且說，後白河法皇已在三井寺以公顯僧正為師範 ，接受了真言《大日經》《金剛頂經》《蘇悉地經》三部密法 。據說，將於九月四日，也在三井寺，舉行傳法灌頂儀式 。延曆寺等山門大眾忿忿不平，齊道：「灌頂、受戒之禮 ，按古來慣例，皆在比睿山舉行。尤其山王權現之教化開導，本來便是為了灌頂授戒。然而，現在居然要改到三井寺去。就把三井寺燒光吧。」
法皇覺得如此一來，有害無益，因此在完成了灌頂的預備修行後，取消了原定在三井寺舉行的灌頂儀式。然而灌頂是法皇懷之既久的心愿，乃召來三井寺公顯僧正，臨幸天王寺 ，建立五智光院 ，汲取五瓶龜井之水為智水 ，終於在佛法最早的靈地 ，完成了佛法灌頂之禮。
本來是為了平息山門的騷動，才取消了原定在三井寺舉行的灌頂儀式。但在比睿山上，堂眾與學僧之間 ，卻紛爭迭起，動輒大打出手。每次學僧方面總是敗仗收場。顯然是山門滅亡的前兆，無疑是朝廷的一樁大事。所謂堂眾，原本只是跟隨學僧的童僕，後來出家變成了法師；也指在山上從事雜役而有妻室的中間法師之輩。年前金剛壽院覺尋權僧正 為天台座主治理山門以來，指令他們在東塔、西塔、橫川三塔輪流值宿，號為夏眾 ，為諸佛供花。近年又自稱行人 ，根本不把僧眾放在眼中，何況每次紛爭都能得勝而歸。堂眾違背師主 之命，時時惹是生非，引起爭鬥。山門僧眾於是上奏朝廷，並轉知武家，建議速加討伐而嚴治其罪。太政入道因而奉上皇諭旨，即刻指派紀伊國人湯淺權守宗重 ，率領駐紮畿內兵馬共二千餘騎，支援僧眾，向堂眾展開攻擊。堂眾平日聚集在東陽坊 ，趕快下山到近江國三個庄 ，會合眾多兵力，又登上比睿山，在早尾坂 構築柵壘，準備迎敵。
同年九月二十日辰時一刻 ，僧眾約三千人，官軍二千餘騎，總共超過五千兵馬，浩浩蕩蕩，擁向早尾坂。此次原以為必勝無疑，只因僧眾要官軍充當前鋒，官軍要僧眾帶頭衝刺，讓來推去，以致士氣低落、鬥志消沉。而從柵壘內則弓弩齊發，僧眾與官軍幾乎全軍覆沒。原來堂眾中有所謂惡黨，便是來自諸國的小偷、強盜、響馬、海賊之徒。他們雖然貪婪無饜，打起仗來，卻奮不顧身，難怪學僧一方又被打得人仰馬翻、一敗塗地了。
自此以後，山門愈益荒廢。除十二禪眾 之外，止住僧侶 少之又少。谷中講誦之聲消歇；堂上修行之法退轉 。修學之窗既閉，坐禪之床亦虛。四教五時，春花不香 ；三諦即是，秋月失明 。三百餘歲法燈，挑燈無人 ；六時繚繞香煙，斷煙有期 。昔者堂舍高聳，三重樓台聳入碧漢之外；棟樑遙秀，四面彩椽秀出白霧之間。今則供佛絕跡，唯有山嵐；金容 寂寞，且潤雨露。夜月流光，彷彿漏隙之燈；曉露垂珠，權充蓮座之飾。
暨夫末法俗世 ，三國佛法亦次第衰微。遠尋天竺佛跡，昔日世尊說法處竹林精舍與給孤獨園 ，已成虎狼野干之所棲 ，僅留礎石而已。白鷺池水枯涸 ，但見野草叢生。卒都婆退凡下乘 ，亦傾覆而埋沒綠苔之中。其在震旦，天台山、五台山、白馬寺、玉泉寺 ，莫不式微，幾無住宿之僧。大乘小乘法文 ，空自朽於箱底。至於本朝，則南都七大寺 衰敗殆盡，八宗九宗 法統已成絕響。愛宕高雄 ，昔日堂塔連軒，一夜之間頓成廢墟，化為天狗 之家。揆諸情理，天台佛法固然備受尊崇，但至今治承之世，恐亦難逃消亡之命。有心人無不扼腕嘆息。在比睿山僧坊柱上，有離山僧侶留歌一首：
大師祈福地，冥佑我山靈，人去樓空後，靈山任凋零。
昔傳教大師草創此山時，祈願阿耨多羅三藐三菩提 諸佛，有「冥佑我山」之語 ；或因憶及此事，乃有感而作此歌歟？誠然令人感嘆。八日是藥師如來緣日 ，卻無念南無之聲。 卯月是山王垂跡之月 ，亦無奉幣帛 之人。朱漆玉垣，古色蒼然，但剩標繩而已 。