1987年4月16日，根據1986年11月的《國際公法99-661》，國防部長卡斯珀·溫伯格在里根總統的授意下建立了美國特種作戰司令部，以監督軍事部門特種作戰單位的活動，而這些特種作戰單位成為了美國特種作戰司令部的成員司令部。如今，這些兵種成員司令部包括陸軍特種作戰司令部（北卡羅來納州布拉格堡）、海軍特種作戰司令部（加利福尼亞州科羅納海軍基地）、空軍特別作戰司令部（佛羅里達州赫爾伯特空軍基地）和海軍陸戰隊特種作戰司令部（北卡羅來納州勒瓊基地）。美國特種作戰司令部下屬的還有位於布拉格堡的聯合特種作戰司令部（Joint Special Operations and）。美國特種作戰司令部的總部設在佛羅里達州的麥克迪爾空軍基地。
除了成員司令部以外，還有下一級的聯合司令部，其人員從各兵種成員司令部抽調，接受各聯合作戰司令官的指揮，包括南方特種作戰司令部（佛羅里達州霍姆斯特德空軍基地）、非洲特種作戰司令部（德國斯圖加特）、歐洲特種作戰司令部（斯圖加特）、中央特種作戰司令部（佛羅里達州麥克迪爾空軍基地）、太平洋特種作戰司令部（夏威夷史密斯營）、韓國特種作戰司令部（韓國龍山）和美國北方特種作戰司令部（科羅拉多州彼得森空軍基地）。
1997年，美國特種作戰司令部預算約為30億美元，共有4.7萬名人員：其中3萬人為現役，1.4萬人為預備役和國民警衛隊人員，3000人為文職官員。2007年，該司令部預算大約為80億美元，人員大約有5.3萬人左右。截至2014年，大約有2500人在美國特種作戰司令部總部工作，而司令部的兵力有6.6萬人，並計畫擴充至69700人。2012年初時，其預算達到了105億美元。各個獨立的司令部已確認的兵力是陸軍2.9萬人、海軍8800人、空軍1.8萬人和海軍陸戰隊3000人。剩下大約有4700人屬於聯合特種作戰司令部。到2013年3月，特種作戰部隊，包括在美國重點使館中的特種作戰聯絡官，常駐於全球75個國家。2015年，美國特種作戰司令部獲得了100億美元的可用資金。
最初，美國特種作戰司令部被指定了10項任務：直接行動、戰略偵察、非常規戰爭、外國內部防禦、民政事務、心理戰、反恐、人道主義援助、戰區搜索和救援，以及其他由總統或國防部長委派的行動。表6.1提供了對這些最初的活動的描述。1995年5月，在總統和國防部長的指示下，反擴散被加入了任務事項表中。最近，美國特種作戰司令部的資料列出司令部17個不同的活動：民政事務、鎮壓叛亂、反恐、打擊大規模殺傷性武器、直接行動、外國內部防禦、人質救助和找回、封鎖和進攻性打擊大規模殺傷性武器、軍事信息支持、環境的準備、安全力量援助、特種作戰部隊作戰支持、特種作戰兵種作戰支持、特別偵察、穩定、對重大作戰行動的支持和非常規戰爭。
「9·11事件」之後，反恐成為美國特種作戰部隊的首要任務，尤其對於聯合特種作戰司令部的特別任務單位而言。聯合司令部2008年的計畫指定，美國特種作戰司令部「領導、策劃、共同行動和按照指示執行打擊恐怖分子網路的全球行動」。特別組建的特遣部隊搜尋阿富汗和巴基斯坦的基地組織、搜查伊拉克的大規模殺傷性武器、在伊拉克追捕扎卡維和薩達姆·海珊；一支海軍特種作戰部隊實施了殺死本·拉登的突襲。除了在如哥倫比亞和菲律賓等國花費數年的計畫，各部隊還在葉門和其他中東國家、非洲、中亞實施了行動計畫，並在索馬利亞加大了行動力度；一支特種作戰部隊在2009年實施襲擊行動，擊斃了所謂的基地組織東非分支負責人。
美國特種作戰司令部的情報編製，由約有470人的情報處（J2）和隸屬於該處的美國特種作戰司令部聯合情報中心負責。情報處的任務是提供全源情報「以支持全球反恐戰爭」。聯合情報中心的任務被描述為「向（美國特種作戰司令部）司令官、特種作戰中心（ter for Special Operations）、特種作戰司令部人員、成員司令部和下屬單位提供情報；支持特種作戰部隊提出情報需求；與國家/戰區情報機構進行對接；（監控/整合）增強情報能力以支持美國特種作戰部隊」。
圖6.9和6.10顯示了2010年情報處和特種作戰司令部聯合情報中心的組織架構。圖中那些以「SOC」（特種作戰司令部）開頭的方框說明了有關部署在各地的美國特種作戰司令部所屬單位的一個關鍵事實：他們在戰區命令的指揮控制下執行任務（如中央司令部或歐洲司令部的司令官），而不是美國特種作戰司令部司令官。組織架構圖上還出現了全球任務支持中心和戰略分析部。後者專註於對實施行動的戰略環境進行評估，而不是對恐怖組織或大規模殺傷性武器所帶來的威脅進行評估。
重要的情報活動，包括人力情報和秘密的信號情報，是由聯合特種作戰司令和其成員司令部中的某些單位來完成，包括第1特種部隊三角洲行動分遣隊（三角洲部隊，也被稱為戰鬥應用小組和陸軍獨立部門）、海軍特種作戰開發小組（原海豹突擊隊第6分隊）、第75遊騎兵團、第160特種作戰航空團、第24特別戰術中隊，可能還有任務支持機構（Mission Support Activity，以前的情報支持機構ISA和美國陸軍安全協調分遣隊）。
聯合情報旅（Joint Intelligence Brigade）屬於聯合特種作戰司令部的情報單位，位於布拉格堡，有數百名分析人員，並對情報進行評估以支持聯合特種作戰司令部的特別任務單位（比如三角洲特種部隊）。聯合特種作戰司令另一個情報成員機構是位於弗吉尼亞州羅斯林的情報危機行動中心（Intelligence Crisis A ter），據稱它有50名僱員，並向聯合特種作戰司令的情報和安全處彙報工作，該處處長是聯合特種作戰司令部的首席情報官。除了聯合特種作戰司令部的情報能力，三角洲特種部隊的行動支持隊（Operational Support Troop）負責提前進入某個國家並收集相關情報。
一個特殊單位曾多年被稱為情報支持機構（Intelligence Support Activity, ISA），最初於1980年成立時是外國行動組（Fing Group），以應對伊朗的人質危機；它負責實施秘密人力情報、信號情報搜集工作和其他行動，以支持各特種作戰部隊，尤其是聯合特種作戰司令部所屬秘密單位。ISA的代號一直變更——在最近的代號中有中心尖刺（TRA SPIKE）和灰狐狸（GREY FOX），它自成立以來至少實施了9種不同類型的活動：（1）情報搜集；（2）探路任務；（3）外國領導安保；（4）安全和情報評估；（5）打擊前的偵察；（6）行動支持；（7）對外國人員的培訓；（8）人質救援；（9）獲取外國武器系統。灰狐狸人員作為第20特遣部隊的組成部分，參與了搜捕薩達姆·海珊的任務。顯然，該單位最新的名稱是任務支持機構，但它也被稱為橙色特遣部隊（Task Force e）。其總部設在弗吉尼亞州貝爾沃堡。
2005年8月，海軍作戰部長批准建立了兩個單位，為海軍特種作戰行動提供情報支持：海軍特種作戰第1組支持機構（加利福尼亞州科羅納多海軍基地）和海軍特種作戰第2組支持機構（弗吉尼亞州小溪海軍兩棲基地）。建立第1組支持機構是為了向海軍特種作戰第1組及其海豹小隊（1隊、3隊、5隊、7隊）提供情報支持。建立第2組支持機構是為了向海軍特種作戰第2組及其海豹小隊（2隊、4隊、8隊、10隊）提供情報支持。據稱，這兩個機構能夠實施人力情報、信號情報、測量與特徵信號情報行動。
2011年初，兩個支持機構重新組合，與海軍特種作戰任務支持中心一起，新建了一個特種作戰組，即海軍特種作戰第十組。這兩個機構被更名為海軍特種作戰支持機構一和海軍特種作戰支持機構二，以「解除它們對某個特定海軍特種作戰組的依附關係」。