2003年1月，根據《2002年國土安全法案》，國土安全部成立，承擔著對22個不同機構的管理責任。國土安全部下屬的機構包括美國海關和美國特工處（來自財政部），移民和歸化局的一部分（來自司法部），動植物衛生檢驗局的一部分（來自農業部），美國海岸警衛隊和運輸安全管理局（來自運輸部）和聯邦緊急事務管理署。
國土安全部的最初組織結構曾包括一個信息分析和基礎設施保護處，負責「整合和分析來源於多個渠道的有關國土威脅的情報和其他信息」。這些來源包括了情報界成員（如中央情報局和國家安全局）和政府的其他部門（如海關和運輸部）。該處利用這些信息來「識別和評估當前和未來的國土威脅，標記對現階段漏洞的威脅，簽發及時的警告信息，並立即採取或啟動正確的預防與防護行動」。這個處還負責評估國家的重大基礎設施的漏洞，包括食品和水系統、應急服務、運輸、能源和國家的名勝古迹。
一次重組產生了一個新的職位，即主管情報和分析的國土安全部助理部長，領導情報和分析辦公室。隨後，該職位升格，因此情報和分析辦公室現在由國土安全部主管情報和分析的副部長負責管理。這位副部長除了指揮管理該辦公室之外，還負責在組成國土安全部的若干個其他情報單位之間「協調和加強整合」，包括特工處、海關和邊境保護局、移民和海關執法局以及運輸安全管理局。
2009年9月，主管情報和分析的副部長，通過與其他機構的合作，確認該辦公室在情報分析的4個重點領域：對大規模殺傷性武器的分析（與聯邦調查局合作）、對暴力激進主義的研究（與國家反恐中心合作）、對國內恐怖主義的分析（與聯邦調查局和其他執法機構合作）和對衛生安全的分析（與衛生事務辦公室和其他幾個組織合作）。
2010年，據該副部長稱，「我們的分析人員與國家反恐中心和聯邦調查局合作，共同應對來自國際和國內恐怖組織和恐怖分子對國土的威脅，同時也對恐怖分子的策略、手法和步驟進行分析，並通知相關部門從而改進國內的防範措施。」她還評論說，「情報和分析的首要職責是和情報界一起分析、評估針對國土重要基礎設施的威脅，並將結果廣而告之於相關部門。」她補充說，邊境辦公室和安全分析人員「不光要關注那些對美國邊境附近的恐怖威脅，還要應對有關旅遊、庇護和難民問題的趨勢以及影響西南部邊境的不斷上升的暴力和不穩定因素」。與他們一起合作的另一些分析人員支持「對以遊客身份進入美國的恐怖分子進行識別、跟蹤、阻止和預防」的工作。在網路問題上，該辦公室的分析人員「向網路安全的重要客戶提供一個全國性的情報分析框架」。
如圖5.6所示，向該副部長彙報的是主管情報和分析的首席助副部長以及負責該辦公室所屬13個部門的3位助理副部長。情報和分析辦公室2013財政年度預算需求為885名人員提供28433.2萬美元經費。
主管計畫、政策和績效管理的助理副部長監管項目績效管理部（Program Performance Ma Division）、戰略、計畫和政策部（Strategy, Plans&Policy Division）、信息分享和情報機構管理（Information Sharing&Intelligeerprise Ma）。主管職責和任務支持（以前是行動）的助理副部長則監管5個部門：知識管理；任務支持；搜集和需求；外部行動；反情報項目。
搜集和需求部審核對諸如國家偵察局、國家安全局和中央情報局等機構提出的情報搜集需求，並將這些需求提交給情報界中負責向搜集系統分派任務的機構。國土安全部一份2005年1月至7月的情報和信息需求報告，將需求歸納為6大類：國土安全；爆炸材料、催化劑、建造簡易爆炸裝置（IEDs）組成部分的獲取、移動（通過陸運、海運或空運）或實驗的跡象；恐怖主義；恐怖組織和個人；對恐怖主義的支持；對美國基礎設施的網路威脅。具體的分類和解釋則佔用了10頁紙。反情報項目建立於2007年1月，「負責偵察和阻止外國情報機構、恐怖分子和外國犯罪集團帶來的不斷增長的威脅」。
搜集和需求部工作的一個特別之處是運作「跨部門遙感協調組織」（Interagency Remote Sensing Coordination Cell），其成員包括，但不局限於：聯邦緊急事務管理局（Federal Emergency Ma Agency）、海關和邊境保護局、陸軍工程兵部隊（Army Corps of Engineers）、民間空中巡邏隊（Civil Air Patrol）、美國地質調查局（U.S.Geological Survey）、農業部、北方司令部和國家偵察局。其職責包括協調、同步、跟蹤遙控數據獲取行動和能力；確保「第一責任人、各州緊急事務主管和聯邦政府的信息需求得以確立和解決」，並改進「對聯邦遙感行動的管理」。
情報和分析辦公室的分析工作由主管分析的助理副部長管理，由5個部門分擔：網路基礎設施和科學，生產管理，實時情報，連接安全，國土反恐。首席助理副部長直接領導的還有州和地方項目辦公室主任，該辦公室支持州、地方、部落和聯邦執法夥伴機構間的信息共享，包括72個聯合中心，並協調來自國土安全部所有機構的支持。
2005年秋天，「9·11委員會」成員理查德·本·沃尼斯特（Richard Bee）在眾議院國土安全委員會和眾議院特別情報委員會的小組聯合聽證會上，聲稱「目前幾乎所有人都相信（情報和分析工作）還沒達到要求」，還無法成為國土安全部的首要情報部門。所有問題中，最重要的是國土安全部沒有一個集中和整合本部情報的資料庫。作為補救這種狀況的一次嘗試，情報界高級官員查爾斯·艾倫（Charles Allen）被任命為該部的總情報官，他曾擔任過主管預警的國家情報官和中央情報局主管搜集的助理局長。艾倫隨後建立了國土安全情報委員會（Homeland Security Intelligence cil），由該部內部的情報單位的領導組成。到2014年9月，最新的意見則變成了「國土安全部高層官員的大批離去釜底抽薪地削弱了應對眾多新興威脅時的領先能力，這些威脅包括潛在的恐怖分子打擊和網路攻擊」。