在同一年，幾乎是在同一天里，尤金尼烏斯在巴西爾受到罷黜（公元1438年6月25日），而希臘人和拉丁人在佛羅倫薩完成教會的再度聯合（公元1438年7月6日）。教皇在前面這次宗教會議（他稱之為魔鬼的聚會）受到污辱，說是犯下買賣聖職、偽證陷害、殘酷暴虐、異端邪說和分裂教會等罪行， 當眾宣布他的罪孽已經無可救藥，不夠資格擁有任何頭銜，也沒有能力負責任何聖職；然而在後面這次會議上，他被尊為基督真正和神聖的代理人，東方和西方的正統基督教徒在分裂600年後，經過他鍥而不捨的努力，終於聚集在一個羊欄之內，在一位牧羊人的領導之下統一起來。教會的聯合決議獲得教皇、皇帝和兩個教會主要聖職人員的簽署，甚至像西羅普盧斯 那樣被剝奪選舉權的人，也都表示同意。本來只要準備兩份條約，讓東西方各執一本即可，但是尤金尼烏斯堅持要準備四份同樣的正本，讓大家都簽字作為他獲得勝利的標誌。
7月6日那天是個值得紀念的日子，聖彼得和君士坦丁的繼承人共同登上寶座，兩個民族聚集在佛羅倫薩的主座教堂，雙方的代表紅衣主教朱利安和尼斯大主教貝薩里翁在講壇上現身，用各自的語言宣讀教會聯合的決議條文之後，當著大聲歡呼的教友面用他們的名義熱烈擁抱。教皇和他的樞機主教按照羅馬教會的禮拜儀式行使神聖的職權，所唱的頌歌加上「和子」字樣。希臘人聽不懂音調和諧而又字句不清的歌詞，所以無人在意這一點，被看作是他們的默認，更為謹慎的拉丁人拒絕參加任何公開舉行的拜占庭儀式。皇帝和教士對於民族的榮譽並非毫不在意，條約的批准得到他們的同意，對於信條或儀式不再進行任何改變，這是心照不宣的事。以弗所的馬可堅持正義的立場，他們不願深究，反而在私下表示讚許。等到教長過世以後，除了在聖索菲亞主座教堂，否則他們不願選出約瑟的繼承人。在分派公眾和私人的酬勞方面，出手大方的教皇超出了他原來的許諾，使得大家喜出望外。希臘人不再講究排場而且氣焰低落，還是從費拉拉取道威尼斯原路返國，他們在君士坦丁堡受到歡迎的狀況，下一章將會描述（公元1440年2月1日）。
尤金尼烏斯一開始就馬到成功使他鼓起更大的幹勁，像是亞美尼亞派、馬龍派、埃及和敘利亞的雅各派、聶斯托利派和衣索比亞派，都派遣使節陸續前來親吻羅馬教皇的腳，公開宣布東部教會的服從和正統教義的信仰。這些來自東方的使節，在所代表的國度並沒有人知曉， 在西部到處鼓吹和讚揚尤金尼烏斯的名聲。他們對於瑞士和薩伏伊分裂主義的殘餘勢力，發出全力圍剿的叫囂，說這些人阻撓基督世界的全面和諧。緊隨激烈的反對而來的是絕望的厭倦，巴西爾會議在無聲無息中解散，拋棄三重冠的菲利克斯再度引退前往里帕勒，過著虔誠愉悅的隱士生活。 相互之間忘記仇恨和給予補償能夠確保全面的和平（1449 A.D.），改革和進步的理想全部消失無蹤，教皇繼續濫用教會的專制權力，羅馬不再為選舉活動所困擾。