1999年，美國中央情報局訓練並裝備來自巴基斯坦三軍情報局的近60名特種部隊士兵，利用他們協助搜尋和擊斃本·拉登。該項行動是柯林頓政府與巴基斯坦總理謝里夫及其情報部門負責人共同運作的，以經濟利益作為交換條件。謝里夫被軍事政變推翻的當年，該計畫被終止。繼任謝里夫上台的穆沙拉夫將軍拒絕繼續實施該項目。通訊監聽情報顯示，相關的訓練計畫也受到了拖累。
近年來，在巴基斯坦實施的秘密行動主要是利用「捕食者」無人機攜帶地獄火導彈襲擊基地組織領導人。「捕食者」無人機在2004年6月針對瓦濟里斯坦省南部地區一次眾所周知的空襲中，擊斃了一名塔利班組織前指揮官納·穆罕默德（Nek Mohammed）以及其他五人。2005年5月10日，阿布·法拉吉·利比的潛在權力繼承人海賽姆·葉梅尼（Haitham al-Yemeni）在巴基斯坦被「地獄火」導彈擊斃。2005年12月，美國方面確認的基地組織國際行動負責人哈姆扎·拉比耶（hamza Rabia），在巴基斯坦西部的一處安全屋內被「地獄火」導彈擊斃。
2006年1月，情報反映本·拉登的副手艾曼·扎瓦希里（Ayman al-Zawahiri）來到巴基斯坦西北部地區的一個村莊。美國中央情報局試圖使用「地獄火」導彈消滅扎瓦希里，並在1月13日中午12點30分襲擊了達馬多拉（Damadola）村中的目標。當地官員稱，有18名平民在襲擊中喪生，有至少11名武裝分子被擊斃（其中有7名阿拉伯游擊隊員，另有4名來自旁遮普省的巴基斯坦籍武裝分子）。除此之外，巴基斯坦官方稱，雖然死者中未發現扎瓦希里，但是至少可以確認打死了2至3名基地組織高級成員以及扎瓦希里的女婿。在死者中，有一人名叫米德哈特·穆爾西·薩義德·奧馬爾〔Midhat Mursi al-Sayid Umar，又名阿布·哈巴布·馬斯里（Abu Khabab Masri）〕，是一名爆破和毒物專家，曾被列入美國「頭號通緝」名單。此人負責管理阿富汗東部的一處基地組織據點，並且編製了介紹如何使用生化武器的手冊。另一名已確認死亡的人名叫阿布·奧貝達·米斯里（Abu Ubayda al-Misri），是阿富汗南部庫納爾省叛軍行動負責人。扎瓦希里的女婿在該地區負責基地組織的宣傳工作。
自2008年起，針對在巴基斯坦地區活動的基地組織和塔利班的頭目及訓練設施實施的無人機襲擊數量逐漸增多，無人機襲擊已經成為常用手段。2004年至2007年間，共實施了4次無人機攻擊。2008年共襲擊34次。2009年，僅在巴基斯坦境內已進行99次無人機襲擊，使用的機型包括捕食者型無人機和收割者型無人機。2010年僅前9個月就實施了74次無人機襲擊。有報道稱，到2010年12月中旬，當年已經使用「捕食者」無人機實施了百餘次空襲。無人機空襲架次增加的原因是在2008年進行了政策調整，新的政策獲准攻擊的範圍擴大，不僅局限於原來已批准的目標，還可以根據「生命分析模式」（pattern of life analysis）進行攻擊。
無人機攻擊已經擊斃了一批基地組織和塔利班的高級頭目。2009年年初，有報道稱基地組織的20名領導人中已有9名被擊斃。無人機空襲持續不斷地在擊斃或抓捕基地組織負責頭目的行動中取得成果。2010年5月，謝赫·薩義德·馬斯里（Sheikh Said al-Masri）被擊斃，此人是基地組織的重要領導人，據信是紐約地鐵爆炸實施者納吉布拉·扎西（Najibullah Zazi）的幕後指使，還向3名「9·11事件」中的劫機實施者提供資金。由於有情報反映存在針對歐洲的恐怖計畫，美國方面在2010年10月加大在巴基斯坦部族地區實施無人機空襲的頻率。這些襲擊成功擊斃了多名德國籍恐怖分子。一名名為伊木拉姆·阿馬尼（Imram al Amani）的德國籍炸彈襲擊者在10月初的空襲中被擊斃。根據軍方確認，2010年實施的117次無人機空襲共擊斃581人。
2011年的無人機空襲擊斃了多個武裝派別的頭目。2011年6月，「313旅」（313 Brigade）頭目、巴基斯坦前特勤局成員伊利亞斯·卡什米里（Ilyas Kashmiri）在巴基斯坦南部的瓦濟里斯坦被擊斃，其領導的武裝派別是基地組織領導的「基地組織的後援團」成員。當年8月，基地組織主要行動策劃者阿亞提·阿布德·拉哈曼（Atiyah Hbd al-Sahman）在無人機空襲中被擊斃。當年9月，被稱為基地組織在巴基斯坦最高行動負責人阿布·哈夫斯·夏里里（Abu Hafs al-ShaririR）在同樣的空襲中被擊斃。在此之後，哈卡尼網路（Haqqawork）的高級領導人楊巴茲·扎德蘭（Janbaz Zadran）也在瓦濟里斯坦北部的空襲中被擊斃。
2011年11月中旬至2012年年初，由於巴基斯坦方面在誤炸等事件（一次誤炸導致了24名巴基斯坦士兵喪生）的反應強烈，無人機空襲中止了一段時間，後在2012年1月起恢複空襲。在巴基斯坦西北部距離邊境城市米拉木·薩赫（Miram Shah）1英里的一次空襲中，有4名嫌疑武裝人員被擊斃，當地是伊斯蘭武裝組織活動的主要區域。巴基斯坦塔利班組織最高領導人班達爾·曼蘇爾（Bandar Mansoor）在當年2月的空襲中被擊斃。3名哈卡尼網路的武裝分子在當年4月的空襲中被擊斃，同年6月的空襲還擊斃了重要人物阿布·亞哈·利比（Abu Yahya al-Libi）。一份報告稱，「此人被視為基地組織的二號人物」，而且是「基地組織最具才幹的領導人」。
2013年初，穆阿維·納齊爾（Mualvi Nazir）和五名隨員在駕車經過巴基斯坦安哥安達地區（Angoor Adda）時遭遇空襲喪生。納齊爾是瓦齊爾部落的領導人（Ahmadzai Wazir Tribe），其領導的武裝人員經常穿越阿富汗邊境參與襲擊美軍的活動。2014年9月和10月，美國中央情報局主導的一系列無人機空襲擊在巴基斯坦多地斃了11名可疑武裝分子。表16.1詳細說明了空襲擊斃的人員身份。