大約相當於他在巴塞爾大學的任教期間，受叔本華和瓦格納的強烈影響，崇拜天才，懷抱著創造新的德國文化來跟希臘精神相結合，築起日耳曼式的希臘主義的理想。他的第一本著作《悲劇的誕生》（1872年）非常清楚地表明他的這個態度。但是，有人責備他將語文學獻給瓦格納做宣傳，引起爭論，這也成了他受到學界打壓的發端。
《悲劇的誕生》主題在論證希臘悲劇的發源母胎是唱酒神讚歌的森林之神合唱隊，強調隱藏在「希臘式的明朗度」底層的更具有狄俄尼索斯式的性質，以多層次的厭世主義取代從前的人文主義，也是這本書的功績之一。這本書第一次將文化類型區分成狄俄尼索斯類型與阿波羅類型兩種。
尼採的第二部作品《不合時宜的思想》（1873～1876）則展露出他作為一個時評家獨具慧眼的觀點。全書由《信徒作家大衛·施特勞斯》《歷史對生命的利與弊》《作為教育家的叔本華》《在拜羅伊特的瓦格納》四部分構成。
尼采和瓦格納的友情，在1871～1872年達到頂點，隨後即進入解體期。1876年，尼采參加拜羅伊特慶典劇，感受到強烈的幻滅後，就與瓦格納走向悲劇性的決裂階段。尼採在瓦格納身上嗅到否定生命的基督教式的救贖臭氣，認為這是頹廢，並堅決否定。
尼采終於擺出向基督教挑釁的戰鬥姿態，同時將第一階段當作理想而尊敬的事物全都徹底粉碎、破壞，走向否定的思索道路，將實證主義與科學精神作為其手段。以冷靜透徹的「科學」取代藝術的狂熱，「自由精神」代替了天才，並且將他的《人性的，太人性的》獻給瓦格納，這本書的出版徹底斷絕了跟瓦格納的關係。
就在那時，尼採的頭痛、嘔吐、半失明狀態的病症日漸嚴重，1879年他正式辭去大學教職，以後十年間都在阿爾卑斯山中和義大利海邊四處遷徙，過著孤獨和受疾病折磨的漂泊生活。克服叔本華「孱弱的厭世主義」，嘗試去接近法國道德主義者的著作，一方面由於生病，另一方面也由於他在暗中摸索的懷疑思索，以箴言形式寫成的《曙光》（1881）、《快樂的知識》（1882）兩本書，不但沒有讀者，連朋友也無法理解。
不承認一切必須屈服的規範與權威的自由精神、不膜拜任何偶像，「冰和沙漠」可以代表這個時期的思想隱喻。最後更從對傳統道德的懷疑到宣告基督教的「上帝之死」。但是這並不是真正的虛無主義，也不是真正的自由。
1881年8月的一天，尼採在瑞士吉斯馬里亞的吉佛普拉納湖邊散步，在一塊巨大的金字塔形岩石旁停住腳步。「在人和時間六千英尺」的高度，他突然感應到「永恆輪迴」的哲學閃現在精神上的啟示，這使他全身哆嗦了起來，流下歡喜的淚水。這個靈感從比喻式的表現逐漸定型是在1888年，也就是逐漸陷入因大腦麻痹所造成的精神錯亂前的六七年間，對尼採的思想來說，這段時間是最重要的時期。
《查拉圖斯特拉如是說》（1883～1885），《善惡的彼岸》（1886），《道德的世系》（1887），《上帝之死》（1888），《尼采反對瓦格納》（1888），《瓦格納事件》（1888），《偶像的黃昏》（1889），《瞧！這個人》（1890）等主要作品大部分都在這個時期完成。另外還留有為數眾多的遺稿斷片，一部分後來由尼採的妹妹伊麗莎白整理成《權力意志》（1901）出版。
在追求自由的第二階段中，尼采確實獲得了自由，但這種自由變成了詛咒，變成了重擔。神逃向失落的世界，人無罪但也在無罪過的罪過中。人追求自由卻遲遲無法自由的雙重悖謬，尼采也遇上了，可是他拒絕超越式的世界，對地上生活也絕望。他就這樣面對生命的絕對否定，再次勇敢地肯定生命。
這種內在的超越是狄俄尼索斯式的肯定的最高形式，也是「命運之愛」的方式。虛無主義經過極限的價值轉換，達到真正的自由，達到自我超越的境地。那已經不是依賴藝術和科學的外在肯定，也不是被限定為「天才」或「自由思想家」的理想，而是無限定的、象徵自我克服的「超人」理想。