拜占庭大主教為了詆毀埃及對手的人格和行為，早在皇帝的耳邊灌輸種種帶有偏見的言辭。隨著開會的通知附上一封滿是威脅和抨擊的書信，指責他是鑽營、無禮和猜忌的教士，混淆人們簡樸的信仰，擾亂教會和國家的安寧，並運用權謀分別給狄奧多西的妻子和妹妹寫信，這種行為可以明確認定，是為了在皇室內部散布不和的種子。接到君王嚴厲的命令後，西里爾來到以弗所，他在那裡遭到行政官員的抵制、威脅和囚禁，這些官員應聶斯托利和東部人士的要求，已經在呂底亞和愛奧尼亞集結軍隊，要鎮壓教長那批充滿宗教狂熱而又不遵法度的隨員。西里爾毫不考量皇帝是否會賜予恩典，逃過警衛的看守匆忙上船，拋棄已經四分五裂的宗教會議，退回安全而又自主的教長城堡。他那兩名手腕高明的使者在派往宮廷和都城以後，竭力平息皇帝的怒氣，懇求他的寬容，都能得到善意的回應。阿爾卡狄烏斯的兒子個性軟弱，受到妻子、妹妹、宦官和宮中婦女相互矛盾的影響，立場始終搖擺不定，她們的情緒受到迷信和貪婪的控制，身為正統教會的頭目，對前者極力危言聳聽，還要儘力滿足後者的需要。
君士坦丁堡和近郊修建了多所修道院，地位聖潔的院長達爾馬提烏斯和優迪克 ，早已將宗教的熱忱和忠心奉獻給西里爾的理想、瑪利亞的崇拜和基督的統合。他們從僧侶生活的第一天開始，就不與塵世打交道，也不願踏上城市污穢的土地，然而自從教會出現可怕的危機，他們的誓言被極為崇高而又絕對必要的責任取代，於是他們帶領一大隊僧侶和隱士，手裡拿著點燃的蠟燭，口中唱著頌揚「上帝之母」的讚美歌，從他們的修道院奔向皇宮。這個前所未有的壯舉使人民極為興奮和激動，害怕得發抖的君王傾聽聖徒的祈禱和訴求。他們提出大膽宣告，要求皇帝接受阿塔納修斯的繼承人並且贊同他的信條，否則就沒有希望獲得上帝的救贖。同時對通往帝座的每條道路都展開「金錢攻勢」，在「頌詞」和「祈福」這些光明正大的名義之下，所有廷臣無論性別，按照他們的權勢和貪念，得到數目不一的賄賂。他們無厭的需求，卻等於把君士坦丁堡和亞歷山大里亞的聖所洗劫一空。教長的權威也無法壓制教士的抱怨，為了支付可恥的腐敗伎倆所需的費用，已經負下6萬鎊的債務。 函中提到送錢的事，這是西里爾的副主教寫給他所支持的傀儡，也就是君士坦丁堡新上任的主教的一封信，很意外地被保存在拉丁文的譯本之中。聖徒的假面具已經掀開，用坦誠的語言提到利益和共謀。">普爾喀麗亞使她的弟弟免於承受帝國的重擔，是正統教會最堅固的支柱。宗教會議的雷霆之聲和宮廷的竊竊私語，產生如此密切的利害關係，西里爾能夠保證即使弄走一個宦官，換上一個還是會得到狄奧多西的重用。然而，這位埃及人還是無法吹噓自己能獲得光榮和最後的勝利。皇帝表現出乎尋常的堅定氣概，要信守諾言保護無辜的東部主教。西里爾盡量軟化心意不要下達破門律，在他能對不幸的聶斯托利展開全面的報復行動之前，只能用曖昧不清和勉為其難的態度，承認基督的雙重性質。
聶斯托利生性魯莽固執，一直到宗教會議結束，始終受到西里爾的壓迫、宮廷的辜負和東部朋友微弱無力的支持。恐懼或氣憤的情緒使他想要趁著時機未晚，能夠很風光地自願退位。他的願望或至少是他的請求獲得允許，盛大的隊伍將他從以弗所護送到安條克，進入早期修行的古老修道院。留下的職位空了很短一段時間，他的接班人馬克西米安和普羅科盧斯，相繼成為君士坦丁堡合法的主教。但是，那位被黜免的主教在孤寂的斗室之中，再也無法適應普通僧侶的清靜與安寧。他對過去感到遺憾，對現在表示不滿，對未來心懷憂慮也不是沒有道理。東部的主教相繼把他列為不受歡迎的人物，排除在一切活動之外；分裂的派系把聶斯托利尊為信仰堅定的聖者，現在人數已經日益減少。他在安條克居留4年以後，狄奧多西簽署一份詔書，把他列為術士西門之流的人物，取締他的言論和追隨者，譴責他的著作並收集起來燒毀，先是把他流放到阿拉伯的佩特拉，最後將其送到利比亞沙漠的一處綠洲，就像身處孤島一樣。
這位被放逐者雖然已經與教會或世界喪失接觸，偏頗的見解和戰鬥的意識所引起的怒氣卻仍舊縈迴心頭。一個布倫米人或努比亞人的游牧部落，入侵那個監禁他而又非常偏僻的地點，離開時留下一批無用的俘虜。等到聶斯托利剛抵達尼羅河的岸邊，他就發現狀況不妙，不如離開一個有正統教會的羅馬城市，寧願到蠻族去過較為溫和的奴役生活。他的逃走被當作一項新的罪行受到懲治。教長的精神影響力對埃及民事和教會的權勢人物產生激勵作用，行政官員、士兵和僧侶基於虔誠的信仰，要折磨基督和聖西里爾的敵人。在遙遠的衣索比亞領土，這位異端分子不停地被押送進去接著又召喚回來，反覆的旅程極其艱困而又勞累，衰老的身軀實在是無法忍受。然而他的心靈仍舊鬥志高昂，保持獨立的見解。蒂巴伊斯市長為他寫給信徒的牧函而驚訝不已，亞歷山大里亞的正統教會暴君去世時他還健在，經過16年的流放之後，卡爾西頓的宗教會議或許會恢複他在教會的職位，至少也應該讓他重回過去的生活。聶斯托利的逝世使他無法接受他們衷心歡迎的召喚 ，然而疾病的傳聞帶著惡意中傷的色彩，說他的舌頭是褻瀆的工具，竟然被蟲子吃掉。他的遺體埋葬在上埃及名叫克姆尼斯或潘諾波里斯或阿克米的城市，但是雅各派信徒永不消失的怨毒之心，仍舊保持數代之久，一直對著他的墳墓丟石頭，到處散播不經的傳聞，說是上天對於正直和邪惡的人遍灑雨露，雨露卻從來沒有落在他的墳上。 惻隱之心使人難免要為聶斯托利的不幸下場流淚嘆息，但正義之士卻可以清楚看出，正是他所極力贊同而且施加於別人的迫害使他自己身受其苦。