秦始皇下達焚書令，導火索是博士們關於分封制和郡縣制孰優孰劣的爭議。一場政治制度的爭論會引發秦始皇下達如此政令，我們可以看出秦始皇是想用暴力手段來控制輿論，進而鞏固政權，這可以說是一種愚民政策。這件事情就是秦始皇的「焚書」事件，那麼，震驚世人的「坑儒」又是怎麼回事呢？
秦始皇三十二年（前215），秦始皇開始了他當皇帝之後的第四次大巡遊。這一次，秦始皇主要巡視的是北方邊地。就是這一次，他遇到了燕人盧生，便派盧生出海去尋找仙藥。盧生非但沒有找到仙藥，反而給秦始皇帶來了「亡秦者胡也」的讖言。
還是這一年，求仙急切的秦始皇派了韓終、侯生、石生等一批方士也去尋求長生不老之葯。
三年之後（前212），找不到仙藥的盧生向秦始皇建議隱匿自己的行蹤，以免打擾真人光臨。秦始皇以「真人」自稱，廢除稱「朕」。接著發生了秦始皇隨從向李斯泄露秦始皇不滿他車隊盛大的事件，招致秦始皇將自己評價李斯時在身邊的全體侍從統統處死。
焚書和殺死隨從兩起惡性事件發生之後，侯生、盧生等人害怕了，他們擔心厄運會降臨到自己頭上，擔心因為找不到仙藥而受到秦始皇的嚴厲處罰。於是，他們聚在一起議論朝政和秦始皇，這場議論觸及了三個十分敏感的話題：秦始皇的為人，秦始皇的為政，秦始皇的求葯。
侯生、盧生認為秦始皇是一個剛愎自用的人，一個自以為功高天下的人，一個只信任獄吏的人，一個以刑殺統治天下的人，一個貪戀權力的人，一個為求仙藥濫殺的人。
侯生、盧生對秦始皇的這些評價涉及秦始皇為人的方方面面，而且，所有的評價都是負面的：剛愎自用、自以為是、專任刑殺、迷戀權力。
為什麼說秦始皇剛愎自用、貪戀權力呢？侯生、盧生認為秦始皇兼并天下之後志滿意得，以為自古以來無人能趕上自己的功績，行事過於自信，不太聽從他人不同的意見（始皇為人，天性剛戾自用，起諸侯，並天下，意得欲從，以為自古莫及己。《史記·秦始皇本紀》）。因此，朝中雖有博士七十人，但只是個擺設，實際上，秦始皇並不信任他們（博士雖七十人，特備員弗用。《史記·秦始皇本紀》）；丞相大臣也是擺設，他們只是奉旨辦差（丞相諸大臣皆受成事，倚辨於上。《史記·秦始皇本紀》），天下之事，事無大小，都必須由皇帝一人拍板定案。秦始皇每天用秤稱量公文的重量（當時的公文都是書寫在簡牘之上，簡牘較重，因此公文可以稱量），每天不批閱完一百二十斤公文的定額不休息，白天晚上都有規定的指標（天下之事無小大皆決於上，上至以衡石量書，日夜有呈，不中呈不得休息。《史記·秦始皇本紀》）。
自以為是、專任刑殺指的是什麼呢？秦始皇專門任用治獄的官吏，與獄吏們親近，好多獄吏獲得了秦始皇的寵幸（專任獄吏，獄吏得親幸。《史記·秦始皇本紀》）。他喜歡通過刑罰殺戮來確立自己的威望，而朝中大臣由於害怕丟官被殺，沒有一個人敢向秦始皇提不同意見（天下畏罪持祿，莫敢盡忠。《史記·秦始皇本紀》）。長此以往，在上位者聽不到不同意見而更加自以為是，處下位者欺騙皇上以博取信任（上不聞過而日驕，下懾伏謾欺以取容。《史記·秦始皇本紀》）。
侯生、盧生本是秦始皇追求長生夢想的重要依靠對象，他們的主要任務很明確，就是求仙問葯，但是，在他們看來，這樣一個剛愎自用、迷戀權力的君主，是不值得他們為其尋求仙藥的（貪於權勢至如此，未可為求仙藥。《史記·秦始皇本紀》）。
侯生、盧生議論一番後，覺得再待在秦始皇身邊就會有生命之憂，便悄悄逃跑了。但是，由於保密工作做得不好，他們背後議論秦始皇的話很快被秦始皇知道了，這本身已非同小可，而他們竟然還畏罪逃亡，秦始皇震怒。
也難怪秦始皇震怒，此事發生在焚書事件後的第二年，正是「敏感期」；秦始皇斥巨資求仙卻一無所得，深感上當受騙；方士們如此誹謗，秦始皇難以承受。
秦始皇曆數方士之罪：韓終這幫傢伙不辭而別；徐福花費萬萬，最終沒有一點音信；盧生接受巨額資助，現在還誹謗朝政（今聞韓終去不報，徐巿等費以巨萬計，終不得葯，徒奸利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。《史記·秦始皇本紀》）。是可忍，孰不可忍！他下令立即逮捕在京城咸陽的諸生，並私下訪查。秦始皇為此事定了一個基調：「或為妖言以亂黔首。」這句定性的話分量極重！這意味著侯生、盧生的議政與逃亡已經被定性為針對大秦帝國的妖言惑眾罪。
接下來是大逮捕、大審訊，被捕諸生又相互揭發，牽連了四百六十人。
秦始皇將這四百六十人全部活埋，並通告天下，引以為鑒。
皇長子扶蘇曾向秦始皇進諫：天下剛剛平定，遠方百姓尚未賓服。諸生都是誦讀孔子書的讀書人，皇上用重典加以懲罰，恐怕會引發天下的不安（始皇長子扶蘇諫曰：「天下初定，遠方黔首未集，諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。唯上察之。」《史記·秦始皇本紀》）。
這番話秦始皇當然聽不進去，非但如此，扶蘇還因此被秦始皇派往北方到蒙恬長城軍團擔任監軍（始皇怒，使扶蘇北監蒙恬於上郡。《史記·秦始皇本紀》），這等於是貶出京城。
這就是中國歷史上赫赫有名的「坑儒」事件。