歐洲司令部（EU）負責包括51個國家的地理區域。如上所述，非洲司令部的建立解除了歐洲司令部對於非洲大陸國家的職責。在蘇聯解體之後，歐洲司令部承擔了對喬治亞、亞美尼亞和亞塞拜然的職責。它還負責以色列。
歐洲司令部總部設在斯圖加特，是兩個前沿部署區域作戰司令部之一；它有5個成員司令部，人員超過9.4萬（包括超過7.3萬名軍人和2萬多名文職人員）：美國海軍歐洲和非洲部隊（位於那不勒斯的海軍支援設施基地）、美國陸軍歐洲和非洲部隊（德國威斯巴登）、美國空軍歐洲和非洲部隊（德國拉姆施泰因）、美國海軍陸戰隊歐洲和非洲分部（斯圖加特）以及美國歐洲和非洲特種作戰司令部。歐洲司令部在戰區還有21個基地或站點。
歐洲司令部的J2部門負責管理歐洲聯合情報行動中心（Joint Intelligence Operatioer-Europe）。據歐洲司令部的一份情況說明稱，該部門「專註於優先為司令官提供預警、情況分析、相關預測評估，以及有關行動的『動態安全』和方向戰略的戰略性內容」。這份情報說明還稱，J2部門「平衡了戰區戰略決策者和行動司令官的需求」。如圖6.4所示的組織架構圖，歐洲聯合情報行動中心的關鍵部門包括計畫、行動和人力情報部和反情報部。
司令部的分析性情報編製是「聯合分析中心」（Joint Analysis ter）的職責，位於莫爾斯沃斯（後搬遷至布勞登英國皇家空軍基地），直屬於J2部門。聯合分析中心的職能包括：
●戰區範圍的全源分析和評估；
●搜集管理；
●多資源情報處理、開發利用和分送；
●跡象和預警支持；
●目標情報支持；
●支持北約多國部隊和美國聯合特遣部隊；
●情報成品的分發。
聯合分析中心編製的報告包括：戰區當前情報摘要；戰區的區域評估；電子、空氣、防禦導彈和地面戰鬥序列；專題報告；跡象和預警報告；反恐、反情報和禁毒事件報告；演習分析和支持。
2005年3月，歐洲司令部司令官詹姆斯·L·瓊斯將軍（James L.Jones）對國會某個委員會說，歐洲司令部「為巴爾幹半島的維和行動、美國在高加索的決策者提供了支持，並為非洲的危機應對和反恐行動提供了支持」。此外，瓊斯說，歐洲司令部「以反恐分析的形式支持了全球反恐戰爭，並將近乎四分之一的分析員臨時部署到伊拉克和阿富汗」。
歐洲司令部包含了兩個主要的處：支持處和情報處。如圖6.5所示，情報處有5個下屬部門：反恐（IDX）、歐洲/黎凡特（IDE）、歐亞大陸（IDR）、地理空間情報（IDG）和行動感知（IDO）。