到了伊豆國，文覺便被交給近藤四郎國高 照顧，住在偏僻的奈古屋山中 。聽說以後常訪前兵衛佐源賴朝，談古論今，彼此關切，互相安慰。一日文覺忽道：「平家僅有小松殿內大臣重盛，稟性剛直、深謀遠慮，但因平家命數將盡，已於去年八月去世 。當今源、平兩家之中，具有將軍相者唯有足下，別無他人。請早日興師謀反，征服日本全國為是。」
兵衛佐道：「上人所言，聳人聽聞，大出意料。小命實乃故池禪尼殿所救 ，是以每日轉讀 《法華經》一遍，專心為禪尼殿祈其後世冥福，無意於其他身外事。」文覺又道：「古書說：『天與弗取，反受其咎；時至不行，反受其殃 。』貧衲如此引經據典，或許以為在試探足下衷曲。其實心存足下，既深且久矣，請看此為何物。」說著從懷中取出一顆白布所包的骷髏。兵衛佐道：「是為何物？」文覺答道：「此令尊故左馬頭殿 之頭骨也。平治之亂後，埋在獄前青苔之下，無人祈其後世冥福。文覺戚然有感，乃向獄吏懇求而得之。十餘年來，一直藏在胸前，巡詣諸山寺社，日日祈其冥福。如今應已脫離冥界長年之苦。然則，文覺之於故左馬頭殿，可謂仁至義盡矣。」兵衛佐殿並不盡信其言，但聽說是父親的頭骨，懷念之餘，不由得潸然淚下。於是打開心扉，暢其所欲言了。
兵衛佐問道：「賴朝身為欽犯、未蒙赦免，豈能謀反？」答道：「其實容易不過。貧衲當即上京，代為奏請赦書呈上。」兵衛佐笑道：「不合情理之至。上人自己亦是欽案在身，豈能為他人奏請赦免？匪夷所思，不通不通。」文覺不悅，駁道：「若為自身要求赦免罪名，可能匪夷所思；但為他人如足下者請命，並無不妥。自此往新都福原不過三日路程。逗留一日，奏請法皇院宣。往返不過七日八日。」說罷，便悻悻離開了。回到奈古屋，告訴諸弟子說，自己將赴伊豆山 閉關七日，隨即出門而去。
果不其然，文覺在三日之內便出現在新都福原。因與前右兵衛督光能 卿素有交誼，所以前往相見，說道：「伊豆國流人前兵衛佐源賴朝，若蒙院宣赦免其罪，將聯合關東八國軍力 ，消滅平家，安定天下。」兵衛督道：「唉，該當如何？在下當今是被罷三官之身，惱在心上，正在苦海中。法皇亦遭幽禁之際，不知能成否？總之，姑且一試。」乃將此事暗中密奏。不意法皇立刻頒下院宣。文覺掛在頸上，又在三日內趕回伊豆國。
兵衛佐想道：「噫，文覺上人最愛信口雌黃、胡說亂道，不知將會為我賴朝惹出多少是非來。」正在想來想去想不透時，已然第八日中午，忽然聽到文覺的聲音：「喏，接法皇聖旨。」兵衛佐聽說是院宣，惶恐感激，趕忙洗手漱口，戴上新烏帽子，換了凈白狩衣，向院宣拜了三拜，然後披開恭讀，只見寫道：
近年來，平氏蔑視皇室，專攬國政，肆無忌憚。蓋欲滅佛法而亡朝威者。夫我朝神國也，宗廟並立，神德日新。故朝廷開基以來，數千餘歲，欲傾皇猷、毀社稷者，無不敗北以終。然則，汝可憑神道之冥助，克守敕宣之旨趣，早誅平氏之族類，以退朝廷之怨敵。繼歷代弓箭之兵略，盡累世奉公之忠勤，庶幾立身興家。院宣如上，相應傳達，不得有誤。
治承四年七月十七日 前右兵衛督光能奉敕謹轉呈
前右兵衛佐殿
聽說，兵衛佐將此院宣裝在錦袋中，在石橋山之戰時，仍掛在胸前。