1986年2月28日，由總統羅納德·里根任命的美國國防管理特別委員會提議，建立一個單獨的聯合司令部，整合全球的空中、陸地和海洋的軍事運輸。4月1日，里根簽署了國家安全決定第219號指令「落實總統的國防管理委員會的建議」，指示國防部長在禁止這類司令部的立法被廢止時，「採取那些必要的步驟建立一個聯合司令部，提供全球的空中、陸地和海洋運輸」。
1986年末，《國防部重組法案》命令國防部長考慮建立一個聯合運輸司令部（Uransportation and, UTC），並廢除了阻礙這一舉措的法律條款。1987年10月1日，美國運輸司令部（U.S.Transportation and, TRANS）由聯合運輸司令部更名而得，在伊利諾伊州斯科特空軍基地成立，擁有50名工作人員。1992年2月14日，國防部長強化了美國運輸司令部的職責，使其「為國防部提供空中、陸地和海洋運輸，無論在和平時期還是戰爭時期」。美國運輸司令部的成員司令部包括陸軍的地面部署和分布司令部、海軍的軍事海運司令部和空軍空中機動司令部。另外，聯合實現能力司令部也隸屬於美國運輸司令部。
運輸司令部的情報處（J2）同時也是美國運輸司令部聯合情報行動中心（JIOC-TRANS）。如圖6.12所述，該中心設有四個主要部門：情報行動、計畫和項目、實時情報及反情報和人力情報。
情報行動部「實施全源的、多學科的情報分析和製作」，為美國運輸司令部司令官和司令部成員組織提供支持。該部門編製的情報成品包括「聯合特別報告，專題分析，信號燈規劃圖、GEOPORT（那些依賴於圖像和其他數據的商業海港相關的產品）、商業海港基礎設施信息」。計畫和項目部負責美國運輸司令部聯合情報行動中心對軍事情報計畫內情報來源進行策劃、設計和制定預算；它還編製和提交美國運輸司令部聯合情報行動中心年度情報計畫目標備忘錄。
實時情報部門負責實時情報、跡象和預警，「向運輸運營者和策劃者提供每周7天每天24小時可操作的全面實時情報、跡象和預警、威脅識別、態勢感知和武裝力量保護信息，以支持美國運輸司令部的全球行動」。反情報/人力情報部的職能包括所有反情報/人力情報行動的衝突解決，協調司令部的興趣區域內反情報/人力情報組織的任務分配，並確保「反情報/人力情報的需求清晰地表達了美國戰略司令部的情報架構計畫的發展」。
情報處主持美國運輸司令部的季度威脅小組的工作，負責「分析和評估（運輸司令部）在全世界範圍內的行動受到的全方面威脅，確保其人員和資產的安全」，並分送評估結果、報告或其他成果。