軍方所有情報機構中，只有美國海軍的情報組織架構在20世紀90年代經歷了最富於戲劇化的變革。1991年9月30日，美國海軍共有七個獨立的情報部門：海軍情報辦公室（Office of Naval Intelligence）、海軍情報司令部（Naval Intelligenand）、168特混部隊（Task Force 168）、海軍技術情報中心（Naval Teical Intelligence ter）、海軍行動情報中心（Navy Operational Intelligence ter）、海軍情報局（Naval Intelligeivity）和海軍安全大隊指揮部（Naval Security Group and）。1993年1月1日，海軍只有兩個機構部門：海軍情報辦公室和海軍安全大隊司令部。2005年12月，海軍安全大隊司令部被解散，它所屬的信號情報職能移交給司令部承擔更多的職責。
海軍情報辦公室代表海軍情報界的最高指揮機構，負責管理、指揮和部分情報的編製。海軍情報司令部屬於第二級指揮機構，承擔著各類不同的管理職責；其他機構，除海軍安全大隊司令部以外，都屬於第三級指揮機構，向海軍情報辦公室彙報。168特混部隊致力於公開的人力情報資源的搜集，並向艦隊技術搜集行動提供支持。海軍技術情報中心是海軍的科技情報部門，主要重點是俄羅斯海軍。海軍行動情報中心，在相當程度上依靠國家和海軍搜集系統獲得的信號情報，對海軍行動進行監控。海軍情報局負責向海軍情報機構提供數據自動處理支持。如上所述，海軍安全大隊司令部執行信息情報搜集任務。
1991年10月1日，168特混部隊、海軍行動情報中心和海軍技術情報中心作為獨立的部門被撤銷，它們所有的功能和職責以及人員全部轉到新成立的「海軍海事情報中心」（Naval Maritime Intelligence ter）。在新的管理架構，過去由海軍行動情報中心和海軍技術情報中心承擔的情報分析職能統一整合為海軍海事情報中心的情報處。這一職能的加強合併旨在達到多個目的，包括執行國會和國防部關於加強和重組情報機構架構的指令，適應「針對海軍力量威脅的當前變化和預期未來的變化以及預期的海軍情報需求的重新定義」。1993年1月1日，海軍情報機構進行了一場更極端的加強合併。海軍情報司令部、海軍海事情報中心和海軍情報局全部解散；海軍情報辦公室接管了這些機構的職能和絕大部分人員。
雖然海軍安全大隊司令部與海軍情報司令部的合併計畫於1991年秋既已確定，但實際合併沒有發生。因此，與陸軍和空軍截然不同，海軍沒有將其密碼服務部門與海軍情報機構所屬的某個其他情報部門合併。然而，海軍情報的加強合併，是情報機構中最複雜的加強合併。其他所有的情報職能都劃歸到新成立的海軍情報辦公室，沒有任何下級指揮司令部，而且，所有辦公活動都集中合併在一個辦公地點——位於馬里蘭州休特蘭的「國家海事情報中心」（National Maritime Intelligence ter）綜合辦公樓群，海軍陸戰隊情報處（Marine Corps Intelligeivity）、海岸自衛隊情報協調中心（Coast Guard Intelligence Coordinatioer）和海軍信息戰情報處（Naval Information Warfare Activity）的人員也在這個綜合辦公樓群內辦公。
2013年2月，負責情報的副國防部長和國防部情報局長在眾議院軍事委員會聯合作證，確定海軍情報界由三個機構組成：海軍情報辦公室、艦隊情報辦公室（Fleet Intelligence Office）和海軍犯罪調查局（Naval Criminal Iigative Service）。
今天，海軍情報辦公室在全世界擁有超過3000名僱員，由文官、軍人、後備役軍人和合同人員組成。它的客戶包括「艦隊司令、行動人員和分析專家、作戰戰士、海軍採辦部門、國家情報界所屬機構、執法部門以及外國機構和合作夥伴」。海軍情報辦公室對如下關注重點進行分析：
●世界範圍科技發展；
●軍火研究、開發、試驗和評估；
●軍火生產和擴散；
●軍火系統特徵和性能；
●外國海軍部隊領導機構、組織、戰略、條例、戰術、技術、程序和準備程度；
●商船運輸確認與跟蹤。
2009年2月，海軍情報辦公室進行重組，分為四個中心、若干辦公室和一個業務處，如圖4.3所示。「霍伯信息服務中心」（Hopper Information Service ter）「將任務相關的信息技術和服務提供給……海軍情報辦公室……下屬的司令部以及艦隊和聯合部隊」；「肯尼迪非正規戰中心」（Kennedy Irregular Warfare ter）向國防部、「海軍特種戰司令部」（Naval Special Warfare）和「海軍遠征作戰司令部」（Naval Expeditionary bat and）提供有關非正規戰相關的情報支持。
海軍情報辦公室下屬的兩個情報分析部門分別是「尼米茲行動情報中心」（Nimitz Operational Intelligence ter）和「法拉格特技術分析中心」（Farragut Teical Analysis ter）。尼米茲行動情報中心所屬的「艦隊支援部」（Fleet Support Department）包括若干按地理區域設置的情報小組和一個全球海事觀察站（Global Maritime Watch）（配有自己的地區部門），共同「向艦隊、國防部、國家情報機構、美國執法部門和美國政府其他部門和合作夥伴提供當前及長期外國海軍和海事行動的分析」。該中心的「海軍作戰部」（Naval Warfare Department）下轄四個部門：「海面分析評估與報告處」、「打擊規劃與防空戰研究處」、「潛艇戰行動研究處」和「針對美國海軍海事的電子戰和C5ISR/網路威脅專業研究處」。（C5ISR概念是美國2009年提出的一個軍事概念，代表作戰部隊的「指揮、控制、通訊、計算機、作戰系統、情報、跟蹤/監控和偵察能力」。C5是指五個「C」，代表指揮（and）、控制（trol）、通訊（unication）、計算機（puter）、作戰系統（bat system）。〔其餘，I代表情報（intelligence），S代表跟蹤/監控（surveillance），R代表偵察（reaissance）。——譯者〕正如這些部門名稱所體現的，海面分析評估與報告處、打擊規劃與防空戰研究處和潛艇戰行動研究處，提供外國海軍在海面、空中和潛艇軍事能力、戰術和行動的分析。而針對美國海軍海事的電子戰和C5ISR/網路威脅專業研究處，對「外國對美國海軍力量的非動力學威脅的全部情報進行分析，對外國海軍有關的指揮、控制、通信、計算機、作戰系統、情報、跟蹤/監控和偵察以及網路所存在的弱點和易攻擊性進行評估分析」，以支持美國海軍的行動。
尼米茲行動情報中心下轄的「跨國威脅處」（Transnational Threat Department）編製海上反擴散、反毒品和民用船舶活動分析。內容包括海上戰略貿易分析、基礎設施、環境和貨運。跨國威脅處還負責維護國家商船運輸資料庫。中心下轄的「艦隊圖像支持小組」（Fleet Imagery Support Team）向海軍指揮官派出圖像分析專家。該小組由一個直接支持部門和一個戰術水運和港口部門組成，控制管理著一個24小時警戒中心，利用從政府部門和民用搜集系統獲得的圖像資料，負責提供威脅跡象和預警信息。
技術分析中心負責編製分析報告，內容包括外國海軍、海上平台和武器裝備，外國未來能力戰略評估，海軍平台設施、標識特徵、性能評估和規劃分析，地理標識測量、建立模型與設計規劃，聲學和非聲學感測能力分析，技術電子情報分析，指揮、控制、通訊、計算機、情報、跟蹤/監控和偵察能力評估，外國材料開發與利用，外國武器系統和工程系統評估、建立模型和設計規劃，關鍵信息和基礎設施保護威脅評估，聲學情報。
如圖4.4所示，法拉格特技術分析中心的主要部門是戰略評估辦公室（Office of Strategic Assessments），以及海軍平台處（Naval Platform）、海軍武器處（Naval on）、信息優勢處（In