野心勃勃的競爭會產生災禍，這種狀況限於激起野心的時代和國家；然而阿里的朋友和仇敵之間的宗教爭執，在伊斯蘭教紀元的每個時代都會死灰復燃，波斯人和土耳其人始終存在不共戴天的仇恨。 波斯人是眾所皆知的什葉派 信徒，他們在伊斯蘭的教條中加上新的內容：穆罕默德是真正的使徒，他的夥伴阿里就是代理人。他們在私下的談話和公開的禮拜中，用沉痛的言辭咒罵3位篡奪者，中途阻止他獲得與生俱來的權利，使他無法及早出任伊瑪目和哈里發的職位。歐麥爾的名字在他們的口中代表著邪惡和褻瀆的行為。 遜尼派 則持更為公正和得體的見解，因此獲得穆斯林與正教傳統的普遍認可。他們尊敬阿布·伯克爾、歐麥爾、奧斯曼和阿里的勛業，這些都是先知神聖與合法的繼承人。但他們把最後和最卑下的位置指派給法蒂瑪的丈夫，原因是繼承次序是由神聖的程度來決定。 如果歷史學家不受迷信的影響，來衡量這4位哈里發的得失，就會用平和的態度宣稱：他們的言行舉止都同樣純正，全部可以作為大家的楷模；他們都有狂熱的宗教情緒，而且都可能誠摯；在掌握財富和權勢的狀況下，為了履行道德和宗教的責任，他們都過著犧牲奉獻的生活。
但是就阿布·伯克爾和歐麥爾的公德而論，前者以謹慎為主而後者要求嚴峻，在他們的統治期間能保持和平與繁榮。奧斯曼懦弱的個性和衰老的年齡，沒有能力支持征戰的重負和帝國的擴張。他被所選用的人欺騙，也為所信任的人背叛。那些最忠誠的信徒對他的統治毫無幫助，或是引起敵對的行動。他的賞賜非常慷慨，只會使接受的人產生忘恩和不滿的心態。爭執的風氣蔓延到各個行省，他們派來的代表在麥地那集會。卡雷吉人是負隅頑抗的宗教盲信者，拒絕接受從屬和理性的束縛，在生而自由的阿拉伯人中間引起混亂，使得阿拉伯人要為他們所犯的錯誤進行補救，懲罰他們之中那些壓迫者。於是從庫法、巴士拉、埃及和沙漠的部族中舉兵起義，在離麥地那一個里格的地方紮營，傳送一道內容極其傲慢的命令給他們的統治者，要求他的施政要做到公平正直，否則就得退位下台。奧斯曼表示悔改之意，使得起義者放下武器開始星散，但是哈里發的敵人運用手段，再度激起舉事人員的憤怒之情。一個不忠不義的秘書用偽造的文件，圖謀摧毀他的名譽和加速他的滅亡。哈里發失去前任對他僅有的保護，也就是伊斯蘭教徒的尊敬和信任。在受到圍攻的6個星期中，他的飲水和糧食都被敵人截斷，僅僅由於叛徒的顧忌和膽怯，使皇宮兵力薄弱的城門不致被攻破。那些背棄奧斯曼的人都因他的簡樸而謀求私利，無助而年邁的哈里發已經是大難臨頭，艾莎的兄弟率領兇手前來，奧斯曼的膝上放著《古蘭經》，受到刺殺以至於體無完膚（公元655年6月18日）。
阿里的就職典禮使5天無政府狀況的動亂獲得平息，他如果拒絕繼位會引發一場大規模的屠殺行動。在這樣艱辛的情況之下，對於哈希姆派酋長所表現的高傲姿態，他只有加以支持，公開宣布他是為了服務而不是統治，嚴詞斥責外鄉人的僭越無禮，要求要是無法得到整個民族所有酋長的自願贊同，起碼也要獲得正式的認可。他從沒有受到指控說是煽動刺殺歐麥爾的兇手，雖然波斯人的做法很不謹慎，把這個刺客當作神聖的殉難烈士，舉行了盛大的節期慶典。奧斯曼和臣民的爭吵因為阿里的及早調解而緩和下來。哈珊是阿里的長子，在保衛哈里發時被敵人侮辱，身體受到傷害。然而哈珊的父親是否真誠反對叛徒，還是讓人感到可疑，可以很確定地說，阿里從叛徒的罪行中獲得最大的利益。這種誘惑實在是極為巨大，即使是最堅強的德性也會因而猶豫，甚至產生敗壞和墮落。野心勃勃的候選人不再渴望阿拉伯那不毛之地的權杖，薩拉森人在東部和西部獲得勝利，波斯、敘利亞和埃及這些富饒的王國，成為教徒領袖的世襲產業。
祈禱和沉思的生活並沒有使阿里好戰黷武的積極精神受到影響，他正值心智成熟的年齡，對於人生有豐富的經驗之後，領導統御仍舊暴露出年輕時的狂狷和魯莽。他在統治的初期，竟然不會用贈送禮物或和顏悅色，來確保特拉和祖貝爾讓人起疑的忠誠。這兩位最有權勢的阿拉伯酋長從麥地那逃到麥加，然後再前往巴士拉舉起反叛的旗幟，篡奪伊拉克或亞述的主權，提出無效的請求，說這是他們服務所應得的報酬。他們打著愛國的幌子，用來掩蓋最明顯的分裂意圖。可能是奧斯曼的敵人甚或就是謀害他的兇手，現在用報復做借口要求阿里拿性命來賠償。先知的遺孀艾莎陪伴他們一起逃走，她對於法蒂瑪的丈夫和子孫心懷永難平息的憎恨，直到生命最後的時刻還是如此。那些有理性的穆斯林感到憤慨和駭異，信徒之母竟然不顧身份地位出現在營地；但迷信的群眾則感到信心百倍，她的現身使伸張公義更為神聖，保證他們的大業可以獲得成功。哈里發率領2萬名忠誠的阿拉伯人，還有庫法9000名英勇的輔助部隊，在巴士拉的城外迎戰並且擊敗兵力佔優勢的叛軍。他們的領袖特拉和祖貝爾在首次接戰中陣亡，穆斯林的兵器已被內戰的鮮血污染。艾莎在通過戰陣的行列激勵部隊的士氣以後，將自己的位置選定在戰場最危險的地點。接戰最為激烈時，為了拉穩她所乘坐駱駝的韁繩，有70個人連續被殺或是受傷。在她所坐的籠架或舁床上面，插滿標槍和投矢，像是豪豬身上的剛毛。神色莊嚴的俘虜保持堅毅的態度譴責征服者，阿里很快將她安置在適當的地方，那就是穆罕默德的墓地，她仍然以使徒未亡人的身份受到尊敬和照應。
這一次的作戰稱為駱駝之日，阿里在獲勝以後，進軍對付實力更為強大的敵手，就是阿布·蘇富揚的兒子穆阿維亞，他膽大妄為地竟然僭用哈里發的頭銜。敘利亞的軍隊和倭馬亞家族基於利害關係，支持穆阿維亞所要求的權利。他們從泰普薩庫斯渡過幼發拉底河，綏芬平原 沿著河的西岸向前延伸。在這個開闊而平坦的舞台上，兩位競爭者進行了一場長達110天的混戰。整個過程包括90次作戰行動或前哨戰鬥，阿里的損失估計是2.5萬名士兵，而穆阿維亞的傷亡高達4.5萬人，陣亡名單上有25名老兵的名字最引人注目，他們曾經追隨穆罕默德的旗幟參加貝德爾的作戰行動。這場死傷慘重的鬥爭之中，合法的哈里發展現出英勇和仁慈的優越性格。他的部隊受到非常嚴厲的囑咐：等待敵軍首先發起攻擊，饒恕逃命的弟兄，不必趕盡殺絕，尊敬陣亡者的屍體，不可侵犯女性俘虜的貞操。他提出寬宏大量的建議，為了拯救穆斯林的性命，情願舉行一場個人搏鬥來解決問題；但是他那嚇得面無人色的敵手拒絕接受挑戰，因為搏鬥的結果只有死路一條。這位英雄騎著一匹黑白兩色花斑馬，用沒有人可以抵擋的神力揮舞沉重的雙刃長劍，在一次衝鋒之下突破敘利亞人列陣的隊伍。每當他斬殺一名叛徒就發出「阿拉·阿卡巴」的呼聲，意思是「真主必定獲勝」。在一次夜間戰鬥的混亂之中，他這種可怕的叫喊讓人聽到有400次之多。大馬士革的君主已經存著逃命的念頭，但阿里已經到手的勝利卻被人攫走，完全是部隊違抗命令和宗教狂熱使然。他們的良知因穆阿維亞派人戳在最前列長矛上的《古蘭經》的莊嚴召喚而感到畏懼。這樣一來，逼得阿里屈服於羞辱的停戰協定和姦詐的和解條款，只有帶著遺憾和悲憤的心情撤退到庫法，整個黨派陷入士氣消沉的地步。
阿里的敵人手段高明，降服或引誘波斯、葉門和埃及那些距離遙遠的行省。宗教狂熱所帶來的打擊，瞄準的對象是國家的3位首長，僅有穆罕默德的堂弟因而喪失性命。3個卡雷吉人或是宗教狂熱分子，在麥加的廟宇討論當前的狀況，認為宗教和國家已經陷入混亂之中。他們一致同意要殺害阿里、穆阿維亞和他的朋友埃及總督阿姆魯，認為只有這樣才能恢複宗教的和平與統一。每個兇手選定暗殺的對象，使用淬過毒藥的短劍，抱著同歸於盡的決心，秘密抵達行動的地點。雖然他們的決心同樣堅定，但是首先對阿姆魯的行動發生差錯，遭到刺殺的是坐在總督座上的副手；第二個兇手使大馬士革的君主受到危險的傷害；合法的哈里發在庫法的清真寺，被第三個刺客施與致命的一擊。阿里享年63歲，很仁慈地規勸他的兒女，要一下子處死謀殺犯但是不要施用酷刑逼供。阿里的墓地 被倭馬亞王朝的暴君隱瞞得不為人知 ，等到伊斯蘭教紀元第4世紀，在庫法的廢墟附近建立了一座陵寢、一所寺院和一個城市。 千千萬萬的什葉派信徒在聖地長眠於真主代理人的足下，每年有無數的波斯人前來朝拜，使沙漠中生意興隆，他們表現尊敬的虔誠行為不下於到麥加的朝聖活動。