前面提到查士丁尼成為君王、征服者和立法者的各種面貌，但是並未提到他還是一位神學家，或許大家帶著成見好像不以為然，事實上他的神學就本人的形象而言，佔有非常突出的地位。他的臣民極為尊敬活著或去世的聖徒，國君對於臣民這種心理非常同情，他的《法典》特別在《御法新編》這一部分，全都肯定並擴大教士的特權。凡是僧侶和俗人之間發生任何糾紛，偏袒的法官都傾向於認定，無論是真理、清白和正義都在教會這邊。皇帝在公開或私下做禮拜時都很虔誠，足為模範，不管是祈禱、守夜還是齋戒，都像悔罪的僧侶那樣嚴格；他的想像總抱著可以得到神靈的啟示的希望或信念；他已經肯定獲得聖母和天使長聖米迦勒的保佑；有一次病危康復要歸功於殉教聖徒科斯馬斯和達米安奇蹟般的出現。都城和東部的行省到處裝飾著他的宗教紀念物，雖然耗資巨大的建築大部分是出於他的愛好和炫耀，不過皇家建築師滿懷宗教熱忱，可能也基於對上天的恩主抱著敬愛和感激之情。在推崇皇帝的偉大的頭銜之中，他認為「虔誠」兩字最為悅耳，增進教會在世俗和精神上的利益是他畢生最嚴肅的工作，作為國家之父的責任通常比不上保護信仰。
當時的各種爭論與他的性格和認識都能意氣相投，神學教授對於一個外行為了專心於他們的技藝而忽略己身的工作，一定會在暗中加以訕笑。一個大膽的陰謀分子對他的同謀說道：「對這樣一個頑固的暴君還有什麼好怕的？整夜不睡也沒有人保護，只會坐在小房間里跟鬍鬚灰白的老頭討論問題，翻閱那些又厚又重的教會書籍。」苦讀不輟的成果在很多會議中表現出來，查士丁尼成為說話有分量而且思慮周詳的辯論家，顯得光彩奪目，在很多講道詞以及使用詔書和信函的名義，向帝國宣布國君的神學思想。就在蠻族入侵行省，以及勝利的軍團在貝利薩留和納爾塞斯的旗幟下前進時，身為圖拉真的繼承人不理軍營事務，以能領導宗教會議進行征服而感到滿足。要是查士丁尼在這些會議上，曾經邀請不懷私心而又富於理性的觀眾，那麼他可能明白下列幾個要點：
首先，宗教爭論是傲慢和愚昧的產物；其次，最值得讚許而又真實不虛的虔誠，只能靠沉默和順從來表達；第三，對個人本性毫無所知的人，根本不應妄圖探尋神的性質；最後，我們只要知道權柄和仁慈全部歸於上帝即可。
寬恕並不是那個時代的美德，要說縱容叛徒，君王更缺少那種雅量。等到皇帝降格成為心胸狹隘、脾氣暴躁的爭辯者，很容易在被激怒的狀況下，運用全部的權勢以彌補理論之不足，對於那些故意閉眼不加理會的頑固分子，毫不憐憫施以無情的處罰。查士丁尼的統治雖說一成不變，但還是想出很多不同的迫害辦法，在巧立名目和執法從嚴方面，遠勝前代那些懶散的皇帝。他規定所有的異端分子，要在短短的3個月期限內改變原有的信仰，要不然就施以流放的處分。要是他默許這些人勉強留下來，那麼在他的鐵腕統治之下，他們不僅喪失社會對於個體的所有福利，同時還會被剝奪作為人和基督徒的天賦權利。
在過了400年以後，弗里吉亞的孟他努派仍舊運用聖靈的特殊結構，受到男性和女性使徒的激勵，追求完美和預言的宗教狂熱情緒。正統教會的教士和士兵接近時，他們異常敏捷地抓住殉教的桂冠。聚會所和會眾在烈焰中化為灰燼，即使是在暴君死去300年後，這種最原始的狂熱分子卻還是沒有完全滅絕。受到哥特同盟軍的保護，阿里烏斯派在君士坦丁堡的教堂勇敢面對嚴苛的法律，教士富有奢華的程度可比元老院。查士丁尼貪婪的手所攫取的金銀財寶，或許可以說是合法從行省和蠻族獲得的戰利品。異教的殘存人士仍然藏匿在人類生活最高雅和簡樸的環境之中，激起基督徒的憤怒情緒，或許是極不願有局外人成為他們內部爭執的見證。有位主教以宗教的檢察官而著稱於世，經過他的努力工作，很快發現在城市和宮廷里，還有官員、律師、醫生和老師堅持希臘的迷信。他們立刻接到嚴厲的通知，必須立即就願意惹火朱庇特還是查士丁尼做出選擇，再也不可能在冷漠或褻瀆的面具後面，用可恥的行為隱藏對福音的反感。僅有佛提烏大公決心要像祖先一樣活著或死去，他用短劍一擊獲得解脫，好讓暴君鞭屍示眾聊感安慰。他那些意志薄弱的弟兄只有屈服於塵世的君王，他們全部接受洗禮的儀式，儘力用宗教的狂熱洗刷偶像崇拜的嫌疑或罪行。荷馬的故鄉和特洛伊戰爭的現場，仍然保留他的神話所激起的最後火花，還是那同一位主教的關照，在亞細亞、弗里吉亞、呂底亞和卡里亞，一共發現7萬名異教徒都要改信基督教。為了這些新入教者興建96所教堂，亞麻法衣、《聖經》、金銀制的聖餐器具和各種法器，全部由虔誠而慷慨的查士丁尼供應。
早已逐漸被剝奪豁免權的猶太人，現在受到更為困擾的法條的壓迫，規定他們必須與基督徒在同一天過復活節。 他們可能有抱怨的理由，因為正統基督徒也不同意君王用天文推算的日期。君士坦丁堡的人民把四旬齋的開始日期，比官方的規定日期向後延遲一周，他們很高興有7天的齋戒，但是皇帝以時間已過為由下令要販賣肉類。巴勒斯坦的撒瑪利亞人是一個混雜的種族，也是一個思想曖昧難以分辨清楚的教派，異教徒把他們看成猶太人加以排擠，猶太人認為他們是宗教的分裂分子，基督徒更把他們當成偶像崇拜者。可厭的十字架早在他們神聖的加里茲姆山 豎立起來，但查士丁尼的迫害政策給他們的選擇只有受洗或叛變。他們選擇拿起武器揭竿而起，在一位奮鬥到底的領袖指揮之下，這一個無力自衛的民族竭儘可能，用他們的生命、財產和廟宇作為代價來尋求報復。撒瑪利亞人最後還是被東部的正規部隊鎮壓，2萬人被殺，還有2萬人被阿拉伯人賣給波斯和印度的非基督徒，這一可憐的民族所留下來的殘餘民眾，則不惜改變宗教信仰以洗刷反叛的罪名。估計在撒瑪利亞戰爭中有10萬羅馬臣民被害 ，過去繁榮的行省變成赤地千里的荒野。然而在查士丁尼的信條中，殘害異教徒不適用謀殺罪，他非常虔誠地努力工作，要用火與劍來建立唯一的基督教信仰。
查士丁尼帶著瘋狂的宗教情緒，至少有責任要永遠保持正確的信仰。在他統治的最初幾年，非常熱情地表示自己是正統基督教會的門徒和庇主。希臘人與拉丁人重歸舊好，使得聖利奧的巨著成為皇帝和帝國的信條。聶斯托利派和優迪克派無論在哪一邊，都遭受到雙重的迫害行動。在尼斯、君士坦丁堡、以弗所和卡爾西頓分別召開的大公會議，經過立法者批准以後成為正統教義的法典。 雖然查士丁尼致力於維護宗教信仰和禮拜儀式的統一，但他的妻子狄奧多拉的虔誠與其惡行可以相提並論，這個時候她還是聽從若干一性論教師的訓誨，因而教會公開或暗中的敵人，就在仁慈女保護人的微笑中獲得恢複和發展。於是，都城、宮廷以及婚姻關係，會因宗教信仰的分歧而產生分裂，然而皇家夫婦的真誠是如此可疑，以至於很多人把他們表面的對立，看成是一種惡意的陰謀，用來對付人民的宗教和幸福。 極為出名的爭論（532～698 A.D.）只要幾行字就可說完，在全書里填滿三章 的篇幅，便可以充分透露這種微妙和詭詐的精神。
奧利金 的軀體到現在為止已經被蛆蟲吃掉有300年之久，他認為能先世存在的靈魂已落入創造者的手裡。在他的作品中，查士丁尼銳利的眼光發現十多處形而上學的錯誤，這位原始時代的博學之士，與畢達哥拉斯和柏拉圖一起，被教士送進永恆的地獄烈火，而他在過去根本就否認會有此事。以這個先例作為掩飾，對準卡爾西頓的大公會議給予了陰狠的一擊。這些神職人員耐心傾聽莫普蘇埃斯提亞的狄奧多爾 所發出的讚許之詞，他們公正或縱容的態度使得西拉斯的狄奧多里特和埃德薩的伊巴斯，都能恢複教會領聖體的恩典，但是這幾個東部主教的品德都沾染了異端邪說的惡名，這裡最前面那位是聶斯托利的老師，其餘兩位是朋友。他們最可疑的文字曾在「三章」這個大標題之下受到指控，要是譴責他們生前的事迹，必然會涉及一個大公會議的榮譽，它的盛名無論受到真誠還是虛假的尊敬，早已傳遍整個正統基督教的世界。
不管這些主教是清白還是有罪，如果他們在死亡的沉睡中被徹底消滅，那便不會在100年以後被他們墳頭上的喧鬧吵醒。要是他們已落入魔鬼的毒牙之中，任何人的努力也無法減輕或加重他們的痛苦。要是他們已經與聖徒和天使為伍，享受虔誠的報酬，那麼對於那些表現出無能為力的憤怒，而又仍舊在地球上爬行的神學蟲豸，必定會微笑以對。在這些蟲豸的前列是羅馬皇帝，也許根本不清楚狄奧多拉和她那些教會派系的真正動機，就在那裡發射毒針噴出毒液。原來的那些犧牲品已經不在他的權勢之內，他的詔書只能用暴烈的作風給他們定出罪名，號召東部的教士加入譴責和詛咒的大合唱。整個東部帶著幾分遲疑態度，勉強同意他們的君王所定出的音調。
在君士坦丁堡召開的第五次大公會議（公