治承元年五月五日，撤銷了天台座主明雲大僧正參列朝廷法會的資格 ，且遣藏人為朝使，取回了如意輪觀音本尊，解除了他宮中護持僧的職務 。旋又派了檢非違使廳的官員，傳訊此次煽惑僧眾、抬出神輿、騷擾宮禁的幕後禍首。原來座主在加賀國有其名下的地產，國守師高橫加沒收，因而積怨成仇，才鼓動僧眾前來控訴。此一事件已使皇室傷透腦筋，西光法師父子卻又如此這般搬弄是非，後白河法皇更加震怒。於是有傳言道：「必定會處以重罪。」
明雲發覺法皇面有不豫之色，便奉還了座主的印鑰 ，上表辭去了座主的職位。同月十一日，鳥羽上皇七皇子覺快法親王繼任天台座主 。他是青蓮院大僧正行玄的弟子 。同月十二日，正式解除前座主之職，並派檢非違使二人往其居處，加蓋井口，澆熄爐火，嚴格執行斷水斷火的處置。如此一來，又有謠言說，僧眾即將大舉下山鬧事，使京城再度陷入一片混亂之中。
同月十八日，太政大臣以下公卿十三人應召進宮，列席議事堂中，評議前座主的罪狀與處置。八條中納言藤原長方卿，時為左大弁宰相 ，雖忝陪末座，卻坦然陳述道：「根據明法家勘狀 ，應判死罪減一等為遠流 。然而前座主明雲大僧正，顯密兼修 ，凈行持律 。曾授大乘妙經與皇上，又授菩薩凈戒與法皇，是經師亦是戒師 。萬一科以重罪，不知冥間佛祖將如何看待。還俗遠流之事，能免則免，應該審慎再議為是。」
對於長方的直言，座上公卿莫不表示贊同。然而法皇的怒火未熄，最後還是以遠流定讞。太政入道清盛公也進宮來，有意關說，但法皇卻推託感冒，不予召見，只好無奈而退。處罰罪僧，按例要收其度牒，使其還俗。明雲大僧正從此有了俗名，稱大納言大輔藤井松枝。
提起明雲這個人，他是村上天皇七皇子具平親王 的六代苗裔，久我大納言顯通卿 之子。誠可謂並世無雙之碩德、天下第一之高僧，且兼天王寺、六勝寺別當 ，君臣同仰。但陰陽頭安倍泰親 卻責難道：「天下無雙之智者，居然自稱明雲，實在令人費解。上有日月並排之光，其下有雲遮之 。」
仁安元年二月二十日，明雲晉陞天台座主。三月十五日，行拜堂之禮 。開啟中堂的寶藏，在諸多貴重寶物之中，有一個一尺見方的箱子，裹以白布。這位一生不犯 的座主開箱一看，中有黃紙文字一卷，是傳教大師 所記未來歷代座主的名單。依照慣例，新任座主在開卷後，看到自己的名字出現，便不得繼續往後看去，必須把卷子重新卷好，放回箱子里。這位明雲僧正應該也不例外。如此值得尊敬的人，卻難逃前世宿業 ，實在可嘆可憫。
五月二十一日，裁定流放伊豆國。雖然人們多方調解，卻因西光法師父子的讒謗，究竟無法打破僵局。就在當日，上面下令非將僧正逐出京城不可。押解的官員於是來到白河僧坊 。僧正只得含淚離開，移居粟田口一切經谷的別院 。
山門僧眾認為他們最大的仇敵，莫大於西光法師父子，便將他們兩人的名字寫在紙上，給踩在根本中堂所供十二神將中金毗羅大將的左腳底下 ，而且大聲詛咒道：「十二神將、七千夜叉 ：請勿猶疑，別再等了，徑去取掉西光父子之命。」聽來令人毛骨悚然。
同月二十三日，明雲離開一切經谷別院，動身前往配所。曾經總管佛法寺務的前大僧正，如此尊貴的人物，卻被押解的差役押著，限於今日離開京城。當他越過逢坂關進入關東時，其心中之悲涼落寞可想而知。行抵大津打出濱 ，比睿山文殊樓 的高軒仍然清晰可見，但僧正不忍再看，只以衣袖遮臉，不禁潸然淚下。在山門諸多宿老碩德中，當時還是僧都的澄憲法印，依依難捨，一直送到粟津 ；既不能永遠陪伴下去，便要告別返回。僧正有感於他的隆情厚誼，即將年來秘藏心中的一心三觀血脈相承傳授予他 。這是自釋尊授予波羅奈國馬鳴比丘、南天竺龍樹菩薩後，次第相傳下來的密法 。而今竟也成為情誼的見證。雖然我國是粟散邊地 ，又值濁世末代，但澄憲卻有幸受此教義，在返京的路上，淚濕法衣絞不幹之餘，心中肯定充滿著感激敬畏之情吧。
同時在山門方面，僧眾又聚在一起，紛紛議論道：「自從義真和尚就任初代天台座主以來 ，直到現在，已歷五十五代，從未聽說座主遭到流刑之案例。仔細回顧一下，桓武天皇於延曆年間，遷都平安京 ；傳教大師登上此山，弘揚四明教義之後 ，五障女人絕其蹤跡，三千僧侶得以安居 。峰上一乘誦聲 ，終年不斷；山麓七社靈驗 ，與日俱新。彼月氏之靈山 ，位於王城之東北，是大聖之幽窟也 。我日域之睿岳，聳立帝都之鬼門 ，護國之聖地也。歷代賢王智臣莫不在此設壇禮佛。儘管當今是佛法末世，豈可如此詆毀傷害本山。可悲可恨。」於是，滿山徒眾同仇敵愾，成群結隊，下了山，奔向東坂本而去 。