皇帝對正統教會的神職人員懷有敬意，尤其禮遇安布羅斯，格外推崇和欽佩他的品格，說他的身上凝聚著主教所具有的最高美德。狄奧多西的友人和大臣處處仿效君主的作為，對主教表現出虔誠的態度。這樣一來，皇帝有時會感到驚訝，倒不一定引起不滿，那就是他所有的秘密打算，轉眼之間便會傳到大主教的耳中。安布羅斯的行事以極為崇高的理念為準繩，認為政府對人民的施政作為，與神明的榮譽和宗教的利益有相當的關聯。
卡利尼庫姆是波斯邊境一個不出名的小鎮，當地的僧侶和市民，在主教狂熱情緒的鼓動下，發生暴亂事件，燒毀瓦倫提尼安教派的集會場所和猶太人的會堂。煽動鬧事的教士受到行省地方官員的裁定，要重建猶太會堂，賠償全部損失，這項公正而溫和的判決也得到皇帝認可。但是米蘭大主教並不同意，為此口述了一封批評和指責的信函，使用的語氣像是皇帝受過割禮，背叛原已受洗的宗教信仰。安布羅斯認為對猶太教的寬容，就是對基督教的迫害，同時很武斷地宣稱，他和所有真正的信徒全都熱切期望，願意就這一護教行動的是非功過，以及授予殉教人員名銜等有關問題，再與卡利尼庫姆主教做深入的研討。他用非常悲痛的口吻提到，要是執行這樣的判決，將對狄奧多西無瑕的名聲和信仰的獲救，產生非常不利的影響。大主教因為私下的勸誡沒有產生立竿見影的效果， 就在佈道的講壇上，向坐在御座的皇帝發表了公開的講話， 在得不到狄奧多西嚴正而明確的保證，對卡利尼庫姆的主教和僧侶不加任何懲處以前，他將不再進行在祭壇呈獻祭品的儀式。狄奧多西很真誠地撤回原來的判決， 後來在他居住米蘭期間，隨著與安布羅斯虔誠而親切的交談，對他的敬愛之心更是有增無減。
安布羅斯得知皇帝下達了大屠殺的命令後，心中充滿悲憤和痛苦，躲到鄉下去獨自憂傷，不願與狄奧多西見面。大主教知道自己保持沉默是軟弱的表現，在眾口鑠金之下，會使他成為罪惡的幫凶，於是在他寫給皇帝的私人信函中，表達出狄奧多西所犯罪行的嚴重，並告訴他只有徹底悔改的眼淚才能洗滌自己的罪孽。安布羅斯會因宗教的熱忱而激動，也能保持審慎的作為，認為這是上天對他的啟示， 要他用間接的方式，將皇帝暫時逐出教會。他警告狄奧多西不能用自己的名義獻祭，或是當他的面祭神。他勸導皇帝要限制自己的行動，專心一意地祈禱，不要妄自接近基督的祭壇，也不要用沾滿無辜人民鮮血的雙手，去接受聖餐。皇帝受到教父的影響，反省自己的過錯，對因自己一時的震怒而引起的無法挽回的暴行已經深感悔恨。有一次，他在萬分悲痛之餘，仍和往常一樣前往米蘭大教堂參加禮拜活動。當他走到教堂門口時，大主教攔住他，用上帝使者的口氣和語言對君王說道，僅是私下的懺悔不足以償還公開犯下的罪行，很難平息神靈被激怒的義憤。狄奧多西很誠摯地表示，要是說他所犯下的殺人罪行罪不可赦，那麼最為神所喜愛的大衛，他所犯的罪不僅是謀殺，還有通姦。 無所畏懼的安布羅斯回答：「你學大衛那樣犯罪，那麼也要像他一樣懺悔。」在接受嚴苛的賠償和贖罪條件之後，狄奧多西皇帝進行了公開的懺悔，這是教會歷史中最光榮的事件。
根據4世紀時基督教教規，對殺人犯最寬大的處罰，也需要20年的苦行贖罪， 把帖撒洛尼卡大屠殺受害人數累計起來，個人有限的生命根本無法償還。因此，殺人犯便應被逐出神聖的教會，直到死亡終結他罪惡的一生。大主教充分考量宗教政策的各項原則，有鑒於悔罪人具有特殊的地位，尤其是身居帝王之尊還能懺悔自責，決定適當放寬條件，何況公開認錯能夠產生很大的教誨作用，可以作為縮短苦行期的重要理由。對於一個羅馬皇帝來說，讓他剝去代表君權的服飾，表現出哀悼和懇求的姿態，為了請求赦免他的罪孽，在米蘭的教堂中痛哭流涕，不管怎麼說都已經夠了。在這次心靈治療過程中，安布羅斯交替採用溫和與嚴格的手法，過了8個多月，狄奧多西恢複了原有的信仰活動。從他下達的一份詔書中，把判決延後30天執行，可以看出懺悔的成果。後世一直推崇大主教的剛毅和正直，從狄奧多西的所作所為，證明了不怕人世懲罰的君王，依然要屈服於最高審判者的法令，遵從教會執法者的教規，這對後世產生了非常重要的示範作用。孟德斯鳩曾說：「帝王的行動要是被宗教的希望和恐懼所左右，等於是被豢養的獅子，只聽從駕馭者的命令和指揮。」百獸之王聽命於有權威的人，一舉一動要符合控制者的意圖和利益。神職人員掌握國君的良知良能，可以煽起或平息殺機四伏的衝動情緒。安布羅斯先後用極大的熱忱為人道關懷和宗教迫害出力，同樣都獲得輝煌的成功。
高盧的僭主戰敗死去，天下歸狄奧多西所有。原本他雖獲格拉提安拔擢，但光榮的名銜僅及於東部各行省，現今則靠著勝利者的權力統治西部。他在義大利度過了3年時光，有效恢複了法律的尊嚴。過去因馬克西穆斯的篡奪，以及瓦倫提尼安二世沖齡即位，造成行省長期無法無天和中樞乏力的局面，如今已全部得到了改善。他頒布的法令都會簽署瓦倫提尼安的名字，但賈斯蒂娜的兒子年齡尚小，宗教信仰曾誤入歧途，勢必應由正統教會的監護人精心照顧。這樣一來，不幸的年輕人在狄奧多西的野心面前毫無抵抗的能力，狄奧多西很容易就將他排除在統治階層之外，甚至可以剝奪他的帝國繼承權。要是狄奧多西根據利害關係和策略需要，不顧一切採用冷酷的手段，他的行事也會得到友人的諒解。但在這個極其重要的問題上，他表現出寬宏大量的氣概，贏得了多年宿敵的讚許。他把瓦倫提尼安擁上米蘭的帝座，對於眼前或未來的利益沒有提出任何要求，過去馬克西穆斯用武力侵佔的行省，恢複以後便把統治權交還給瓦倫提尼安。除了大批世襲的領地以外，狄奧多西還慷慨奉送給他格拉提安被殺後，靠著自己的英勇所收復的阿爾卑斯山以北的領土。在為恩主之死報仇並獲得了解救西部帝國的榮譽後，皇帝從米蘭回到君士坦丁堡，很安穩地統治東部各行省，漸漸恢複昔日奢華而慵懶的生活習慣。狄奧多西把國事的重任全權託付給瓦倫提尼安二世，在與瓦倫提尼安的姐姐結婚後，過著夫妻恩愛的宮廷生活。世人推崇他的品格高尚純真，更為他贏得勝利以後所表現的慷慨氣度而傾心不已。