狄奧多西接受洗禮和頒布詔書，使得君士坦丁堡的正統基督徒感到信心滿滿意氣風發。他們對於仁慈君王的應許，懷著焦急的心情等待豐碩的成果。他們的願望很快達成，皇帝在結束戰事之後，立即率領軍隊大張旗鼓班師回朝。他在返回國門的次日便召見達摩菲盧斯（公元380年11月26日），對阿里烏斯派的高級教士提出指示，讓他們抉擇，是贊同尼西亞信條，還是要立即放棄一切，將所有的財產都交給正統教派的信徒，其中包括主教府邸、聖索菲亞主座教堂和君士坦丁堡所有教堂的產權和使用的權利。達摩菲盧斯有執著的宗教信念，這對於正統教會的聖徒來說真是天大的喜事。他毫不躊躇地選擇了自己應走的道路，寧願過貧窮和放逐的生活。 在他解職以後，皇帝的都城接著舉行滌罪儀式。阿里烏斯派信徒發出不滿的抱怨聲，在表面的公正下，一個微不足道的教派佔據了上百座教堂，他們的人數甚至根本無法坐滿教堂的椅子。與此同時，絕大部分民眾還不是正統教會的信徒，這些異端教派被強制驅離每一處宗教禮拜的地點。
狄奧多西硬下心腸對異端分子的悲慘遭遇不為所動，就像天使一樣保護著正統教會，眼中所見只有虔誠的信仰。他很審慎地派遣部隊助陣，帶著更能發揮效果的世俗武器，派出一大群皇家衛隊士兵佔領聖索菲亞教堂。皇帝指揮格列高利用凱旋班師的莊嚴行列，通過君士坦丁堡的街道，帶著恭敬的態度親手將他安置在總主教的寶座上。格列高利如果易受驕傲的情緒感染的話，那他就一定會感到功成名就而且心滿意足。但是聖徒（他無法剋制人類德行中的瑕疵）看到當前的狀況卻深感羞辱，發覺自己現在彷彿身處羊欄之中，不像牧羊人反倒更像一匹惡狼。為了維護他的安全，四周環圍著耀目的刀戈，自己已經成為敵方詛咒的目標，面對人數眾多的教派，他怎麼敢生藐視之心。他看到無數的人，不分男女老幼擁擠在主要的街道，連門窗里和屋頂上都是人潮，耳里聽到的是混合著狂怒、悲傷、驚訝和絕望的吵鬧喧囂。格列高利坦承，在他就任聖職的值得紀念的那一天，東部的都城像是剛遭受暴風雨侵襲，或是慘遭蠻族征服者蹂躪過。
過了6個禮拜，狄奧多西宣布，阿里烏斯派的主教和教士要是依然保持頑固的態度，拒絕相信或者承認尼西亞會議的教義，那麼他要在他統治範圍之內的所有教堂，把這些人全部驅逐出去。他指派部將沙普爾負責這個特別的任務，授予他相當大的權力，同時制定相關的法律，以軍事力量為後盾， 指導教會進行改革，賦予其自行處理事務的權責，以積極推動各項工作。東部的行省在沒有發生動亂和流血的狀況下，建立起了皇帝所信仰的宗教。阿里烏斯派信徒的作品要是被容許流傳下去， 裡面就會包括宗教迫害的悲慘故事，說是在邪惡的狄奧多西統治下，教會遭到懲處，神聖的悔改者遭受很大的痛苦，他們希望借這種方式從公正的讀者那裡獲得憐憫和同情。然而我們可以相信的是，阿里烏斯派信徒沒有反抗，從某些角度來看，這規避了狂熱和報復所產生的暴力行為。相較之下，阿里烏斯派沒有表現出正統教會在君士坦提烏斯和瓦倫斯統治時期的那種堅定立場和固執態度。
相互敵對的教派所奉行的倫理特質和觀念，都為同樣的自然律和宗教觀所制約，但是兩者有一個很重要的不同之處，那就是兩者在神學上的信仰程度存在差異。兩個教派無論是在學校還是教堂，同樣承認和崇敬耶穌至高無上的神性，就如同我們易於把感情和意念歸於神明一樣。這時，對於聖子極為崇高的完美，有一派人出於尊敬要盡量誇大炫耀，另一派人則出於謹慎要限制它並有所保留。阿塔納修斯的門徒大喜欲狂，傲慢之心油然而生，認為自己是天之驕子；阿里烏斯派的信徒為私下的焦慮受盡折磨，自認犯下不可饒恕的罪行，因為他們吝於將讚美和尊榮歸於世界的審判者。阿里烏斯派的觀點是出於冷靜而投機的心態，但是尼西亞信經的教義只有受到有力的推行，虔誠的獻身精神所建立的勛業，才會在信仰的時代獲得萬眾歸心的勝利。
皇帝懷抱希望，想要從正統教會的教士集會中找到真理和智慧，於是在君士坦丁堡召開宗教會議（公元381年5月）。150名主教參加，會議順利進行，沒有任何困難和延遲，完善了在尼西亞會議中建立的神學體系。「神子」的本性是三位一體的第二神格，然後在自然的類推下，擴展並轉移到第三神格。各教派的主教與教徒因對此有不同見解，所以才在4世紀引發了極為狂暴的爭論。 打倒阿里烏斯教義獲得勝利的對手，對於一些受尊敬的神學家提出的非常曖昧而模稜兩可的說辭，覺得應該加以解釋，以堅定正統教派信徒的信心，譴責失去民心和矛盾百出的馬其頓教派。他們也曾經有過擔心，如果容許聖子與聖父同質的說法成立，就好像認同有三個神存在。但最後他們還是發布了全體一致同意的文件，承認聖靈有相等的神性，從此神秘的教義被基督教世界所有民族和教會接受。與會人員在感激和尊敬之餘，一致同意讓狄奧多西擔任主教，在宗教代表大會中的位階列為第二等。 他們對宗教真理的認識，通過傳統來保存，通過神啟來傳達，但無言的歷史不容許君士坦丁堡的神父運用個人權勢發揮這麼大的作用。
在這樣一個時代，神職人員從純潔的使徒模式中可恥地走向墮落，越是毫無價值和腐化敗壞的事物，越在主教集會中引起關注和帶來騷擾。許多對立的利益和習性引發的衝突和動亂，激發出神職人員難以控制的情緒，支配他們行為的主要情緒是對金錢的貪婪和對信仰的爭論。這批高階教士現在大多推崇狄奧多西聖明的正統信仰，他們審慎適應教條，觀點一再變換，在教會和國家不斷的改革聲中，用君主的宗教來律定自己應該逢迎的信仰。皇帝只要暫時停止施加他的影響力，驕傲、憎恨和厭惡這些荒謬而自私的動機，就會出現在被盲目推動而顯得亂鬨哄的宗教會議中。在君士坦丁堡會議召開期間，米利提烏斯因病去世，這是結束安條克分裂的最好時機，可以使得他的老對手保利努斯能在主教職位上平穩度過任期，而且保利努斯的志行高潔，信仰虔誠，無懈可擊。但是由於他的理念一直受到西部教會的支持，宗教會議的主教決心要讓因不和而造成的傷害延續下去，就迅速任命了一個犯了偽誓罪的候選人。 這樣做並沒有損及東部自以為是的尊榮，聖子的死亡和復活就是最好的例證。對於西部的教會則不然，像這種偏頗不公而又雜亂無章的會議程序，逼得參加集會態度嚴肅的成員，不是提出異議就是退出會場。擾攘不休的多數派仍舊是佔有戰場的主人，就好像拿黃蜂或鵲，與一群鶴鳥或鵝來相比，只不過是吵鬧的場面縮小而已。
對於正統教派的猜疑之心油然滋長，那些頑強的異端分子和帶有惡意的無信仰人士，用懷有偏見的手繪出宗教會議不堪入目的圖畫。誠摯的歷史學家憑著他的名氣，將有益世道人心的訓諭傳給後代子孫，不讓迷信和偏頗發揮效用，使得抱怨寂靜無聲。他是那個時代信仰最虔誠、口才最犀利的主教之一，是教會的聖徒和博士，是懲治阿里烏斯派異端的皮鞭和支撐正統信仰的樑柱。他也是君士坦丁堡會議的首要成員，在米利提烏斯死後執行主席的職責，這位偉大人物就是格列高利·納齊安贊。他受到了粗暴和苛刻的對待， 事實證明他不僅毫不退縮，反而提起了全副精神振奮士氣，使會議能夠發揮最大功能。為了確定聖職的權利要求，大家毫無異議一致通過，君士坦丁堡主教必須來自人民的推選和皇帝的批准。
格列高利很快自食苦果，成為惡意和嫉妒的受害者。東部的主教一直盡心追隨著他，現在看到他處理安條克的問題太過溫和，在惱怒之下不再支持，把他丟給反對派的埃及人。這些人對他當選的合法性始終爭吵不休，堅持已作廢的教規，那就是禁止任意調動主教的職務。格列高利為人謙遜，但骨子裡卻極為自負，不願讓人以為他是出於野心和貪婪才與反對者發生爭執，於是帶著幾分氣憤公開表示放棄對教會的管理。要知道這個教會是他費盡千辛萬苦才得以恢複和建立的。他的辭職（381 A.D.）為宗教會議和皇帝所接受，好像是理所當然之事，這倒是出乎他意料。就在他希望能享受勝利果實時，主教寶座落到元老院議員涅克塔里烏斯手中。這位新任大主教具有平易近人的性情和德高望重的品格，在很偶然的狀況下受到推薦，為了使他趕快先辦理受洗的儀式，只有延後舉行就任聖職的典禮。格列高利有感於君王和高級教士的忘恩負義，再次退隱到卡帕多細亞不為人知的偏僻之地，以作詩和祈禱度過生命中最後的8年時光。他的名字被加以聖徒的頭銜，他具有慈善的心胸 和高雅的才智，反映出格列高利名聲和事迹的燦爛光輝。