歷次戰爭結束後，戰爭中俘獲的戰俘都是潛在的情報來源，能夠通過戰俘獲得敵方的計畫和能力。不過，《日內瓦公約》為戰俘提供了非常嚴密的制度保護。單個戰俘一般只能提供非常有限的情報（例如姓名、軍銜、序列號等），日內瓦公約的簽署國在對待戰俘問題上承擔明確的義務和責任。
儘管如此，小布希和奧巴馬政府仍然不把在美國反恐戰爭中俘獲並關押的囚犯視為戰俘，而是將這些囚犯定性為不受法律保護的地方戰鬥人員。這種做法的法律依據在於基地組織成員將平民作為襲擊目標，不穿軍裝制服，而且不歸屬於傳統意義上的軍隊。塔利班武裝人員同樣不被視為戰俘，理由是他們並未服務於合法的政府。因為基地組織的武裝分子未被定性為合法的敵方武裝人員，美國方面判定不僅可以通過這些拘捕的武裝分子獲得比戰俘更多的情報，還可以對這些武裝分子採取更加嚴厲的審訊措施以榨取有價值的情報。
這些囚犯被關押在多個機構中，這些機構分布在世界各地，並且由不同的單位管理。在阿富汗坎大哈和巴格拉姆的美軍基地是最新一批仍在運行的關押機構。在這些基地中，美軍人員負責審訊這些囚犯。在一段時期內，坎大哈基地曾關押了500多名囚犯。最知名的關押地點位於古巴的關塔那摩灣，最初被稱為「X區（Camp X-ray）」，後被稱為「三角洲集中營（Camp Delta）」。最新的關押設施被命名為第四區。2005年6月，該地關押了500餘名囚犯；2014年11月，此處關押著148名囚犯。
據報道，其他的囚犯被關押在位於印度洋的迭戈加西亞島英美聯合基地以及美國東北部的軍事基地中。除此之外，美國中央情報局還管理了一批不為人所知的監獄設施（黑獄），2006年9月後有14名囚犯被轉移至關塔那摩。2005年，有報道稱在這些黑獄中關押著36名囚犯。2007年4月，美國中央情報局將另一名基地組織領導人移交給美國國防部，此人自2006年秋季起被中央情報局方面關押。有多個國家為美國中央情報局提供關押囚犯的設施，包括阿富汗（在喀布爾附近，代號為「鹽坑」）、泰國（位於泰國皇家空軍基地附近，最初命名為「貓眼」）、羅馬尼亞（米哈伊爾·科格爾尼恰努機場附近，代號為「明亮之光」或「燈箱」，2006年5月關閉）、立陶宛（2006年5月關閉）、茅利塔尼亞和波蘭（設在波蘭中北部村莊舊凱庫蒂的情報機構內，代號「石英」，2003年9月關閉）。摩洛哥曾計畫建立一處監獄設施，代號為「孟買」（Bombay），但是未投入使用。有報道稱，美國中央情報局在索馬利亞安全局基地設有秘密監獄，在那裡關押索馬利亞極端組織「伊斯蘭青年運動」（Al-Shahab）成員。
2001年至2013年關閉了多處黑獄後，這些囚犯最早被轉移關押在美國海軍的軍艦（美國海軍的「聖安東尼奧」號驅逐艦和「博克瑟」號驅逐艦）以及遠離居民區的島嶼上（如尚比亞卡拉巴湖中的無人島）。
囚犯是通過很多種方式捕獲的。有些是在傳統軍事行動中被捕，其他的囚犯是被特種部隊士兵（比如由突擊隊員和特種部隊組成的戰斧特遣隊被派遣橫穿阿富汗追捕基地組織和塔利班的領導人）抓捕的。也有一些囚犯是被美國中央情報局的特殊行動抓捕的，例如2003年8月，中央情報局與泰國聯合行動抓捕基地組織在印度尼西亞分支機構伊斯蘭祈禱團（Jemaah Islamiyah）的頭目，或者中央情報局與巴基斯坦情報機構聯合行動。除此之外，外國政府也會將逮捕的嫌疑人移送給美國方面。
這些被羈押和審訊的囚犯或具有極大安全威脅，或具有重要的情報價值。據一名原美軍審訊人員介紹，基地組織在阿富汗的訓練營訓練了上萬名武裝分子，「有數百名武裝分子都是匿名的，其中一部分危害較小，而另一些則危害極大。」有一些囚犯被羈押是出於搜集情報的目的，這些情報不是全部準確，但是能夠反映恐怖分子的活動情況。例如有一名名為賈巴拉·穆罕默德·曼蘇爾（Jabarah Mohamed Mansur）的加拿大籍公民，曾作為恐怖組織成員參與策劃襲擊駐新加坡的以色列、美國和澳大利亞大使館。被關押於關塔那摩的人員中，有一名商人1971年至1987年居住在美國，被指曾為基地組織襲擊美國目標提供幫助，還有一名在阿富汗被捕的囚犯被認定是參與「9·11事件」的20名恐怖分子之一。
據美國國防部新聞稿披露，這名所謂的劫機恐怖分子名叫穆罕默德·卡赫塔尼（Mohamed al-Kahtani）。在關塔那摩關押期間，此人不僅指明了製造臟彈的何塞·帕迪拉（Jose Padilla）以及使用鞋子炸彈的理查德·雷德（Richard Reid）與基地組織的關係，提供了關於基地組織派遣恐怖分子通過防範薄弱的邊境地區滲透的路線和方法，解釋本·拉登是如何逃脫抓捕，並且提供了本·拉登本人身體狀況的有關情報，還提供了關於本·拉登的30名保鏢的詳細信息。除此之外，據稱有兩名被關押人員曾辨認出本·拉登信使〔化名阿布·艾哈邁德·科威特（Abu Ahmed al-Kuwaiti），其真名為艾庫威提·庫威蒂〕身份，其中一名就是此人。辨認出本·拉登的信使是確定其藏身位置關鍵情報，之後，本·拉登於2011年5月被擊斃。
在美國中央情報局黑獄中關押的人員被視為「高價值目標」，也可以說是除了基地組織高級領導者之外的潛在重要情報來源。這些情報可能通過那些負責後勤的或參與訓練的武裝分子獲得。根據國家情報總監辦公室的一份簡要記錄，事實上，2006年9月已送至關塔那摩的14個高價值目標多為技術輔助人員：阿濟茲阿里（Ali Abd al-Aziz Ali，一名巴基斯坦基地組織的技術人員）、艾哈邁德·哈勒凡·蓋蘭尼（Ahmed Khalfan Ghailani，基地組織的偽造技術人員，並幫助運送恐怖分子）、漢巴里（Hambali，印度尼西亞伊斯蘭祈禱團的負責技術工作的頭目）、穆斯塔法·艾哈邁德·哈薩維（Mustafa Ahmad al-Hawsawi，負責財務管理）、穆罕默德·納齊爾·本·（漢巴里的重要助手之一）、馬吉德·汗〔曾受哈立德·謝赫·穆罕默德（Khalid Sheikh Mohammed）/Archive指使負責領導設計向美國多處水庫投毒的方案等工作〕、阿布德·拉希姆·海珊·穆哈默德·阿布（阿拉伯半島基地組織的行動負責人）、阿布·法拉茲·利比（Abu Faraj al-Libi，是本·拉登的對外聯絡人）、阿布·祖貝達（Abu Zubaydah，據信是基地組織高級行動官員，後轉為提供輔助工作）、拉姆齊·本·希布赫（Ramzi bin al-Shibh，是「9·11襲擊」中重要的輔助人員）、祖貝爾（Zubair，伊斯蘭祈禱團的行動策劃者，受漢巴里領導）、瓦利德·本·阿塔希（Walid bin Attash，行動策劃者）、哈利德·謝赫·穆罕默德（KHalid Sheih Mohammed）、以及古爾德·哈桑·康拉德（伊斯蘭團結組織在摩加迪沙後勤網路的負責人）。
審訊人員被授權在心理戰術之外採取非正常的審訊方式，以達到從關押人員身上獲取情報的目的。2006年秋天以前，美軍審訊人員訓練手冊中主要有16種基本的審訊手段，但是禁止使用刑訊手段。但是，這些訓練手冊並不能約束美國中央情報局的審訊人員，而且手冊中也未就何種情況構成刑訊進行定義。美國中央情報局改進了審訊技術，並授權在反恐項目中應用（代號為「灰石」）。這些審訊方式包括坐水凳和水刑（這兩種方式都是讓被訊問者感受溺水的絕望）、剝奪睡眠、單獨隔離、抑制睡眠、流質飲食、壓迫體位、停供止疼葯等。表11.1描述了相關細節。
據當時的審訊人員透露，有一名關押在坎大哈基地的囚犯供述了「關於德國漢堡基地組織分支的重要情報，出賣了很多武裝分子，揭發了以前從未掌握的基地組織與北非伊斯蘭團體聯繫情況」。另一名囚犯供出了曾經參與過策劃對美國駐羅馬大使館投毒的襲擊計畫，根據該情報提供的線索抓獲了8名摩洛哥人（這些摩洛哥人最終被無罪釋放），並發現了8.8磅氰化物、一份美國大使館遊客地圖以及多份大使館周邊地下管線設施位置圖。還有另一名囚犯提供了基地組織在歐洲招募人員的名單、行動計畫、以及本·拉登衛隊的情報。
根據奧巴馬總統的要求，無論是何種機構負責管理的審訊機構，都只能獲准使用美軍基地手冊中的審訊技術。另外，按照奧巴馬的要求，還建立了一個名為「高價值關押者審訊小組」（High Value Detaierrogation Group）的機構，負責管理對這些囚犯的審訊工作