要了解商鞅為何匆忙逃命，必須從他變法的具體內容談起。在秦孝公的支持下，商鞅對秦國的政治制度與經濟制度進行了全面的改革。
第一，改革政治制度。
商鞅變法是一場政治制度的深刻變革。這種制度變革在商鞅變法中表現為四個方面：
1.中央集權制的雛形
商鞅在秦孝公的支持下，合併鄉邑為縣，每縣設立縣令、縣丞，在全國設立了三十一個縣，每個縣又都安排了縣令、縣丞（集小鄉邑聚為縣，置令、丞，凡三十一縣。《史記·商君列傳》。《秦本紀》作四十一縣），縣令、縣丞必須由國君直接任命。
這項制度看起來並不起眼，只是合併一些行政區劃，但是，它的內容意義非凡。把國家的基層政權設置為縣，由國君直接任命縣令、縣丞，這一套基層政權的建制剛好是秦始皇統一六國後在全國範圍內設立郡縣制的雛形。因此，此項措施具有劃時代的重大意義：一是基層政權的長官由國君任命，國君直接任命從中央到地方的官吏，這是中國兩千多年中央封建集權制的肇端。二是它初步打破了世卿世祿的世襲制，直接催生了官僚制。
2.官僚制的雛形
西周、東周時期，從天子、諸侯到卿大夫、士，他們的爵位、封邑、官職都是父子相承的，這項制度被稱為世襲制，它的基礎是血緣宗法關係。爵位和官職的世襲叫世卿，封邑的世襲叫世祿。世卿是政治地位，世祿是經濟地位。世卿世祿制和分封制、宗法制是三位一體、相輔相成的。
這種世襲的次數從理論上講是無限的，除非改朝換代或者擁有這個爵位、官職的家族在政治鬥爭中失敗。但是，世卿世祿制也存在很大的弊端。
世卿世祿制嚴重阻礙了優秀人才進入高官階層。在世卿世祿制度之下，貴族享有世代任職高官的特權，不少優秀人才無法脫穎而出，一直沉淪下僚。一個沒有社會精英不斷補充進來的政權，一個沒有新鮮血液的政權，必然不可能是高效的政權。數代世襲的領導者遂大多泯為平庸無能之輩，而一旦出現精明強幹的卿士，則又有可能消解國君的權威。
世卿世祿的結果是，產生了一批尾大不掉的卿士，他們把持朝政，瓜分國君的權力，成為不少諸侯國分裂的根源，比如晉國的六卿，相互吞併為韓、趙、魏三卿，最終韓、趙、魏三家瓜分了晉國。一個強大統一的晉國消失了，代之而起的是三個遠比晉國要小的諸侯國。強大而統一的晉國擋住了秦國的東擴之路，而代之而起的三晉，由於相互之間的爭奪、相互之間的消耗，誰都沒有能力阻擋秦國的東擴之路。如果秦國不實行商鞅變法，也可能出現尾大不掉的世襲卿士，最終將秦國瓜分為若干個小國，那麼，秦國的東擴只能是一種夢想。幸運的是，商鞅變法催生了中央集權制，不僅中央大員，而且各級地方官員都不可能成為擁有權力瓜分秦國的卿士。
3.軍功爵制
廢除世卿世祿制建立官僚制絕對不是一件輕而易舉的事，它有兩個重要問題：一是改革受害者的世襲貴族會竭力反抗，二是看有沒有一套合理的可以代替世卿世祿制的配套制度，這正是商鞅的改革所在。
商鞅採用了當時最能調動全國人才積極性的軍功爵制代替世卿世祿制。
商鞅制定的軍功爵共二十級，最低的為功士，第十八級為大庶長，第十九級為關內侯，第二十級為徹侯。「有軍功者，各以率受上爵」，這個「率（lǜ，律）」怎麼計算？就是以敵人的首級為標準，獲取敵人的首級可以得到上一級的爵位。
軍功爵制具有雙重效力：一方面，「宗室非有軍功論，不得為屬籍」。所謂「不得為屬籍」，就是貴族沒有軍功不能成為宗室成員。另一方面，平民有了功勞，也可以獲得相應的爵位。這樣，既限制了宗室貴戚的勢力，又為社會下層的人打開了一條通往上層社會的可行通道。
由於軍功爵制向所有的人敞開了一條晉陞大道，人人都可以通過獲得軍功爵而進入官僚階層，所以，它得到了大多數非貴族階層人群的堅決擁護。
由於有了軍功爵制，在政治上，社會是按照爵位的高低分別貴賤；在經濟上，社會是按照爵位的高低分配財富（明尊卑爵秩等級，各以差次名田宅；臣妾衣服以家次。《史記·商君列傳》）。即使是貴族，也只能是「有功者顯榮，無功者雖富無所芬華」。這種制度的建立使得社會財富的分配有了一個嶄新的標準。
對於出身於下層社會的人來說，軍功爵製為他們提供了一個通向權力與富貴的道路；對於舊貴族來說，軍功爵制限制了他們僅憑血統就可以享受特權的待遇。因此，商鞅實行的軍功爵制受到秦國舊貴族激烈的、不遺餘力的反抗。
但是，總體上說，軍功爵制激發了整個秦國社會潛在的巨大活力。
4.連坐制
商鞅變法是一場波及面相當廣泛的社會變革，它不僅削弱了貴族的世卿世祿制，同時也大大強化了對全國百姓的監管。具體措施是連坐法，即全體居民每五家編為一伍，十家為一什，一家犯法，十家連坐。各家之間要相互監督，告發奸人，告奸者和殺敵者賞爵相等。如果不告奸人，則以腰斬處死。反之，掩護奸人的人和戰場上投敵的人一樣受罰（令民為什伍，而相牧司連坐。不告奸者腰斬，告奸者與斬敵首同賞，匿奸者與降敵同罰。《史記·商君列傳》）。
這種連坐制是以什伍株連的恐怖手段恫嚇全國百姓，將全國的百姓都編織在同一個政治密網之中，便於施行中央集權。
商鞅變法十年，「道不拾遺，山無盜賊」，「鄉邑大治」。在強大的政治高壓下，整個社會井然有序。
第二，改革經濟制度。
商鞅變法首先是從富國開始的，也就是從經濟制度的變革切入的。商鞅怎麼樣讓秦國富起來？封建社會的經濟在於農業，所以商鞅首先從土地改革入手。
唐人杜佑《通典》對商鞅變法的土地制度有一段非常經典的評述：
鞅以三晉地狹人貧，秦地廣人寡，故草不盡墾，地利不盡出。於是誘三晉之人，利其田宅，復三代無知兵事，而務本於內，而使秦人應敵於外。故廢井田，制阡陌，任其所耕，不限多少。數年之間，國富兵強，天下無敵。（杜佑《通典》卷一，中華書局1988年版）
商鞅認為，韓、趙、魏三國（三晉）人多地少，秦國則與它們相反，是人少地多，所以，秦國的土地沒有最大限度地發揮「地利」。應該如何解決這個問題呢？以利誘之。商鞅認為，用利益引導韓、趙、魏三國的人到秦國來，給他們土地、住宅，並且免去他們三代人服兵役的義務，使他們專心務農。原來秦國的農民，讓他們當兵。當兵可以殺敵獲得軍功，比起種田來說利大得多。
這樣做有什麼好處呢？
首先，打破井田制，富國。
井田制是商周時代的土地制度。這種土地制度一是土地為國家公有，二是把方圓九百畝的土地按「井」字形劃分為九區，中間一區（百畝）為公田，其餘八區（八百畝）為私田，分授給八家農戶。公田首先由八家農戶集體種植，收穫全歸國家，每家農戶再種自己的百畝。西周時期實行這種制度，是因為生產力低，生產工具不發達，農戶也沒有更多的力量來種更多的土地。戰國時期，鐵制農具的使用大大提高了生產力水平，而井田制限制了每戶農民的土地數量，他們不能多種地多打糧食，因此也就抑制了農民種地的積極性。這種土地制度是和領主制度相配合的。
商鞅變法，改一百步一畝為二百四十步一畝，大大擴大了每戶農民的受田面積。秦國「為田開阡陌封疆，而賦稅平」。「阡陌」是井田的界線，「開阡陌封疆」，就是徹底改變原來的井田制。「賦稅平」，就是減稅，農民的負擔大大減輕。而且，地種得好，帛產得多，還可以受獎賞——免除本人的徭役或賦稅（僇力本業，耕織致粟帛多者復其身。《史記·商君列傳》）。農民的生產積極性空前高漲。
同時，為了增加國家的收入，強制分家。商鞅規定，凡是一家有兩個男子的必須分家，如果不分家，強行增加一倍的賦稅（民有二男以上不分異者，倍其賦。《史記·商君列傳》）。這樣，父子、兄弟就必須分家。國家按戶徵收軍賦，分了家，必然增迦納稅的戶數，納稅的戶數增加了，國家的稅收必然大量增加。
有了更多的土地，減少了賦稅，有成績還可以得到獎賞，又大大增加了納稅的戶數，所以，數年之間秦國大富。
其次，商鞅規定，主民、客民分業，重獎殺敵，用以強兵。
國富了，怎麼強兵呢？一是主民、客民分業，走軍隊專業化道路。秦國的農民是主民，韓、趙、魏三國來的農民是客民。客民種地，反正秦國是地廣人少；主民從軍，從軍殺敵，只要帶回來一顆首級，就可以得到一個更高一級的爵位，有了爵位，就可以享受各種特權，這比起客民的種地，顯然更容易獲得更多的利益。而且，讓主民當兵