然而，無論是東部的皇帝還是大主教，都不願服從一個義大利教士的命令，一致要求召開正統基督徒的宗教會議，也可以說是希臘教會的宗教會議，認為是唯一可以平息或解決神學爭論的辦法。水陸交通極為便利的以弗所被選為會議地點，開會日期訂於聖靈降臨節 （公元431年6月—10月）。開會通知送到每座大城市，派出警衛來保護這些神父，並且限制他們的行動，除非上天的秘密和世間的信仰獲得解決，否則全部不準離開。聶斯托利的光臨不像是一名罪犯倒像是法官，不是靠著跟來的高級教士的人數，而是靠他們所具有的分量；他的身邊都是強壯的奴隸，來自宙克西普斯浴場，全副武裝可以用來打擊敵人或者保護他自己。但他的敵手西里爾無論是精神還是肉體的武器，力量顯得更為強大，50位埃及主教在後面追隨，對於皇家的會議通知，無論是文字內容還是實際意義，全部不予理會。這些主教都在期待教長的點頭示意，讓大家知道他已經獲得聖靈的感召。
西里爾早已與以弗所的門農主教結成關係密切的同盟；這位亞洲的專制總主教在私下安排，僅他這部分就有30到40張主教票不會投給聶斯托利。大批農民是教堂的奴隸，湧入城市，要用打鬥和叫囂支持形而上的爭論。聖母的遺體被安葬在以弗所的城牆之內 ，這份榮譽也激起人民的宗教狂熱。從亞歷山大里亞開航的船隊裝載著西里爾和埃及的財富，隨船帶來大批水手、奴隸和宗教狂熱分子，他們盲目追隨聖馬可和上帝之母的旗幟。參加會議的神父和警衛看到這些戰鬥的隊伍，都感到大吃一驚。那些反對西里爾和瑪利亞的敵手在街頭遭到侮辱，或是在住處受到威脅。西里爾的雄辯和慷慨使追隨他的人數與日俱增，這位埃及人估計很快就能有200名主教聽從他的召喚和驅使。 但是十二條破門律的始作俑者，不僅預見到也害怕安條克的約翰會加以反對。安條克的約翰這時正帶著人數較少的隊伍，包括各大城市受尊敬的主教和神職人員，從遙遠的東部首府一路緩行過來。
西里爾等得非常心急，認為這是故意的拖延行為，應該受到譴責 ，於是宣布在聖靈降臨節後的第16天開始會議。聶斯托利完全靠著東部的朋友到場幫忙，就像他的前任克利索斯托一樣堅持原則，否定敵手有下達指示的權力，更不聽從開會的通知。敵人匆忙安排對聶斯托利的審判，而由原告坐在主審官的座位上。在68位主教中，22位兼有大主教的職稱，提出溫和而自製的抗議，為他的案子進行辯護，結果被同教的弟兄趕出會場。坎狄狄安用皇帝的名義要求會議延後4天，這位褻瀆神聖的官員受到侮辱，聖徒的集會用暴力把他驅逐出去。整個重大事件在夏季的一個白天完全處理完畢（6月22日），主教個別發表意見，但是這種表態雷同的格調，可以顯示出有人在暗中指使，不僅發揮影響力，還進行操控。這個主謀的行為受到指責，因為他的惡例，使得作證和簽名無法取信於人。大家毫無異議認為，西里爾的書信符合尼西亞教條以及神父的教義。但是他們從聶斯托利的講道詞和書信中，斷章取義摘錄若干詞句，夾以革出教會和破門律的詛咒，因此免除這個異端分子的主教職位，剝奪他的聖職榮譽。把聶斯托利當成新猶大所惡意簽發的判決書，張貼在以弗所的街頭，並且派人大聲宣布。那些疲憊不堪的高級教士從上帝之母的教堂里走出來，被當作為她衝鋒陷陣的勇士，受到大眾的歡呼。為了慶祝她的勝利，那個夜晚真是燈火通明，歌聲四起，人潮洶湧。
到了第5天（6月27日），東部主教的抵達以及他那氣憤填膺的表情，使西里爾的勝利大為失色。安條克的約翰在旅社的房間里，來不及撣去鞋子上的塵土，便匆忙接見了皇帝的大臣，坎狄狄安向他敘述了他企圖預防或阻止埃及人一意孤行，現在卻完全失敗的努力。同樣的倉促行事和一意孤行，50位主教參加了東部的宗教會議，他們罷黜西里爾和門農的主教職務，並且在十二條破門律中，譴責阿波利納里斯異端是絕對的惡毒，並且把亞歷山大里亞的大主教描繪成惡魔，從出生到接受教育都是為了要毀滅整個教會。 約翰的寶座雖遙不可及，但是他們決定馬上賜福以弗所的羊群，給他們找一位虔誠的牧人。門農保持高度的警覺，發現狀況不對就關起大門，讓一支強大的守備部隊進駐主座教堂。軍隊在坎狄狄安的指揮下立即發起進攻，外圍的哨兵很快被擊退，有的死於劍下，但是整個教堂固若金湯。圍攻的人員開始撤退，結果受到猛烈的追擊，損失乘騎的馬匹，很多士兵被棍棒和石塊打成重傷。以弗所這個聖母之城陷於暴亂、騷動、叛逆和殺戮之中。敵對的宗教會議指使他們的御用機構，向對方宣判破門罪和開除教籍的處分。
在敘利亞和埃及兩個派系相互攻訐和各說各話的陳述中，狄奧多西的宮廷混淆不清，無法辨別是非。在那極為忙亂的3個月里，皇帝竭盡諸般手段，想要調停這一次的神學爭執，其實最有效的辦法是置之不理和表示藐視。他試圖使用一般的審判方式，做出有罪或無罪的判決，用來除去或恐嚇雙方的領導人物；他對派往以弗所的負責官員授以極大的許可權及軍事力量；他要兩派各選出8位代表到首都附近集會，遠離為群眾狂熱所感染的地區，開誠布公討論雙方的歧見。但是東方的人士拒絕屈服，正統基督教會認為人數眾多還有拉丁同盟，反對接受聯合或寬容的條款。最後個性溫和的狄奧多西忍無可忍，在震怒之中驅散了主教所產生的動亂，經過13個世紀漫長歲月以後，誰知第三次基督教聯合會議又出現這種古老的場面。虔誠的君王說道：「上帝可以作證，我沒有引起這場混亂。上天知道誰是罪人，必定對他施加處罰。你們回到行省以後，只有靠著自己的德行，來補救這次集會所造成的災難和羞辱。」他們回到各自的行省，但以弗所大公會議帶來不安的情緒，現在瀰漫到整個東部世界。經過3次堅持到底和勢均力敵的戰役以後，安條克的約翰與亞歷山大里亞的西里爾，終於解釋清楚，可以握手言和，但是這種表面的再度聯合，歸於雙方都需審慎從事，並非理性考量的結果，只能說是雙方都已睏倦不堪，而不是教長能發揚基督教仁慈為懷的精神。