「9·11事件」之後，中央情報局在約24個國家建立了聯合反恐情報中心，此前在20世紀90年代建立的兩個中心，是為了監視和逮捕來自沙烏地阿拉伯、葉門、埃及和車臣前往波斯尼亞和前南斯拉夫其他地區參與衝突的伊斯蘭極端分子。在這些中心，美國和外國情報官員共同合作追蹤和逮捕嫌疑恐怖分子，滲透或摧毀恐怖分子網路。合作反恐中心每天需要判斷的問題是「在什麼事件用何種方式逮捕嫌疑人，是否將逮捕的嫌疑人轉移至其他國家進行審訊或羈押，如何破壞基地組織的後勤和資金補給」。歐洲、中東和亞洲都曾建立過反恐情報中心。一名前反恐官員認為，「為了整合、組織其他地區專門的聯絡關係，必須先成立反恐情報中心。」
聯盟基地（Alliance Base）是在巴黎建立的聯合反恐中心，有法國對外安全總局負責，美國中央情報局是重要參與方，該中心還有來自加拿大、澳大利亞和德國的情報機構官員。巴黎中心負責選擇案件，並且確定負責行動的主導國家，該國家的情報機構會負責行動指揮。
有報道稱，「9·11恐怖襲擊」後，雅克·希拉克總統命令法國情報機構無限制地與美國情報機構分享有關反恐的情報。2001年底至2005年年中期間，法國聯合反恐情報中心抓獲了60名嫌疑人。另外，法國方面還批准美國利用吉布地基地起飛掠食者武裝無人機。作為回報，法國方面被獲准接觸關塔那摩的囚犯，法國審訊人員可以前往關塔那摩搜集證據，用於法國國內的訴訟。
中央情報局和法國對外安全總局的合作，包括秘密支持阿爾及利亞和摩洛哥政府打擊伊斯蘭北非蓋達組織（AQIM）。美法兩家機構援助阿爾及利亞軍事安全局逮捕或擊斃了多名伊斯蘭北非蓋達組織領導人。兩家機構向摩洛哥對外情報機構——「研究文獻總局」提供相關情報，並為摩洛哥國內安全部門提供重要技術支持。相關援助幫助摩洛哥機構抓捕了多名反政府的穆斯林極端分子。
約旦也是反恐怖主義行動的主要參與國，而且是在「9·11事件」發生多年前就建立了合作關係。一份報告記載，「約旦情報總局已經超過以色列摩薩德，成為美國在中東地區最高效的反恐情報機構。」一名中央情報局前行動官員解釋稱，「約旦情報總局能夠從恐怖嫌疑人處獲得更多的信息，因為他們能夠掌握嫌疑人的語言、文化、關係人，並了解更多其所在的網路情況。」同一名官員稱，「約旦人在極端激進分子組織和什葉派文化方面有專長，因此在審訊俘虜和招募間諜方面特別稱職。」據報道，中央情報局與約旦情報總局的合作關係幫助挫敗了多次恐怖襲擊圖謀。在發現和擊斃前基地組織在伊拉克領導人阿布·穆薩·扎卡維的行動中，約旦情報總局也發揮了重要作用。
美國與約旦的合作在幾十年前就已經開始。20世紀80年代，美國和約旦的情報機構實施了旨在削弱和顛覆阿布·尼達爾組織（Abu Nidal）的聯合行動，阿布·尼達爾組織當時是世界上最危險的恐怖組織。該行動中，情報機構利用開設外國銀行虛假賬戶，誘騙尼達爾認為其副手通過相關賬戶接受海外來源的神秘報酬。尼達爾因此處決了多名副手。2001年夏天，約旦方面向美國提供了截獲的通訊情報，反映了一起即將在美國本土發生的恐怖襲擊。
約旦情報總局與美國方面存在引渡合作，將多名中央情報局抓獲的人員引渡至約旦後進行了審訊。其中一個案例是被巴基斯坦安全部隊關押在卡拉奇的葉門公民賈馬爾·馬里（Jamal Mari）。此人被羈押在一處秘密監獄數周后，被移交給美國情報官員。美國方面相信此人在巴基斯坦為一家與基地組織有聯繫的慈善組織工作。美國情報官員後將此人移送至約旦，在約旦經過數月審訊後，又再次交由美方羈押。
美國方面長期為約旦情報總局提供資金援助。一名前美國情報官員稱，「對我們來說並不算一筆大錢，但是對約旦方面就非常有意義，可以幫助他們購買大量無法負擔的設備和技術材料。」資金援助還包括支付雙邊行動中心所需費用，該中心是在「9·11襲擊」之後建立的。2010年的一份報告記載，兩家機構的合作關係發展良好，已經到了「中央情報局駐安曼聯絡人員可以不受限制地進入約旦情報總局防範嚴密的總部」——但是奧巴馬政府在2015年拒絕了約旦提出的提供非武裝掠食者無人機的要求。
「9·11事件」之後，美國方面向巴基斯坦內務情報局「撒出了大把美元」，總量相當於該機構預算的三分之一。巴基斯坦方面抓獲或擊斃激進分子可以獲得報酬，這也是中央情報局的秘密獎勵的一部分。巴基斯坦方面因抓獲阿布·祖貝達獲得了1000萬美元，因為抓獲哈立德·謝赫·穆罕默德獲得了2500萬美元。另外，巴基斯坦內務情報局官員還前往北卡羅萊納的基地參與培訓。
2010年2月，阿富汗塔利班二號人物巴拉達（Mullah Abdul Ghani Baradar）在卡拉奇的一次突襲中被捕。此次行動中，美國方面提供了相關情報，中央情報局也提供了支持。美國情報機構自2009年12月起開始密切追蹤巴拉達的通訊和活動情況，並且獲得了「預料之外的突破」。
到2011年年初，有報道稱美巴情報機構的合作關係在最近幾個月嚴重惡化，巴基斯坦方面不再為中央情報局的無人機空襲指示目標。合作關係惡化的原因，是因為美國方面質疑巴基斯坦在打擊極端分子方面的承諾而激怒了巴基斯坦，而且巴基斯坦方面擔心中央情報局為避免過度依賴巴基斯坦內務情報局而建立自己的網路，同時美國方面認為巴基斯坦泄露了情報站負責人的姓名導致其被召回。另外，一名中央情報局的承包商因擊斃了企圖搶劫自己的劫匪而被逮捕，也加劇了緊張關係。
2011年4月，巴基斯坦官員拜訪了華盛頓，要求中央情報局減少無人機導彈襲擊（3月17日在瓦濟里斯坦北部發生的無人機空襲導致了40多名平民死亡）。同時巴方還要求大量削減中央情報局和特種部隊人員，相關人員總數約335人。到當年5月，巴基斯坦政府通知美國方面，將關閉三處情報整合中心——兩處在白沙瓦（Peshawar），一處在奎達（Quetta）——美國通過這些中心與負責打擊塔利班的巴基斯坦地面部隊共享衛星影像、目標數據和其他情報。
2011年5月2日，美國海豹部隊突襲了本·拉登在阿伯塔巴德住處，擊斃拉登本人。此次行動說明美國方面懷疑巴基斯坦作為反恐合作方的可靠性，因此使合作關係更加緊張。2011年6月，巴基斯坦外交部宣布，美國和巴基斯坦同意恢複針對伊斯蘭極端分子的聯合情報行動。但是當月，《華盛頓郵報》報道稱「在最近的數周，美國向巴基斯坦兩次提供了空中偵察視頻和其他情報，以及叛軍炸彈製造設施的具體位置。但是提供相關情報導致在突襲發起之前信息走漏，極端分子已經人去樓空。」另外，美國方面共享了有關武器儲存倉庫等其他現場的情報，但是在突襲中發現倉庫也已經被騰空。
2011年9月，有報道稱，巴基斯坦方面逮捕了策劃襲擊美國目標的嫌疑人尤尼斯·毛利塔尼（Younis Mauritani），以及另外兩名基地組織高級行動人員。中央情報局提供了技術援助，可能是通訊情報，以支持巴基斯坦內務情報局搜索相關目標。2012年8月，巴基斯坦新內務情報局局長查希爾·伊斯蘭（Zahir ul-Islam）中將訪問華盛頓，與時任中央情報局局長彼得雷烏斯會面。有報道稱，二人「探討重建已經受損的反恐合作關係」。一名高級行政官員觀察認為，「彼得雷烏斯將打造合作關係……我們有事做了。」
2011年3月，聯邦調查局駐莫斯科法律參贊收到了一份來自俄羅斯聯邦安全局的備忘錄——在俄羅斯——該資料是與後來的波士頓馬拉松比賽炸彈襲擊者塔梅爾蘭·特薩爾納伊夫（Tamerlan Tsarnaev）及其母親有關。當年9月，俄羅斯斯聯邦安全局向中央情報局提供了相同的資料。從聯邦調查局翻譯的版本（該版本中把塔梅爾蘭·特薩爾納伊夫的名字拼錯了）看，俄羅斯斯聯邦安全局將二人描述為極端伊斯蘭信徒，並宣稱特薩爾納伊夫正在準備前往俄羅斯的達吉斯坦（俄羅斯聯邦東南部自治共和國）和車臣參加不知名的「地下強盜組織」。這份資料還提供了二人的電話號碼、電子郵件地址和聯邦調查局要求提供的其他信息。2011年3月9日，聯邦調查局駐莫斯科法律參贊向俄羅斯聯邦安全局發函確認收到了相關信息，並要求提供後續情報。
眾議院國土安全委員會（House Homeland Security ittee）認為，該函缺乏「引人關注負面威脅信息」，而聯邦調查局主導的聯合恐怖工作小組不認為相關信息與恐怖主義存在聯繫。後來，這名法律事務參贊在8月向俄羅斯聯邦