君士坦丁堡的光復像是慶祝帝國新時代的開始，皇帝靠著刀劍獲得權力，再度在聖索菲亞大教堂舉行加冕典禮。他的受監護人與合法的統治者約翰四世拉斯卡里斯，無論是姓名還是位階都在不知不覺中消失。但是他與生俱來的權利仍舊存在於人民的內心，皇家青年很快到達成人和施展抱負的年齡。帕拉羅古斯出於畏懼人言或良知良能，剋制自己的行為，不願手上沾污皇家的無辜鮮血。但一個篡奪者和身為父母的焦急心態，促使他要確保寶座的安全，就運用現代希臘人熟悉的犯罪行為，雖然這種手法還不夠完美。視覺的喪失會使年輕人沒有能力處理帝國的政事，於是就用紅熱的火盆發齣劇烈的強光毀損他的視神經，代替過去用暴力剜去眼珠。 約翰·拉斯卡里斯被送到一個遙遠的城堡（1261年12月25日），餘生在獨居和被人遺忘的狀況下又活了很多年。
犯下如此冷酷無情和計畫周詳罪行的人，要是會產生悔恨之心，看來似乎相互矛盾。就算米凱爾七世能夠相信天國的慈悲，他還是沒有辦法避開人類的譴責和報復，這些都是被他的殘酷和叛逆所激起的。充滿奴性的宮廷被暴虐的行為所壓制，唯一的職責是大聲頌揚或保持沉默。僧侶依仗不可見主子的名義，有直言的權力。一位高級神職人員領導神聖的軍團，他的地位已經超越希望或畏懼的誘惑。阿爾塞尼烏斯辭去教長的職位很短一段時間以後，同意出任君士坦丁堡位階最高的神職，主持恢複教會的機能和各項工作。他有虔誠的信仰和單純的個性，長期為帕拉羅古斯的奸詐手法所欺騙。他之所以願意忍耐和順從，是要安撫篡奪者不要產生衝動的行為，保護年輕君主不會受到傷害。教長聽到這種慘無人道的消息，只有運用宗教的武器，在這種狀況下，迷信使人性和公正的理由更為有力。教長在宗教會議中宣布將米凱爾七世革出教門的判決，與會的主教為他那熾熱的情緒所鼓舞，雖然他基於審慎的考量，在公開祈禱時還會一再提到米凱爾七世的名字。東部的高級神職人員並不採用古老羅馬極其危險的行為準則，也不敢運用實力將對他的譴責落實執行，像是罷黜或驅逐君王，或是解除臣民對他的效忠宣誓。但是基督徒要是與上帝和教會分離，就會成為令人恐懼的對象，在騷動四起和宗教狂熱的首都，恐懼可以成為兇手的武器，或是煽動人民揭竿起義的火焰。
帕拉羅古斯明了他所遭遇的危險，承認他所犯下的罪行，但是抗議對他的判決。行為已經無法彌補，所望的獎品已經到手，他懇求進行嚴苛的懺悔，讓他能獲得從罪人擢升到聖徒的名聲。固執的教長拒絕宣布任何贖罪的方式或任何赦免的希望，他親自宣布重大的罪行，一定要讓正義確實得到伸張。米凱爾說道：「難道你要我放棄整個帝國？」他聲稱自己願意交出國家的權力。阿爾塞尼烏斯急著要他履行放棄統治權的誓言，最後知道皇帝根本不願用如此高昂的代價來解決問題，教長非常氣憤，躲進修道院的小室，任憑皇家的罪人跪在門前痛哭流涕。
革出教門的危險和羞辱延續了3年之久，事件的影響漸漸平息，米凱爾七世的懺悔行為緩和了民眾的喧囂。阿爾塞尼烏斯的兄弟出面指責教長不近情理的個性，如此剛愎已經背離《福音書》的寬恕之心。皇帝充滿技巧地暗示，要是他仍舊在國內遭到拒絕，他會向羅馬教皇尋求赦免的判決。事實上這種判決很容易在拜占庭教會獲得解決，所收到的效果也會更大。
民間傳播的謠言說阿爾塞尼烏斯涉及謀逆和不忠，在他的聖職任命和教會管理方面，有一些不合規定的措施很容易受到譴責。宗教會議免除他的主教職位，在一隊士兵的警衛下將他運送到普羅蓬提斯海的一座小島上。他在放逐之前帶著悶悶不樂的神情，要求對教會的錢財做一份詳盡的賬目，對於自己的財產只有3枚金幣感到驕傲，那是他抄寫《舊約聖經·詩篇》賺來的收入。他要繼續維護心靈的自由權利，只要一息尚存就還是拒絕赦免皇家的罪人。 拖延一段時日以後，哈德良堡主教格列高利被調升為君士坦丁堡教長，但是他的權威不足以排除反對意見讓皇帝獲得贖罪。約瑟是一位備受尊敬的僧侶，取代前者接任這個重要的職位。發人深省的場面出現在元老院議員和民眾的面前，謙卑的悔罪者被逐出教會已有6年（1262～1268 A.D.），這天終於恢複了信徒的領聖體儀式。被囚禁的拉斯卡里斯得到溫和的照應，更能證明他的悔悟，仁慈的行為給民眾帶來莫大的喜悅。然而阿爾塞尼烏斯的勇氣和人格仍舊活在僧侶和教士的身上，他們結成勢力強大的派系，保持頑固不屈的分裂狀況長達48年之久（1266～1314 A.D.）。
米凱爾七世和他的兒子用善意和尊敬對待他們所顧忌的人物，教會和政府的重要工作是要與阿爾塞尼烏斯教派的信徒修好。他們抱著宗教狂熱的信心，提議用神跡的出現來證明案件判決的對錯。他們將兩份上面記載著他們和對方資料的文件，全部丟進熾熱的火盆里，期望正統教會的真理會受到火焰的尊重而絲毫無損。啊!上帝!這兩份文件都被燒成灰燼，這個無法預知的意外事件讓兩派人馬僅僅維持了一天的和諧，就又恢複一個世代的爭執。 最後的協定顯示出阿爾塞尼烏斯教派的勝利：教士戒絕40天的教會職責，俗家子弟要進行輕微的悔改或告解。阿爾塞尼烏斯的遺體被保存在聖所，君王和人民尊以過世聖徒的名義，使他們的罪孽獲得赦免。