到了黃昏，藏人左少弁兼光 奉旨在殿上召開臨時公卿會議。從前，保安四年四月神輿入京時，命天台座主移之於赤山社內保護 。又保延四年七月神輿入京時，令祇園別當安置在祇園社中 。此次則決議援用保延舊例，指定由祇園別當大僧都澄憲 ，在秉燭時刻，將神輿收集到祇園社內，且指定神官拔去射在神輿上的箭支。山門僧眾簇擁日吉社神輿，衝到宮門的事件，自永久以來至今治承年間，已發生過六次 。雖然每次都為武士所制止，但箭射神輿的事卻是首次，前所未聞。人們互相警告道：「古人說，神靈震怒，則災害必生 。可怕可怕。」
四月十四日夜半，聽說山門僧眾又將大舉入京，皇上匆匆坐著腰輿 ，暗中行幸法皇御所法住寺殿 。中宮 則乘車出門他去。小松殿大臣重盛身穿直衣 ，肩背箭筒，隨侍左右。其嫡子權亮少將維盛則正裝束帶，背負平胡籙 ，也扈從在側。京中上自關白，下至太政大臣以下諸公卿殿上人 ，莫不爭先恐後，追而隨之。全城上下都騷動起來。山門方面，一談到神輿中箭，神官雜役或死或傷之事，便群情激憤。三千同心，決議將大宮、二宮、講堂、中堂等所有殿堂坊舍 ，付之一炬，夷為平地；然後遠走山野，匿身修行。此時，聽說法皇將考慮接受徒眾的申訴，山門的高層僧官正要上山轉達聖旨，卻在西坂本被憤怒的徒眾趕下山去了。
平大納言時忠卿，時為左衛門督 ，擔任上卿 ，登上比睿山安撫。三塔的徒眾聚集在大講堂的庭院中，商議道：「先打掉此人烏紗帽！然後捆綁起來，沉到湖底去。」正要開始動手來抓時，時忠卿開口道：「請少安毋躁。有話想讓各位知曉。」便從懷裡取出小硯與詩箋，一口氣寫了幾句話，交給僧眾。打開一看，只見他寫著：「徒眾發動暴亂，乃魔障所作祟；天子加以制止，因善逝之加護 。」眾僧看了，覺得言之有理，引起同感。別說再捉弄對方，人人都陸續下山，各回僧坊去了。時忠卿僅憑片言隻語，便平息了三塔三千徒眾的憤怒，於公於私，均免受辱。其才智謀略，的確令人刮目相看。而世人對山門僧眾，原以為只會群集作亂，沒想到也很講道理，為之感佩不已。
同月二十日，又召開會議，以花山院權中納言忠親卿 為首席，議決國司加賀守師高革職，流放尾張國井戶田 ，目代近藤判官師經則被判入獄。此外，於十三日向神輿射箭的武士六人，亦以入獄定讞。他們是：左衛門尉藤原正純、右衛門尉藤原正季、左衛門尉大江家兼、右衛門尉大江家國、左兵衛尉清原康家、右兵衛尉清原康友，都是小松殿重盛的下屬。
同年四月二十八日，亥刻時分，從樋口富小路 冒出火來。當時正刮著猛烈的東南風，轉瞬間京城多處被燒毀。團團火焰滾動如車輪，倏忽跳過三條街、五條街，斜向西北延燒過去。恐怖之狀，難以言宣。諸如具平親王的千種殿 ，或北野天神的紅梅殿 、橘逸勢的蠅松殿 、鬼殿 、高松殿 、鴨居殿 、東三條 、冬嗣大臣的閑院殿 、昭宣公的堀河殿 等，古今名勝三十餘所、公卿官邸十六處，眼看一一化為灰燼。其他，還有殿上人、諸大夫 之家，不勝枚舉。火勢終於延及大內里，自朱雀門 起，沿著應天門、會昌門 、大極殿 、豐樂院 ，直至諸司、八省 、朝所 ，頓時變成一片火海。諸家所藏日記、歷代文書、七珍萬寶，燒毀殆盡。損失之大，難以估計。燒死者數百人，牛馬之類不計其數。豈非山王之懲罰乎？甚至有人夢見有兩三千隻大獼猴 ，自比睿山上成群沖了下來，手中各持火把，燒毀了整個京城。
大極殿於清和天皇貞觀十八年，初次不幸遭受火災。同十九年正月三日，陽成天皇的登基大典，不得不改在豐樂院舉行。元慶元年四月九日，重新興建；同二年十月八日落成。後冷泉天皇天喜五年二月二十六日，再逢祝融之禍。治歷四年八月十四日，又舉行破土典禮，但因後冷泉天皇崩殂而中止。至後三條天皇延久四年四月十五日，終告完成。文人獻詩，伶官奏樂，恭迎天皇遷幸 。當今佛法末世，國力衰微，終於不再重建了。