且說源賴朝有一個雜役，名叫足立新三郎 ，送給了九郎判官義經道：「此人身份雖低，但絕頂聰明，無人能及。可以使用。」而私下卻囑咐道：「窺探九郎言行，隨時回報。」新三郎看見土佐房昌俊被斬，便夜以繼日，馳回報告。鎌倉殿賴朝另派舍弟三河守源范賴上京討伐。范賴再三推辭。不果。只得穿甲戴盔，前來道別。不意賴朝竟出言警告道：「勿學義經之所為。」一聽之下彷彿晴天霹靂，驚恐之餘，脫掉盔甲，停止上京。然後，為了表示自己絕無二心，每日晝間起草誓文十張，夜間在中庭一再朗讀。百日中寫了千張誓文，但徒費時日，毫無靈效，畢竟還是被殺了。
其後，聽說鎌倉方面以北條四郎時政為大將，將派殺手進京謀害。判官得到消息後，計畫逃往九州地區，因而想起了緒方三郎維義 。此人在九州具有抗拒平家，甚至加以驅逐出境的勢力。判官謂之曰：「請助我所願。」維義道：「既然如此，貴部屬中有菊池二郎高直 者，是在下多年來之仇敵。但願得其人而砍其頭，然後甘為牛馬走。」判官二話不說，便將高直交給維義，拉到六條河原砍了首級。此後維義對判官唯命是從，不遺餘力。
同年十一月二日，九郎大夫判官義經晉謁法皇御所，由大藏卿泰經 朝臣居中上奏道：「臣義經事君，一向忠貞不渝。事到如今，已毋庸贅述。然而賴朝聽信部下讒言，必欲置義經於死地而後快。臣以為或宜暫時前往九州避難。是故敢乞院廳賜一公文。誠惶誠恐，不勝感激之至。」法皇不置可否，回頭與諸公卿商議道：「賴朝若知此事，不知將有何反應？」諸公卿眾口一詞道：「若義經留在京都，關東大軍必借題進來，京都兵亂將無已時。如果放之遠國，則可暫保無此憂慮。」旋即下達法皇院旨：自緒方三郎以下，臼杵、戶次、松浦黨等所有鎮西武士，皆應奉義經為大將，聽其指揮，不得有違。於是，義經於翌日卯時帶領五百餘騎兵馬，悄悄離了京城。人不知鬼不覺，並未引起任何騷動。
攝津國源氏太田太郎賴基 道：「既然路經我國門前，豈有不放一箭之理？」乃追到川原津 進行攻擊。判官有五百餘騎。太田太郎只有六十餘騎，被包圍在當中。義經道：「一個不剩，不得有人漏網。」殺得落花流水。太田太郎自己負了傷，家臣部下多數戰死，馬腹中箭，不得不退卻。判官取下敵人首級，供祭戰神，認為「出門大吉」，喜出望外，即從大物浦 乘船出海。然而天意難測，西風忽起，竟被驚濤駭浪漂至住吉浦 ，便順勢躲入了吉野山中。吉野僧兵 來攻，便退至奈良。奈良僧兵 來襲，便逃回京都。然後輾轉北國，最後來到奧州 。離京時隨行的女子十多人，都在住吉浦被拋棄不顧。落得在松樹下、沙灘上，或亂踩衣服出氣，或伏在長袖上哭泣。住吉神社的幾位神官覺得憐憫之餘，設法將她們全都送到京城去了。
至於判官所倚重的叔父信太三郎先生義憲 、十郎藏人行家、緒方三郎維義等人的船隻，都被狂風巨浪衝上此小島或彼海岸，互相失去了聯繫。許多人認為此次忽然颳起西風，也是平家怨靈作祟所致。
同年十一月七日，北條四郎時政 以鎌倉源二位賴朝卿代官銜，率領六萬餘騎入京；上奏請旨追討伊豫守源義經、備前守源行家、信太三郎先生源義憲事，旋即院宣如奏。本月二日才依義經之所請，院廳降旨准其抗拒賴朝；而今同月八日又因賴朝之呈文，頒下院宣以追討義經。朝令夕改，反覆無常。世事變幻莫測，良可悲嘆。