秦始皇無論是稱「皇帝」還是神化自己，其目的只有一個，那就是在政治上實現高度統一，不允許諸侯紛爭的局面再次在自己建立的大一統的秦帝國內出現。所以秦始皇首創了皇帝制度，他用「五德終始」說來證明自己統治的合法性，這保障了整個王朝思想輿論上的統一。但僅有這些還是遠遠不夠的，在加強對地方和官員的控制方面，秦始皇也是煞費心機，想盡辦法。那麼秦始皇是如何具體操作的呢？
歷史在發展過程中，常常有巨大的慣性。在秦始皇統一中國的這一年（前221），丞相王綰等大臣認為，六國剛剛被滅，燕、齊、楚等國地處偏遠，如果不封王鎮守，很難統治。所以，建議立諸皇子為王，鎮守偏遠之地。這個建議實質上是希望秦始皇能封皇子為諸侯王（丞相綰等言：「諸侯初破，燕、齊、荊地遠，不為置王，毋以填之。請立諸子，唯上幸許。」《史記·秦始皇本紀》）。
秦始皇把這個建議交付廷議。所謂廷議，即大臣們的朝議。朝堂之上的意見幾乎是呈一邊倒地支持丞相王綰的「分封諸子」（始皇下其議於群臣，群臣皆以為便。《史記·秦始皇本紀》），只有廷尉李斯一人反對。
李斯認為，周文王、周武王當年分封的諸子、兄弟、親戚極多，可是到了後代，當年的親戚關係越來越疏遠，相互攻擊，如同仇人。而周天子也管不了諸侯之間的戰爭。如今天下靠大王的神靈獲得統一，劃分為郡縣，皇子、功臣也有賦稅重賞，如果維持這樣的局面，天下非常容易控制，並且能得到安寧。如果設置諸侯，很有可能會重蹈周朝的覆轍。
秦始皇說：秦統一天下之前，天下百姓無不苦於連年戰爭，原因就是那些諸侯王相互爭鬥。現在朕仰仗祖宗神靈，剛剛安定了天下，如果再立諸侯，這等於又要挑起戰爭。天下百姓豈不是難以得到安寧？廷尉說得對（始皇曰：「天下共苦戰鬥不休，以有侯王。賴宗廟，天下初定，又復立國，是樹兵也，而求其寧息，豈不難哉！廷尉議是。」《史記·秦始皇本紀》）。
秦始皇堅定地支持李斯的主張，沒有採用分封制，而是在全國範圍內實行了郡縣制。
中國的郡最早產生於戰國時的晉國。《左傳·哀公二年》曾經記述了趙簡子的一段話：「克敵者，上大夫受縣，下大夫受郡。」從這一史料來看，早期的郡，級別低於縣。戰國時期，郡主要設在邊地重鎮。戰國七雄都設立了郡縣。比如魏文侯時期，吳起任西河郡太守，後來吳起受到魏武侯的猜忌，離開魏國來到楚國，曾在楚國任邊郡太守一年，然後才被任命為令尹，實行變法。所以，郡縣制並不是秦始皇的獨創。早在商鞅變法之時，秦國就合併了一些邊邑組建為縣。
郡縣制雖然非秦始皇首創，但秦始皇卻第一個把這一制度推向了全國，而且執行得很堅決。郡縣制和秦始皇的個人集權思想不謀而合。公元前221年，秦朝將全國劃分為三十六郡，據說以後又增為四十郡、四十六郡。郡的長官稱為「守」，縣的長官稱為「令」，均由國君直接任免。郡縣制使天下形成了「中央—郡—縣」一整套比較系統的行政機構，對實行集權統治起了重要的作用。
秦始皇設立郡縣制的理由之一是避免戰爭。基於血緣關係而分封的諸皇子，到了後代，很有可能會因為血緣關係的疏遠而相互發動戰爭。實行郡縣制之後，縣令、郡守由皇帝任命，不能世襲，因此，不存在為了土地、權力相互發生戰爭的可能。郡縣制有效地使君主加強了中央集權，有利於政治的安定和經濟的發展。
郡縣制是皇帝制度的政治基礎。避免分裂只是秦始皇實行郡縣制的理由之一，此外，還有一個更重要的理由，就是郡縣制與皇帝制度最相適應。秦始皇要實行的是皇帝一人的獨裁統治，如果實行了分封制，皇帝的權力就會受到封君的制約而因此削弱，而郡縣制可以最大限度地保障皇帝一人的絕對權力——天下只有一個政權、一個天子，所以皇帝可以最大限度地實行獨裁統治。
制度效力的發揮需要上下配合。在秦始皇採用郡縣制的同時，中央政府實行三公九卿制。「三公」是丞相、御史大夫與太尉。「九卿」是奉常、宗正、郎中令、衛尉、太僕、廷尉、典客、少府、治粟內史。上下兩種制度被秦始皇絕妙地運用自如，這極大地保證了皇帝的集權統治。
秦始皇神化、聖化自己，採取各種方法為自己大造聲勢，目的都是給大秦帝國的合法性尋找依據，為自己的武力強奪找到借口，並為自己樹立至高無上的權威。在秦始皇對自己政權的合法性進行了充分論證之後，他還會將哪些宏圖偉略付諸實踐呢？