迷信償還一位處女的血債，可能比放逐一位聖徒收效更大。西里爾陪伴他的叔父前往橡樹嶺，參加行事極為偏頗的宗教會議。當克利索斯托受到懷念和崇敬獲得平反時，狄奧菲盧斯的侄兒領導一個即將滅亡的派系，仍舊堅持自己的意見，認為過去對克利索斯托的判決非常公正，經過冗長的拖延和頑固的反抗都沒有發生效用以後，勉強認同正統基督徒世界的普遍看法。 他仇視拜占庭大主教完全基於利害關係，倒不是一時的情緒衝動。他始終羨慕這個職務的有利地位，能夠與皇家宮廷建立直接的來往，同時又害怕他們有傲慢自大的野心，要壓迫歐洲和亞洲的各大都市，侵入安條克和亞歷山大里亞所在的行省，用帝國的邊界來定出教區的範圍。阿提庫斯是個性溫和的篡奪者，在接替克利索斯托的寶座以後，長期以來保持寬厚仁慈的作風，能夠暫時緩和東部這些教長的敵對情緒。但是一位更值得尊敬和仇視的對手現在被擢升，終於喚醒了西里爾。
經歷君士坦丁堡主教西西尼烏斯短暫而混亂的統治以後，皇帝總算決定了最好的人選，以安撫教士和民眾的派系。皇帝聽從輿論的建議，破格任用才能卓越的陌生人（公元428年4月10日）。聶斯托利是安條克的僧侶，出生在日耳曼尼西亞，他的生活非常嚴謹而且講道的口才極佳，於是受到推薦。他第一次到講壇為信仰虔誠的狄奧多西宣講教義，卻顯露出宗教狂熱的苛刻和暴躁。他大聲疾呼：「啊!愷撒!給我一片清除異端邪說的土地，我會用天國來回報。請你跟我一起去消滅異端，我就會與你去消滅波斯人!」好像他們真的事先簽好協定一樣，君士坦丁堡的教長在5天以後，對所發現的阿里烏斯派秘密集會場所，展開奇襲和攻擊的行動。這些教徒寧死也不屈服，絕望中所點燃的大火，很快延燒到鄰居家中，聶斯托利的勝利被安上「縱火者」的罪名。在赫勒斯滂海峽的兩岸，主教憑藉他的氣勢和精力為信仰和紀律制定嚴苛的法則。而一旦對復活節的日期按照年代記載推算錯誤，則被當作違犯教規和國法的罪人加以懲處。呂底亞、卡里亞、薩爾代斯和米利都這幾個地方，之所以能夠洗凈他們的罪孽，全部靠著頑固的十四日派 信徒流出的鮮血。皇帝的詔書也可以說是教長的指示，對於異端的罪行和懲罰列舉23種等級和宗派。但是這把宗教迫害的利劍，被聶斯托利拿在手裡瘋狂舞動，很快要指向自己的胸膛。宗教不過是一種借口，要是依據當時一位聖徒的研判，主教戰爭的真正動機完全出於個人的野心。
聶斯托利屬於敘利亞學派，受到教導要對混淆兩種性質的邪說保持憎恨的態度，必須精細區分「上主」耶穌的神性和「人主」基督的人性。他把神聖的處女尊為基督的母親，自從與阿里烏斯派的爭論開始以來，她無形中被加上「上帝之母」 的頭銜，被很冒昧地採納接受，聽起來真是刺耳。教長的一位朋友，後來甚至連教長本人，都在君士坦丁堡的講壇上，一再反對使用或濫用這個名詞。 何況這個稱呼使徒根本沒提過，教會也沒有認可，只會使膽怯的人感到驚慌，單純的人受到誤導，不信的人拿來消遣，好像可以拿來對比，證明奧林匹斯眾神的古老譜系非常正確似的。 聶斯托利在平靜的狀況下也會承認，只要兩種性質的結合能夠在選擇的「用語」 臘的原文，這個字的意義包括「文字」或「財產」的相互借用或交換，不僅限於人，可以擴展到神明之間。佩塔維烏斯的《神學理論》對這個非常精細的項目訂出12條規則。">上說得通，倒也無可厚非，但是最使他無法容忍的事，在於否定一個新生的嬰兒，就是禁止對幼年上帝的崇拜；使他更為氣惱的做法，是從生活的婚姻或社交的伴侶中，去尋找那並不適宜的對比，並且把基督的人性當成神性的袍服、工具或帳幕。
褻瀆上帝的聲音使得聖殿的大柱發生震動，聶斯托利那些無法取勝的對手，不管是基於虔誠的信仰還是個人的情緒，都要發泄他不當言辭所引起的憤怒（429～431 A.D.）。拜占庭的教士私下對一個外鄉人的闖入極為不滿。無論多麼迷信和荒謬的事物，都可以要求僧侶的保護，只要把一切榮譽歸於主保聖母，就會使人民產生興趣。主教的佈道演說及聖壇前的禮拜儀式，總是受到叛亂叫囂聲的干擾；一些另有打算的會眾拒絕承認他的權威和道理，帝國只要掀起任何風潮總要帶來爭論；戰鬥者在劇院發出驚天動地的聲音，就會在巴勒斯坦和埃及修道院小室引起迴響。西里爾有責任要教化眾多的僧侶，使他們免於宗教的狂熱和無知，他在亞歷山大里亞的學校里，受到一性論肉身成聖的啟迪，並且對此供認不諱。
阿塔納修斯的繼承人在運用武力對付另一種阿里烏斯派時，只考慮自己的虛榮和野心，殊不知這位敵人在教會階級中居於第二把交椅，比起阿里烏斯派勢力更大罪孽更深。敵對的高級教士間保持一小段時間的聯繫，他們的通信中用尊敬和仁慈等極為空洞的言語，來掩飾相互之間的仇恨。過沒多久，亞歷山大里亞的教長向君王和人民、東部和西部，公開譴責拜占庭的主教犯下滔天大罪。他從東部特別是安條克，獲得的回應是寬容和沉默的曖昧建議，雖然同時向雙方提出，實際上偏向於聶斯托利。梵蒂岡張開雙臂歡迎來自埃及的信使，這種懇求正好迎合切萊斯廷一世 的虛榮心。一個僧侶的偏頗觀念竟會決定教皇的信仰，何況這位教皇和他的教士，對於希臘人的語言、藝術和神學根本是一竅不通。切萊斯廷召開義大利的宗教會議，權衡雙方說辭和整個情況，贊同西里爾提出的信條，斥責聶斯托利的心態和人品，罷黜異端分子的主教職位，給他10天時間發表皈依和悔改的聲明，並且將這個草率非法的判決交給他的敵人去執行。亞歷山大里亞的教長發出如天神霹靂一擊的時候，暴露出凡夫的過失行為和執迷不悟，他那十二條破門律 仍在折磨一些身為正統基督教徒的奴隸，他們敬重這位聖徒的所作所為，但是沒有失去對卡爾西頓宗教會議的忠誠。這些難以滌清污點的大膽言論，難免沾染阿波利納里斯異端邪說的色彩，但是聶斯托利嚴肅而又真誠的表白，使現代更為明智而且立場公正的神學家感到滿意。