治承五年正月一日，鑒於東國的兵變、南都的火災，宮中取消了例行的朝拜儀式 ，皇上也不臨朝。無管弦之音，無舞曲之樂。吉野國棲住民不來 。藤原氏公卿參見者無一人，蓋因家寺興福寺燒失故也。
二日，清涼殿上亦無宴饗之禮。男男女女噤若寒蟬，禁中一片沉寂。佛法王法皆已亡滅，世態炎涼，令人慨嘆。後白河法皇不由得埋怨道：「余以十善餘蔭而得登萬乘寶位 。四代帝王非子即孫 。何以不許插手萬機政務，空耗歲月？」說罷嘆聲連連。
五日，南都的僧綱等人全被解了僧官僧職，撤銷其參與宮中法會的資格。寺中老少，或被射殺砍殺，或被火焰吞噬，大多難逃劫數。有少數倖存者，無人淹留，都遁入山林之中。興福寺別當花林院僧正永緣 ，親睹佛像經卷慘遭祝融之災，頓時灰飛煙滅。痛心疾首，深受打擊，旋即卧病不起，不久終於去世。僧正是情致高雅的人。有一日，聽到杜鵑的叫聲，即詠短歌一首：
每聽杜鵑叫，一叫一番新。聲聲聽不厭，彷彿聽初音 。
因而獲得了初音僧正的稱號。
儘管如此，還是決定，即使徒具形式，至少御齋會 卻非舉行不可。於是召集了公卿會議，討論主司其事的講師人選。「南都僧綱今已解任，能以北京僧綱代行之乎？」然而，覺得南都方面也不能完全棄之不顧，便將三論宗的大師成寶已講 ，從其隱居的勸修寺 請了出來，行禮如儀，完成了御齋會。
高倉上皇由於一連串的不幸事故：前年父親後白河法皇之幽禁鳥羽殿、去年皇兄以仁親王之慘遭殺害、騷動天下莫名其妙的遷都鬧劇等，事事煩心，抑鬱成疾。尤其聽到東大寺、興福寺被燒毀後，病情急轉直下。法皇焦慮萬端，不知如何是好。到了正月十四日，上皇終歸晏駕於六波羅池殿。在位僅十二年 ，德政無數。興詩書仁義 已廢之道，繼理世安樂 早絕之跡。生死之事，三明六通之羅漢 所不能免，幻術變化之權者 所不能逃；諸行固然無常，但理過於情，不勝唏噓。當夜便移靈東山腳下清閑寺 火葬，遂化為一道暮煙，隨著早春的晚霞，飄上天空。
法印澄憲 想去送葬，趕忙從比睿山上下來，卻只能望見一縷青煙，裊裊飄上虛空，乃詠歌道：
往常拜行幸，瞻仰致微忱。哀哉今上路，已是不歸人 。
又有一位女官，聽說上皇駕崩，作歌一首，詠其哀思：
虛空雲上月，永世發其光。如今光不在，哀哀淚沾裳 。
上皇享年二十一歲。內則堅守十戒，外則不亂五常 ，恆以整飭禮儀為念。可謂末代之賢君。舉世哀悼，若失日月之光。如此，人之願望難償，民之命數不振，人間世界籠罩在愁雲慘霧之中。