2005年和2006年上半年，美國中央情報局在索馬利亞實施的秘密行動有多個目標，包括消滅藏匿在索馬利亞的少量基地組織成員。中央情報局駐肯亞首都內羅畢的情報站負責實施秘密行動，主要負責向索馬利亞世俗派軍閥提供資金，目的是消滅或抓捕基地組織嫌疑分子。在實施秘密行動的過程中，中央情報局派駐內羅畢的情報官偶爾會前往摩加迪沙軍閥控制的機場，攜帶大量現金輸送給索馬利亞軍閥。
資助索馬利亞軍閥的計畫，需要在當地部署相當數量的美方人員；1994年抓捕軍閥穆罕默德·法拉赫·艾迪德（Mohammed Farah Aidid）的行動中，有18名美國特種部隊士兵喪生，後美方人員從該國撤離。2002年11月起，美方代表與索馬利亞家族成員建立了聯繫，通過該渠道獲得索馬利亞基地組織嫌疑人員的情報。結果，2003年4月基地組織嫌疑分子蘇萊曼·阿卜杜拉·薩利姆·哈米德（Suleiman Abdalla Salim Hemed）被移交給美方。不過，這項計畫沒能獲得更多成果，伊斯蘭武裝分子在2006年6月取得了該國政權。不過這個政權十分短命。當年12月，在美國軍隊的秘密支持下，衣索比亞軍隊入侵索馬利亞，該政權倒台。
2007年1月上旬，一架AC-130空中炮艇向索馬利亞南部的基地組織成員發動襲擊。此次襲擊的目標中，有與本·拉登關係密切的爆破專家阿布·阿拉·蘇丹尼（Abu Tallha al-Sudani），還有支持基地組織的摩加迪沙網路頭目古萊德·哈桑·康拉德（Gouled Hassan Courad）的貼身助理。有觀點認為蘇丹尼負責為1998年對美國駐肯亞和坦尚尼亞使館的實施炸彈攻擊的襲擊者提供資金。
到了2010年，除實施無人機襲擊外，美國對索馬利亞實施的秘密行動又增加了支持當地組織。據聯合國索馬利亞和厄利垂亞監督組2012年的報告稱，美國方面還通過秘密行動項目支持索馬利亞當地安全部隊攻擊伊斯蘭青年黨（Al-Shahab）。一項有中央情報局官員參與的項目支持索馬利亞普特蘭政府，派遣美國特種部隊與普特蘭政府士兵共同作戰，但是該地區的半自治性質尚未獲得美國官方承認。普特蘭政府領導人的公共傳媒顧問稱，美國中央情報局向普特蘭情報機構提供了非殺傷性的援助。美國方面還向索馬利亞國家安全局提供援助，該機構負責運營的「阿爾法小組」，實質上是美國在政府控制地區實施情報行動的代理機構。
2011年6月下旬，聯合特種行動指揮部針對數名索馬利亞基地組織成員實施無人機空襲，是2009年以來實施的首次空襲行動。2012年1月，另一起無人機空襲擊斃了協助基地組織作戰的外籍指揮官比拉爾·巴扎維（Bilalal Barjawi）。2013年9月，伊斯蘭青年黨組織的創立者之一艾哈邁迪·戈達尼（Ahmed Godane）被無人機空襲擊斃。2014年以及2015年2月、3月的無人機空襲擊斃了該組織多名情報和對外行動負責人，以及一名幫助該組織策劃2013年襲擊奈及利亞購物中心的高級領導人。