然，但是，對於整個封建社會而言，用暴力對天下百姓進行愚民統治是一個可怕的開端。
二是焚書令不能解決分封制與郡縣制之爭。
焚書令的導火索只是朝堂之上有關分封制與郡縣制孰優孰劣的一場爭辯。分封諸侯的危害在未來，實行郡縣制的危機在當前。分封諸侯到了若干代之後會出現諸侯之間因血緣關係疏遠而相互殺奪的惡果；實行郡縣制的危機在於，一旦出現暴亂就會出現無人勤王的嚴重局面。所以，分封制與郡縣制二者各有利弊。秦始皇當年統一天下之始就曾因立封國還是設郡縣發生過爭論，但是，因為秦始皇立場鮮明地支持主張郡縣制的李斯，所以，全國推行了郡縣制。可是，分封制與郡縣制之爭並沒有因為全國已經普遍實行了郡縣制而宣告結束，以淳于越為代表的儒生仍然堅持分封制，因為他們認為只有實行分封制才能鞏固政權。
淳于越是秦始皇時代堅持政治主張、保持政治底線的秦朝博士的代表。這些堅持自己政治主張的博士們沒有因為秦始皇主張郡縣制而屈服，他們堅持己見，堅信分封制是保證秦王朝長治久安的正確制度。
秦始皇對博士相當重視，在朝廷設博士七十人，這在中國曆朝歷代中都是博士人數最多的。但是，秦始皇建立「一人」政權，實行皇帝制度，他雖然廣蓄博士，卻不能聽從博士們的意見。一旦在政治制度的層面上發生衝突，如分封制與郡縣制，秦始皇就不會從諫如流了。
秦始皇不採納博士們的意見也不是大事。問題出在秦始皇不聽從博士們的意見，卻採納了李斯的建議，下達了焚書令。秦始皇沒有處罰淳于越，這是他的明智；但是，秦始皇妄圖用焚書的辦法杜絕博士的意見，杜絕天下人對政治的評議，卻是最愚蠢的辦法。
三是中國歷史上大多數士人都反對焚書。
我們不妨看兩首古詩，看看古人是怎麼看待秦始皇的焚書令的。唐人章碣寫有《焚書坑》一詩：
竹帛煙銷帝業虛，關河空鎖祖龍居。
坑灰未冷山東亂，劉項原來不讀書。
（彭定求等編《全唐詩》，中華書局1999年版）
此詩首句的「竹帛」代指書，秦代的書都寫在竹簡、木牘之上，所以「竹帛」就代表了書。「煙銷」，指書已被焚。「帝業虛」，指焚書的結果並不像秦始皇所想像的那樣能夠愚民，反而使大秦王朝的帝業受到極大傷害。
第二句中「關河」，指江山。「空鎖」，指白鎖。「祖龍」，指秦始皇。全句說秦始皇千方百計地防範天下的讀書人，結果只蒙蔽了他一個人，使他誤以為焚書可以愚弄天下百姓，其實，一點作用都沒有起到。
第三句「坑灰未冷」，指焚書不久。秦始皇於公元前213年（秦始皇三十四年）下達焚書令，三年之後即公元前210年，秦始皇死去，四年之後秦末大起義爆發。「山東亂」，指天下大亂。
第四句「劉項」，指劉邦、項羽。「原來不讀書」，諷刺秦始皇的愚民政策失敗。
全詩譏諷秦始皇焚書杜絕言論，大搞愚民政策，企圖讓秦朝基業萬世永存，但是，沒有想到最終推翻秦朝的劉邦、項羽根本就不讀書，焚書對他倆完全不起作用。焚書，搞文化專制，最終秦朝卻被不讀書的起義者所推翻。真是「人算不如天算」！
還有一首無名氏寫的《焚書坑》詩：
焚書只是要人愚，人未愚時國已墟；
惟有一人愚不得，又從黃石授兵書。
（陸容《菽園雜記》卷一，中華書局1985年版）
秦始皇焚書本來是要實行愚民政策，結果人未愚而國已滅。因為秦始皇禁錮整個天下的人不讀書，卻擋不住「一人」不愚，這個人就是劉邦手下最有名的謀士張良。張良從黃石公那裡讀了兵書，知道如何用兵天下。僅此「一人」足以置秦王朝於死地。
從後人的兩首焚書詩來看，秦始皇的焚書絲毫沒有阻擋秦帝國的滅亡，只留下了一個兩千多年來為人譏笑的話柄，一個引人深思的歷史教訓：愚民不能鞏固統治。
第二，「坑儒」之說不準確。
「坑儒」在司馬遷的《史記·儒林列傳》中被稱作「坑術士」（及至秦之季世，焚《詩》《書》，坑術士。《史記·儒林列傳》）。這裡的「術士」是指儒生之中主張陰陽五行的一批人。
東漢王符的《潛夫論·賢難》也稱：「此亡秦之所以誅偶語而坑術士也。」王符把「焚書」稱為「誅偶語」，把「坑儒」稱為「坑術士」。
「術士」是方術之士，「儒生」是儒家士人，這兩個概念有聯繫也有區別。「術士」也讀儒家經典，但是，「術士」更多是精通方術。盧生、侯生都是為秦始皇尋求仙藥的方術之士，並不是純儒。
所以，從這層意義上來講，「坑儒」的叫法並不準確。
班固的《漢書·郊祀志》載：「始皇封禪之後十二年而秦亡。諸儒生疾秦焚《詩》《書》，誅滅文學，百姓怨其法，天下叛之。」
班固說的「文學」是指「文章學術」，基本上相當於「儒生」，但是，班固仍未用「焚書坑儒」之說。
《漢書·儒林傳》言：「及至秦始皇兼天下，燔《詩》《書》，殺術士。」
可見，漢代的多數學者均認為，秦始皇坑殺的是術士，而不是儒生。應當說，這是一個比較客觀的說法。
出現於魏晉時期的偽《古文尚書》中的《孔安國序》正式使用了「焚書坑儒」一詞：「及秦始皇滅先代典籍，焚書坑儒，學士逃難解散，我先人用藏其家書於屋壁。」
南北朝時期劉宋時代范曄的《後漢書·陳蕃傳》又一次用了「坑儒」之說：「伏見前司隸校尉李膺、太僕杜密、太尉掾范滂等，正身無玷，死心社稷。以忠忤旨，橫加考案，或禁錮閉隔，或死徙非所。杜塞天下之口，聾盲一世之人，與秦焚書坑儒，何以為異？」
另外，侯生與盧生議論秦始皇時，特意說明當時咸陽「候星氣者至三百人」，可見京城咸陽的術士之多。
第三，「坑儒」新說不可信。
我們講的秦始皇坑術士是據《史記·秦始皇本紀》，這是最原始也是最可靠的依據。但是，關於坑儒之事還有一說。據東漢衛宏記載，秦始皇將古文字改為小篆和秦隸，擔心天下讀書人不服從。於是，召集天下的讀書人到京城，先封為郎（侍從），再秘密派人在驪山有溫泉的地方種瓜。由於地下溫暖，冬天長出了瓜，秦代沒有塑料大棚，當時可是一大奇聞。秦始皇於是藉機下詔令天下博士討論冬天長瓜一事，博士們議論紛紛，爭執不下，秦始皇趁機派博士們前往驪山實地考察。當博士們在驪山山谷的一塊瓜地實地考察之時，秦始皇暗令從山上往谷中填土，七百多位博士全部被活埋於驪山山谷之中（秦改古文以為篆隸，國人多誹謗。秦患天下不從，而召諸生至者皆拜為郎，凡七百人。又密令冬月種瓜於驪山硎谷之中溫處，瓜實，乃使人上書曰：「瓜冬有實。」有詔天下博士諸生說之，人人各異，則皆使往視之，而為伏機。諸生方相論難，因發機從上填之以土，皆終命也。陳師凱《書蔡氏傳旁通》，影印文淵閣《四庫全書》，台灣「商務印書館」1986年版）。
後來，唐人顏師古為《漢書》作注，唐人張守節為《史記》作注（《史記正義》），唐人章懷太子李賢為《後漢書》作注，唐人李善為《文選》作注，都不約而同地引用了衛宏的說法。可見，東漢衛宏的「坑儒」新說在唐代極為盛行。
兩種「坑儒」說差別很大。《史記》記載的坑儒是因方士欺騙秦始皇，引發秦始皇大怒而捕殺術士。衛宏新說則是秦始皇擔心統一文字引發讀書人的不滿，所以，設計將天下讀書人騙至京城並殺死。兩說的起因不同，實行坑殺的心理狀態也不同。本為事實的原說在唐代反為衛宏的新說所代替，並且廣為流傳。這說明唐代之後，秦始皇的坑術士遭到了空前的社會批判。
可見，秦始皇焚詩書坑術士一事在一定程度上被放大了