2003年1月發表的國情咨文中，布希總統宣布在中央情報局的組織架構之外建立恐怖主義威脅情報集成中心（TTIC），直接向中央情報主任彙報工作。隨後，中央情報主任指令（DCID）第DCID 2/4號指令發布，正式建立了恐怖主義威脅綜合中心，並規定了它的具體職能。2003年5月1日，該中心正式開始運營，50名工作人員分別來自美國國務院、國防部、司法部、國土安全部以及情報界各個部門。在2004年5月搬入新的辦公地點之前，該中心工作人員的數量將有望達到數百人，新的工作地點也將與聯邦調查局的反恐部門以及中央情報局的反恐怖主義中心共同使用。
恐怖主義威脅綜合中心共有四項重要任務：一是向美國國家領導人提供恐怖主義威脅的評估報告，二是確保各部門間的信息共享，三是整合與恐怖主義威脅有關的國內外情報信息，四是要優化反恐信息、技術和能力的使用，更好地完成恐怖主義威脅分析，指導情報搜集戰略。到2003年12月，恐怖主義威脅綜合中心每天都會製作一個恐怖主義威脅模型，向管理層提供一份恐怖主義威脅報告，一份反應恐怖主義勢力現狀的報告，焦點問題評述，恐怖主義威脅警示，情報系統評估以及一份特別分析報告。
恐怖主義威脅綜合中心發布的其中一份報告促成了布希總統的行動。由前任國家安全顧問布倫特·斯考克羅夫特率領的專家小組起草了這份報告，並在報告中向布希總統建議，應在現有的中央情報局反恐怖主義中心的基礎上，擴大成員規模，建立一個獨立的國家反恐怖主義中心，該中心應向中央情報主任彙報，並對聯邦政府負責。該報告中還描述了許多應當賦予該中心的職能，包括搜集、分析和分享所有與恐怖主義相關的海外情報，無論該情報來源於國內還是國外。恐怖主義威脅綜合中心主任將在中央情報主任的領導下負責日常運營，並就海外情報搜集要求和情報優先順序提出要求。
現在使用的「恐怖主義威脅情報集成中心（TTIC）」這一名稱是在斯考克羅夫特所率領的專家小組的建議下提出的。國家恐怖襲擊委員會的一個重要的建議出現在2004年7月份的報告中，當時他們建議在恐怖主義威脅情報集成中心的基礎上設立國家反恐怖主義中心，在國家恐怖襲擊委員會（National ission on Terrorist Attacks）的預想中，新成立的中心將不僅僅是聯合情報部門，還應是聯合行動部門，工作人員由來自中央情報局、聯邦調查局和其他機構的人員組成。
在情報方面，委員會表示，「國家反恐怖主義中心（NCTC）應領導戰略分析、整合各種源頭的國內外情報，包括與在全球範圍內有影響力的跨國恐怖組織有關的情報。」國家恐怖襲擊委員會認為，國家反恐怖主義中心應該進行經評估，將恐怖主義組織的能量與美國國防水平和反制措施進行對比，向聯邦政府提出警示，並在國內外提供用於情報搜集的便利條件。
國家恐怖襲擊委員會建議，國家反恐怖主義中心（NCTC）的職能應包括將任務職責分配至不同的部門，例如國務院、中央情報局、聯邦調查局、國防部、作戰司令部以及國土安全部。雖然國家反恐怖主義中心不直接負責指揮實際行動，但仍然跟蹤各部門的任務完成情況，除此之外，該委員會還時刻關注國內任務與國外任務的差別以及不同部門完成任務的差別，以便及時按照實際情況改進任務方案。
應國家恐怖襲擊委員會的建議，布希總統於2004年8月下旬發布了一項總統行政命令，建立了國家反恐怖主義中心，並責成中央情報主任對該中心進行監督管理。在國家恐怖襲擊委員會的建議下，國家反恐怖主義中心將作為聯邦政府的重要組織，分析和整合除「純國內反恐情報」以外的聯邦政府所掌握的一切反恐情報。此外，該委員會還建議，國家反恐怖主義中心將負責制定反恐怖主義行動戰略，並將行使智庫的職能，將所得信息進行分享，供其他部門參考。
兩個月後，國會通過了《情報改革與防範恐怖主義法案》，這實際上將國家反恐怖主義中心從之前的中央情報主任辦公室轉變成為了國家情報總監辦公室。根據《法案》規定，國家反恐怖主義中心的主要任務與總統行政命令中所要求的內容基本一致。不同的是，在反恐行動計畫方面，國家反恐怖主義中心要向總統直接彙報；而在反恐中心的預算、計畫和情報理事會的活動等問題上，該中心將向國家情報總監彙報。
如圖17.4所示，國家反恐怖主義中心的兩個重要官員分別是中心主任和常務副主任，該中心除情報理事會和國家情報管理辦公室（Office of National Intelligence Ma）外，還有其他三個理事會。
國家反恐怖主義中心主任的其中一項工作，就是對恐怖主義威脅的問題做定期的涉密或非涉密評估。例如，2011年9月，中心主任向參議院國土安全委員會和參議院政府事務委員會作報告《「9·11事件」十周年：我們比以前更加安全了嗎？》，內容包括恐怖主義威脅的演變、基地組織分支的形成，以及國家反恐怖主義中心的角色定位、活動和其所面臨的挑戰。
情報理事會（Directorate of Intelligence）負責「指揮美國聯邦政府反恐怖主義形勢的分析和整合」。主要內容包括評估恐怖主義勢力的安全港、分析支持恐怖主義活動的國家、推進全球反恐合作以及分析地區公布注意組織等，這些工作的開展都要求整個情報系統的相互協調配合。
追擊小組（Pursuit Group）是情報理事會的一個部門，於2010年1月創建。該小組主要負責追蹤恐怖主義行蹤，尤其側重於那些有可能威脅到美國或其在海外利益的恐怖主義行蹤。追擊小組的分析師們追蹤「恐怖主義威脅與美國之間的不明顯的或不明原因的聯繫，辨別未知的、已知的或有嫌疑的恐怖分子，並深究那些看上去並不重要的細節，以防止其對美國利益產生危害」。除此之外，情報理事會的組成部門還包括（或曾經包括）：激進或極端信息小組，武器、戰術與目標小組以及基地組織和遜尼派極端主義小組——這些小組內部都活躍著很多曾在情報系統各個機構工作過的分析師們。
戰略行動計畫理事會（Directorate of Strategic Operational Planning）負責指導聯邦政府的計畫——動用國家的一切力量抗擊恐怖主義威脅。國家反恐怖主義中心主任於2011年表示，該委員會整合了計畫周期的全部過程——提出計畫、監督實施、評估其有效性與資源分布情況——並創造了協調整合計畫並實施計畫的利益共同體。行動支持理事會（Directorate of Operational Support）負責向反恐怖主義部門提供全天候的情報作戰視圖（on intelligence picture），以幫助各部門了解反恐態勢、恐怖分子威脅以及對全球、全國突發事件的跟蹤報告。
恐怖分子身份資料理事會（Directorate of Terrorist Identities）（前身為信息共享與發展理事會）鞏固了其作為信息資源庫的職能，主要負責搜集全球恐怖分子的身份信息，並確保聯邦政府機構能夠獲取他們需要的恐怖分子身份信息。國家反恐怖主義中心（NCTC）在2012年5月發布的名為「信息共享規則與渠道」的文件中規定，國家反恐怖主義中心將與共同致力於反恐怖主義活動的兄弟機構共享資源信息。
恐怖分子資料理事會的一份文件描述了2013年實施完成的兩項任務，即：成功地建立了100萬人的恐怖分子資料資料庫環境（Terrorist Identities Datamart Enviro）和Kingfisher圖片處理庫源代碼掃屏工具的擴展，該工具「可以綜合大量數據的格式以有助於提高現有恐怖分子資料信息的用途」。國家反恐中心還指定恐怖分子資料理事會負責向波士頓馬拉松爆炸案的調查提供支持，並為生物鑒定報告的製作提供支持，以及幫助恐怖分子資料資料庫環境的進行分類指導。這些都是國家反恐中心所取得的成就。
國家情報管理辦公室（Office of National Intelligence Ma）的前身為情報任務管理理事會。該辦公室現在主要負責與反恐怖主義情報和任務有關的戰略管理，並決定情報分析和搜集任務的優先順序，同時負責間諜情報技術的分析與培訓，並制定戰略計畫、評估計畫完成效果與安排預算。
國家反恐怖主義中心還與國土安全部和聯邦調查局共同參與了聯合反恐評估小組（Joint terterrorism Assessment Team）。聯合反恐評估小組建立於2013年4月，前身是2007