京中又有一種議論道：「高倉宮潛入三井寺時，奈良興福寺表示同情，甚至派人前往迎接，等同朝敵行徑。是故對興福寺與三井寺應一併展開攻擊。」奈良的僧眾風聞此種謠傳，不管真與假，便蜂擁而起。攝政殿藤原基通曉諭道：「有何意見，不嫌多，可隨時代為上奏。」但聽者藐藐，毫無反響。乃派勸學院別當忠成 為特使。僧眾起鬨道：「將那廝拉下來，剪掉髮髻。」忠成大驚失色，逃回京城。其後改派右衛門佐親雅 。僧眾也嚷著要剪其髮髻，同樣驚慌失措地逃回去了。但有兩個隨從的勸學院雜役，還是免不了剪髻的厄運。
在興福寺，又有人做了一顆蹴鞠的球子，取名「平相國之頭」，拋在地上任人踐踏，爭相嚷道：「踢呀！」「踩吧！」古語云：「言之易泄，召禍之媒也。事之不慎，取敗之道也 。」提起入道相國來，令人敬畏惶懼，是當今皇上的外祖父。而奈良僧眾之所作所為，恐怕是著了天魔邪道之故。
入道相國耳聞此事，當然不會置之不理。首先必須平息奈良的騷動。於是任備中國人瀨尾太郎兼康為大和國檢非違使 ，著率領五百餘騎，向南都出發，吩咐道：「注意，即使眾徒胡鬧，汝等亦不可亂來。不穿鎧甲，不帶弓箭。」但南都大眾並不知就裡，捉了兼康所率兵卒六十餘人，個個砍下頭顱，成排掛在猿澤池畔 。入道相國因而大為震怒，決定攻擊奈良，便以頭中將重衡 為大將軍、中宮亮通盛 為副將軍，率領軍勢四萬餘騎，馳往南都。興福寺大眾七千餘人，不分老少，戴上頭盔，掘壕溝、布盾垣、設鹿寨，切斷了奈良坂、般若寺 兩處通路，嚴陣以待。
平家四萬餘騎分成兩路，擁向奈良坂、般若寺兩處，發出吶喊開戰。寺眾皆徒步，手中只有長刀短刀。官軍則騎在馬上奔來馳去，到處追殺，箭如雨下。防守的僧眾死傷無數。從卯時鳴鏑開戰，廝殺竟日，直至垂暮，奈良坂、般若寺兩處終告陷落。在散落的眾徒中，有一個名叫坂四郎永覺 的莽僧。無論使刀劍、拉弓矢，其力之強，在七大寺、十五大寺 中，無人能及。身圍淺綠色護腹，上披黑色絲綴鎧甲。頭戴五枚護頸帽盔，左右兩手各持黑漆大腰刀與茅葉狀白柄大長刀，帶領同坊十餘人，從碾磑門 殺了出去。官軍暫時受挫。許多馬腳被砍了，人也被殺了。然而官軍畢竟馬多兵眾，輪番攻擊過來。隨在前後左右的同坊都已陣亡，僅剩永覺一人，儘管勇猛，無奈孤立無援，只得落荒逃向南方去了。
進入夜戰。黑夜黑漆漆。大將軍頭中將重衡站在般若寺門前，下令放火。平家軍中有播磨國人福井庄下司二郎大夫友方 ，立刻將盾牌劈開，當成火把，在附近民家點起火來。是十二月二十八日夜晚。寒氣凜凜，雖然火源只有一處，但風勢劇烈，火苗東躥西飛，許多伽藍都受到波及而燒毀。
僧徒中知恥惜名者，不是戰死奈良坂，便是喪身般若寺。還能走路的都向吉野十津河 方面逃去。不能走路的老僧，還有一心向佛的修學僧，以及年幼的男孩女童，都躲入大佛殿二樓，或逃到興福寺中。大佛殿樓上擠滿了一千餘人，為了防止敵人登上，竟將樓梯拆掉了。但猛火卻直燒過來。人們死前的驚叫慘不忍聞，恐怕不下於焦熱、大焦熱、無間阿鼻 火焰下受刑鬼的哀號。
興福寺乃淡海公 許願所建，是藤原氏歷代的家寺。東金堂所供佛法東漸最初的釋迦像 、西金堂所祀自然湧出的觀世音 、琉璃環鑲的四面迴廊、塗以丹朱的二層樓房、兩座九輪耀天的佛塔 等，瞬間化為灰燼，誠可悲嘆。
在東大寺，有常在不滅 、實報寂光 之化身，即聖武天皇手磨金銅十六丈高毗廬遮那佛 。烏瑟高聳，聳入半天之雲霄；白毫膜拜，拜向滿月之容姿 。而今則佛頭燒落地上，佛身熔成一堆小山。
八萬四千相好 ，秋月早掩五重 之雲；四十一地瓔珞 ，夜星徒盪十惡 之風。煙滿中天，焰沖虛空。親見者不敢直視，遠聞者為之喪膽。
法相、三論 之法門聖典，一卷不存。不提我朝，即天竺、震旦，亦未有類此法滅盡 也。優天大王以赤栴檀所雕 ，或毗須羯磨以紫磨金所塑佛像 ，高不過等身而已。何況此乃南閻浮提 唯一無雙之大佛，咸以為永無毀朽之日；而今竟然熔化委地，與塵同污，良可長悲浩嘆。
梵天、帝釋天、四天王 、龍神八部 、冥官冥眾，定然也大感驚慌。春日大明神擁護法相宗 ，不知有何感想。據云春日野之露頓變其色，而三笠山 之風習習吹來，如泣如訴。
此次死於火災之人數：大佛殿二樓有一千七百餘人、興福寺八百餘人、有一殿堂五百餘人、另一殿堂三百餘人。詳加計算，總共三千五百餘人。又在戰場上犧牲之僧眾一千餘人。少數梟首於般若寺前，少數首級則被攜回京城。
二十九日，頭中將重衡消滅了南都，凱旋北京 。入道相國的鬱悶為之全消，獨自樂不可支。然而中宮、後白河法皇、高倉上皇、攝政殿以下諸人，卻嘆道：「儘管惡僧可殺，何必禍延伽藍。」
僧眾的首級原擬在巡迴大街後，在獄前樹上梟首示眾，但考慮到東大寺、興福寺燒毀的慘狀，上面始終未有任何指示，只好隨便拋棄於處處溝壑之中。
聖武天皇曾有御筆宸文道：「若我寺興福，天下興福；吾寺衰微，天下衰微 。」因而世人皆以為天下之即將衰微，已無可疑。
如此這般，可悲可鄙的一年又到歲暮，進入治承五年了。