但是等到節慶和禮儀為嚴肅的協商所取代，希臘人馬上對他們的旅程、自己的行為以及教皇都感到不滿。教皇的使者用一支妙筆把教皇描述成威望正隆的模樣，位階列在歐洲的君王和主教的前面，他們對他畢恭畢敬唯命是從。費拉拉的大公會議那層微薄的掩飾很快暴露出他的軟弱，拉丁人在首次會期開始時，僅僅只有5位大主教、18位主教和10位修道院院長出席，絕大多數人員都是義大利籍教皇的臣民和老鄉。西部的權貴除了勃艮第公爵，沒有人親身撥冗前往參加或派出代理的使節，而且這個會議既不能推翻巴西爾合法的決議，也不會反對尤金尼烏斯的身份和地位，這些都是上次會議新的選舉最後獲得的結論。處於這種狀況之下，有人提出休會或延期的建議，立即付諸表決，得到一致同意。雖然如此，帕拉羅古斯還是得到拉丁人的認同，要從這次不受歡迎的教會聯合中贏得世俗的報酬。因而在第一次的會期以後，公開的議程延後6個月。
皇帝帶著挑選出的寵臣和一批擔任警衛的「新軍」，找到離費拉拉6英里的一處寬敞舒適的修道院作為夏季居所，在歡樂的狩獵中忘懷教會和國家的苦難；出獵時，為了獲得豐碩的成果完全不遵守規定，根本不理會侯爵或當地農人的抱怨。 就在這個時候，不幸的希臘來客遭到遠離家園和生活貧困的煎熬，給這些貴賓的生活費每月是三四個金弗羅林，雖說這筆款項的總額不到700，但是由於羅馬教廷的窘困或政策，一再發生長期拖欠的狀況。 他們渴望儘快脫離這個地方，卻有三重障礙阻擋他們的逃亡之路：要出費拉拉的城門必須有當局發給的通行證；威尼斯政府要逮捕和遣返逃走的人員；君士坦丁堡有無法逃脫的懲罰在等待他們，像是逐出教會、加重罰鍰和定罪宣判，不問聖職的高低一律剝光衣服當眾鞭打。 希臘人只有在飢餓或爭執的交互施壓之下，才被說服召開第一次的研討會，極為勉強從費拉拉趕到佛羅倫薩參加正在全面潰退的宗教會議。轉移到新的地點確實有絕對的必要，費拉拉城已經受到瘟疫的傳染，侯爵的忠誠令人懷疑，米蘭公爵的傭兵隊伍正在把守城門，而且他們已經佔領羅馬的郊區。教皇、皇帝和主教想要找到一條穿越亞平寧山不常使用的道路，不僅相當困難而且多少有一些危險。
然而，教皇所面臨的阻礙全部被時間和政策克服，巴西爾的神父帶來的暴亂對於尤金尼烏斯推行的運動，不僅沒有損害反而產生促進的作用。歐洲的民族都厭惡分裂，不承認他們選舉出來的菲利克斯五世，他先後成為薩伏伊公爵、出家的隱士和拉丁教會的教皇。勢力強大的國君逐漸都被他的對手矯正觀念，變成有利的中立派或堅定的擁護者。背棄巴西爾而到羅馬陣營的使節中不乏值得尊敬的人士，這邊的人數和聲望在無形中日益成長：巴西爾的宗教會議減少到39位主教和300名低階教士參加； 同時佛羅倫薩的拉丁人可以拿出可觀的簽署名冊，包括教皇本人、8位紅衣主教、2位教長、8位大主教、52位主教、45位修道院院長或擔任聖職的宗教領袖。經過9個月的努力工作和25次討論會的爭辯之後，他們終於達成給希臘人帶來利益和榮譽的統一。
兩個教會就4個重要的問題產生激烈的爭議：（一）聖餐禮用未發酵餅代表基督肉體的問題；（二）煉獄的性質；（三）教皇至高無上的權力；（四）聖靈流出的單一性或雙重性。兩個民族各派出10名神學辯護士負責對所堅持的觀點進行論辯，拉丁人這邊由口若懸河的紅衣主教朱利安主持，希臘陣營強有力的領導人物是以弗所的馬可和尼斯的貝薩里翁。我們看到，他們將第一個問題視為無足掛齒的禮儀之爭，因一時一地的風尚不同而產生無害的變異，我們真要大聲讚許人類的理性確有很大的進步。第二個問題雙方獲得一致的認同，說煉獄是一個凈化的中間過程，可以消除信徒輕微的罪孽。至於靈魂是否能被自然的烈火凈化，成為可疑的論點，在幾年之內經過雙方的討論可以解決。擁有至高無上的權力看來是更為重要而關鍵的問題。然而，東方人一直將羅馬主教尊為5位教長之首，因而他們毫不猶豫地承認，他的司法裁量權可以與神聖的教規並行而不悖，這是含糊籠統的認可，出於方便起見，可以加以限制或規避。聖靈的流出究竟是單獨來自聖父，還是來自聖父和聖子，這是更要深入沉思的信仰問題，在費拉拉和佛羅倫薩的討論會中，拉丁人所增加的「暨」字又細分為兩個問題，那就是合法與否以及合乎正統與否。
或許我不必在這裡吹噓對這個題目自己所保持的無所偏私、無動於衷的態度，但是我卻不能不深入考量，卡爾西頓大公會議反對在尼斯信條，也可說是君士坦丁堡信條再增加任何條款，這一禁令使希臘人獲得了極大的支持。 很難想像在塵世的事務中，一個立法機構的成員，能夠管住有同樣權力的繼任者，使他們聽命於前任的安排。但是神啟的指示必然是不可改易的真理，主教個人或省級宗教會議不可以擅自變更正統教會的裁決。就教義的實質問題而論，爭執雙方勢均力敵而且永不罷休；神的流出便可以混淆人的理性；放置在聖壇上的福音書也噤若寒蟬；先人留下版本不同的經文可能出於偽造篡改落於詭辯；希臘人對拉丁聖徒的為人和作品均一無所知。關於這方面我們至少可以肯定一點，那就是任何一方都不可能為對方的論點所折服。理性之光可以照亮偏見，運用我們的天賦才能獲得全面的觀察，即使表面的一瞥也能辨認清楚。然而那些主教和僧侶從小學習反覆誦讀成套的神秘語言，民族和個人的榮譽要依靠他們不斷念念有詞，狹隘的心靈受到公開辯論的惡言相向，變得更為冷酷無情和怒火中燒。
當他們在烏煙瘴氣的紛爭中迷失方向時，教皇和皇帝卻要謀求表面上的聯合，否則就不能達成彼此會晤的目標。公開辯駁時的頑固態度，會因為私下面對面的交談和妥協而緩和緊張的對立情勢。年邁和虛弱的教長約瑟看來已是不久於人世，臨終的交代使會議平添仁慈與和諧的氣氛，留下的空缺給充滿野心的教士帶來希望。俄羅斯的伊希多爾和尼斯的貝薩里翁大主教主動積極的服從態度獲得榮升紅衣主教的鼓勵和報酬。貝薩里翁在最剛開始的辯論中，一直是希臘教會熱誠而有才華的辯護士，如果他被自己的國家指責是背教者和私生子，那麼他在宗教的傳聞中，他似乎是少見而又典型的愛國志士。他之所以受到宮廷的重用，在於開始時的大聲反對和後來的及時順從。皇帝在兩位宗教助理的幫助下，使自己的論點適合當時的全盤狀況和主教的個人特質，他們也接二連三被他的權威和榜樣所感動。他們的收入為土耳其人所掌握，而他們自身則落在拉丁人手裡：僅有的教會錢財，不過是3件衣袍和40個達克特，很快花得乾乾淨淨。 返國的希望仍舊有賴於威尼斯的船舶和羅馬的施捨，他們窮困到這樣的地步，以致拖欠了很久應支付的債務，也許賄賂可以發揮作用，讓他們當作恩惠接受。 君士坦丁堡的危機和獲救，可以拿審慎和虔誠的偽裝行為作為借口，當時已經對大家暗示，凡是阻礙東西方達成協議的極其頑強的異端分子，將被遺棄在一片敵對的土地，任憑羅馬教皇進行報復或審判。
希臘人在第一次私下召開的會議上，形式上的聯合計畫獲得24位成員的贊同和12位成員的反對，但是那企圖代表教長的聖索菲亞大教堂的5名十字架護衛者，卻因不合古老的紀律而喪失了資格，他們的選舉權轉移到善於奉承的僧侶、語法學家和凡夫俗子手中。君王的意志產生了一種虛偽和奴性的無異議贊同，僅不過一兩位愛國人士敢站出來表達自己和國人的意見。皇帝的弟弟德米特里烏斯不願成為教會聯合的見證人，躲到威尼斯。以弗所的馬可誤以為自負就是良知，要與拉丁的異端斷絕一切來往，自稱是正教信條的衛護者和在世的聖徒。 在兩個民族的條約中提出雙方認同的方式，既能滿足拉丁人，同時希臘人又不致遭到貶損。他們對於遣詞用字很審慎地進行斟酌和推敲，直到最後那天平的橫杆微微偏向梵蒂岡一邊。雙方同意（我必須提醒讀者要特別注意）聖靈的流出來自聖父「和」聖子，如同來自一個原則和一種本質；「由於」聖子有相同的特性和本質才有這種流出；聖父和聖子的一次激發和創造使得聖靈流出。要想理解最初草案的各種條款並不那麼困難：教皇應該支付希臘人返國所需的經費；必須每年維持兩艘戰船和300名士兵用來保衛君士坦丁堡；所有運送朝聖者前往耶路撒冷的船隻要停靠在該城的港口；只要希臘人提出請求，教皇應該提供10艘戰船為期一年，或者是20艘戰船為期半年；如果皇帝需要地面部隊，教皇會對歐洲的君王提出強制要求給予支持。