2007年2月6日，小布希總統公布了建立一個統一作戰司令部負責非洲大陸的計畫（埃及除外，因為埃及被保留在中央司令部的管轄範圍）。國會研究處的一份研究認為，這個新的非洲司令部「之所以產生，部分原因是出於對國防部將非洲職責分配給3個區域司令部的擔憂，據說這種分配會帶來協調方面的挑戰」。除此之外，據說伊拉克戰爭和阿富汗戰爭對歐洲和中央司令部提出了過高的要求。
非洲司令部2007年10月1日成立時，是歐洲司令部的下一級司令部，於2008年10月1日變成了完整運作的司令部。根據其任務描述，「（司令部）與跨國機構和國際夥伴合作，應對危機，阻止和打擊跨國威脅，發展美國的國家利益，促進地區的安全、穩定和繁榮。」2014年3月，非洲司令部司令官在參議院軍事委員會作證時，確認了該司令部的「當務之急」是打擊暴力極端主義和增強東非的穩定，打擊暴力極端主義和增強北非、西非的穩定性，保衛美國公民和設施的安全，增強幾內亞灣的穩定，打擊聖主抵抗軍。
非洲司令部總部位於德國斯圖加特的凱利軍營，由於非洲司令部負責的大多數國家以前由歐洲司令部負責，因而大多數負責非洲事務的人員都駐紮在斯圖加特，還有一個原因是，非洲領導人不接受在非洲建立司令部。大約有2000人被派往這個司令部，包括軍人、聯邦文職僱員和承包商人員。他們當中有1500人在總部工作。其項目通過設置在大約38個國家的安全合作辦公室和武官辦公室進行協調。司令部聯絡官員還有駐紮在位於衣索比亞的非洲聯盟總部、位於奈及利亞的西非國家經濟共同體總部和位於迦納的科菲安南國際維和部隊培訓中心。
非洲司令部的成員司令部包括了總部在義大利維琴察的美國非洲集團軍和位於義大利那不勒斯的美國海軍非洲部隊。海軍部隊的主要任務是提升海上安全能力和非洲夥伴的能力。還有兩個軍事機構位於斯圖加特的美國空軍非洲部隊和美國海軍陸戰隊非洲部隊。最後兩個成員司令部是有2000人的非洲之角聯合特遣部隊，其總部位於吉布地的雷蒙尼營，以及位於斯圖加特的美國特種作戰司令部所屬的非洲特種作戰司令部。
情報和知識發展處（Intelligend Knowledge Development Directorate, J2）是非洲司令部總部的機構，組織結構如圖6.1所示。其總部位於斯圖加特，分部分別位於英國的莫爾斯沃思、佛羅里達州坦帕和華盛頓特區。該處「執行情報行動；為非洲司令部總部、下屬機構和特定的夥伴機構管理情報搜集、分析、編製、分發和知識發展」。有200人被派往位於斯圖加特的J2，253人被派往莫爾斯沃思。歐洲司令部的聯合情報中心也位於此地（直到其遷往克勞登皇家空軍基地，預期將於2016年開始聯合情報中心的建設）。坦帕分部顯然是與美國特種作戰司令部的情報中心協作工作。