聯合司令部結構方面的最大變化，是2001年9月11日恐怖襲擊發生之後建立了北方司令部（NORTH）。襲擊發生之後不久，即出現了這個想法，得到了美國軍方高層人士的支持。該司令部建立之前，有許多問題需要解決，包括該指揮部是否要控制自己的軍事力量或是依賴於其他司令部提供軍事力量以及對於以執法為目的地使用軍事力量的法律限制。早在比爾·柯林頓執政時期，建立這樣一個指揮部的構想曾被提出過，但這個想法受到美國公民自由主義者和（據有關報道稱）右翼民兵組織的抗議之後就被終止。
2002年4月17日，美國國防部宣布成立美國北方司令部，將其他軍事組織正在實施的國土防禦和其他公民支持任務彙集到一個司令部。該司令部與北方航空航天防禦司令部（Northern Aerospace Defense and）一起駐紮在科羅拉多州彼得森空軍基地，於2002年10月1日具備了初始工作能力。
美國北方司令部有兩個主要任務：
●實施行動，探測、預防和打擊針對美國、美國領土和特定職責區域利益的威脅和所有侵略行動，其中包括通過空中、陸地和海洋方式到達美國大陸、阿拉斯加和周圍約500海里的水域以及墨西哥灣、波多黎各和維京群島；
●在總統或國防部長的指令下，提供對文職部門的防禦支持，包括後果影響控制。
在任務的執行過程中，美國北方司令部「實施海上行動以阻止恐怖行動和預防針對美國及其盟國的攻擊」。關於地面行動，司令部「安排和布置軍隊以制止和預防攻擊」。2004年大選期間，美國北方司令部為邊境安全工作提供幫助，實施機場隱患評估，並應國土安全部的要求部署受過輻射探測訓練的軍隊。
除總部所屬部門外，美國北方司令部還包括4個兵種成員司令部：美國艦隊司令部（弗吉尼亞州諾福克）、美國海軍陸戰隊北方司令部、美國空軍北方部隊（佛羅里達州廷德爾空軍基地）以及美國陸軍北方部隊（得克薩斯州休斯頓堡基地）。一個特別行動隊於2013年成立。
此外，美國北方司令部下轄4個聯合特遣部隊。位於阿拉斯加州艾爾曼多夫空軍基地的阿拉斯加聯合特遣部隊負責與其他政府機構協調，「阻止、預防和探測在阿拉斯加聯合作戰區域內的威脅」。北方聯合特遣部隊，位於得克薩斯州布里格斯堡陸軍機場，「職責是支持聯邦執法機構制止在美國大陸和通往美國大陸沿途的疑似跨國威脅」。華盛頓特區的麥克奈爾堡是國家首都地區聯合特遣部隊的總部，「負責陸基國土防禦，對民政當局的防禦支持……和國家首都地區的事件管理」。第4個特遣部隊是總部位於弗吉尼亞州尤斯蒂斯堡的聯合特遣部隊文職支持組織，「策劃和整合國防部對負責國內核生化爆（E）後果管理行動的支持」。
美國北方司令部的情報處（J2）同時也是北方聯合情報行動中心。它的使命是「整合國防部和國家情報機構的能力，並啟動作戰空間的聯合情報準備，為北方航空航天防禦司令部和美國北方司令部策劃、整合、指導、共同執行和管理持續性的情報行動」。如圖6.6所示，它由5個部門組成：恐怖主義分析和預警、戰略威脅、情報行動、墨西哥和任務支持。其中3個部門負責情報編製，而情報行動部門負責策劃、協調和執行北方司令部的反情報和人力情報行動。
情報行動處下屬的是美國北方司令部聯合偵察中心，是ISR（包括敏感偵察行動）職能對口單位，並且負責突發事件感知和評估的協調、計畫、執行。