與西安形勢相比，閻錫山在太原彷彿如魚得水，就顯得從容許多。
山西巡撫陸鍾琦1911年9月才到任，接印沒幾天就發生了武昌起義，隨後長沙、九江、岳州、騰衝、昆明等地相繼光復，太原也有風聲鶴唳之勢。陸鍾琦這個人不壞，就是思想有些守舊，見狀趕緊召集手下商議對策。
大家根據各省情況分析，一致認定新軍是禍亂根源，必須嚴加防範。如何防範呢？商量來商量去，最終拿出兩項辦法：
第一，將駐紮在太原的新軍第四十三混成協兩標人馬分別調往晉南和晉北，加以隔離；將駐在外地的巡防營調來省城，以資震懾。
第二，新軍平時不發子彈。尤其是在調離太原過程中，必須先開拔後發子彈。這倒與陝西所作所為幾乎如出一轍。
革命黨人自然不會坐以待斃。
山西地鄰直隸、京津，風氣開化較早，思想頗為解放，早在1902年就設立武備學堂，編練新軍。全省上下有很多革命黨，尤其是駐紮在太原的新軍，幾乎大部分中上層將官都是同盟會員。此外同情革命的士紳也不在少數，為成功起義創造了很多有利條件。
但不利的條件也有不少，比如手中沒有子彈，更重要的是山西周邊局勢：北面是荒無人煙的內蒙，西面是情況不明的陝西，南面、東面則是重兵把守的河南、直隸。
此時袁世凱正在武漢與革命黨動手，為了保護後路、威懾朝廷，在直隸正定駐有大量北洋勁旅，半日之內就可通過鐵路直達太原。革命黨在太原舉事，弄好了，是中心開花，弄不好，直接被人包了餃子，十死無生！
正因為如此，革命黨人頗費躊躇。第四十三混成協第85標標統黃國梁、第86標代理標統喬煦等一方面和陸鍾琦軟磨硬泡討價還價，希望能先發部分子彈，另一方面他們緊鑼密鼓地準備發動起義。就在這個時候，閻錫山帶著第四十四混成協第88標抵達了太原。
陸鍾琦和陝甘總督長庚一樣，單純地認為外省過路新軍比本地原產貨更可靠，還想借閻錫山的兵威來威迫黃國梁、喬煦等人早日調離太原。殊不知，黃國梁和閻錫山是日本陸軍士官學校的同學，好到穿一條褲子。陸鍾琦的借勢之舉完全是引狼入室。閻錫山表面上聲色俱厲逼迫第四十三混成協早日上路，暗地裡卻早已與黃國梁、喬煦、姚以價等人打成一片。
當然，閻錫山也不會單純把希望寄托在山西新軍身上，他在和山西革命黨密謀的同時，自己也抓緊時間收編各地前來報名的學生軍。不知是他閻錫山影響力不夠，還是太原實在太偏僻，他通過同鄉、同學、同事等關係，很快利用山西本土青年編了兩個營；但學生來此報名的並沒多少，到十月底才剛剛把第88標滿編。
太原與洛陽之間每日有往來電報，互通消息，聽說洛陽截止十月底已經有超過五千名學生報名，閻錫山在感慨良多的同時，心中也若有所思。
到11月5日的時候，第85、第86兩標都已經離開太原，一個抵達百里外的柏井鋪，一個在八十里附近的雞鳴驛。陸鍾琦心中彷彿去了一塊大石，頓時覺得神清氣爽，吃飯也香了，睡覺也甜了，連平日食之無味、棄之可惜的老婆也眉清目秀起來。
這天是星期天，一大早閻錫山就帶著二三十人進城吃早點，隨後程子寅、張輝瓚、周蔭人、何成濬等也帶著手下從不同城門到了城裡。其餘學生兵則三三兩兩，形同閒遊，從早上到中午一直陸陸續續進城，進城後就順著僻靜街巷向指定的目標彙集。因為學生兵滿臉書卷氣，和學堂讀書的青年沒啥兩樣，根本沒有引起任何注意。
午後兩點，太原城吃三頓飯的有錢人已經吃飽喝足，準備午睡；吃兩頓飯的，則剛把碗筷端到桌上。學生們東一簇、西一簇齊聚在各個戰略要點附近，不待憲兵、巡警上前問話，就聽巡撫衙門口一聲槍響，眾人一齊摸出腰間藏著的擼子，大聲喊道：「驅除韃虜，恢複中華！」快步撲向向各個目標。
新軍走後，太原城內只有巡防馬隊營和三百多人的「旗衛護」，沒有任何警覺，多數是吃飽飯躺在炕上眯瞪。聞聽喊殺聲，反應快的都從後門溜走，慢的則繼續躺在炕上裝死，根本沒人反抗。
閻錫山帶著部分親信擊斃了巡撫衙門的門衛，一直闖到後院都沒再遇到任何阻攔。迎面撞見上房裡走出兩個老婆子，親信們衝天開了幾槍，惡狠狠地問：「說！巡撫在哪裡？」
兩個老婆子哪見過這種世面，早已癱坐在地上，一個顫聲說道：「軍、軍爺，奴婢沒見老爺的面！」另一個還算稍微鎮靜些：「巡撫大人早上去了藩台衙門，似乎還沒回來。」
兩人口供不一致，士兵們正準備動粗，這時從房裡走出一位身穿長袍的中年男子，邊扣衣服扣子邊說道：「各位，陸某自忖對大家不薄，何至於此？再說，我八月十五才來山西，接印還不到兩個月，對山西又有何壞處？」
話音未落，便有人喊道：「他便是陸鍾琦！」
一陣槍響，陸鍾琦渾身彈孔倒在血泊中，眼看不活了。
此時又從屋裡奔出一個穿著軍服、拄著長刀的年青軍官，厲聲喝問道：「你們這是幹什麼？」回答他的只有一陣亂槍，陸鍾琦長子陸光熙也倒在台階下，距離他父親的屍體不過兩三步地。
閻錫山看都沒看一眼，冷冷地命令道：「進屋搜搜，看看裡面還有什麼人！」
親信一擁而入，頃刻間屋裡便傳來翻箱倒櫃的聲音，其中還夾雜著婦女尖叫聲、孩童大哭聲。足足過了四五分鐘，親信終於從屋裡揪出一個老年婦人，她懷裡還抱著個哇哇大哭的小孩，看上去才不過三四歲。親信朝閻錫山拱手稟報道：「報告標統大人，這是韃子走狗陸鍾琦的妻子唐氏，還有她的孫子。請問如何處置？」
閻錫山點點頭沒有說話，轉身就往外走。
親信們面面相覷。其中有人道：「斬草不除根，春風吹又生。漢奸走狗全家都該死！」說完一槍把唐氏斃倒。其他人也有樣學樣，槍聲如炒豆般響起，孩子哭聲戛然而止。
之前那兩個老婆子，膽小的已經嚇得昏死過去，膽大的見狀也嚇得渾身篩糠，口中喃喃求饒道：「軍爺饒命！軍爺饒命！」
親信不屑地說道：「為漢奸走狗打掩護，也不是好東西！」說罷甩手一槍。片刻後，整個院落再無一個活口。閻錫山已經走到了門口，回頭冷聲說道：「都愣著幹什麼，還不趕快去藩台衙門？那裡可是咱們山西的錢袋子，不容絲毫閃失！」
太原城內的戰鬥只用了兩個小時就落下帷幕，此時第85、第86兩標正往回趕，還在半道上。
山西咨議局的各位議員都被閻錫山手下用槍「請」到巡撫府衙，此刻門口的血跡還沒來得及被擦乾，巡撫一家老小的屍體正陸陸續續往外運，看得各位議員心驚膽戰。
見議員們陸續到齊，閻錫山滿意地點點頭，上台大聲說道：「兄弟閻錫山，字百川，咱們山西代州五台人。光緒年間留學日本時，有幸得中山先生點撥提攜，加入同盟會，從此以革命為職志，矢志推翻滿清，恢複中華。回國以後，先後在太原等處聯絡同志，宣傳革命，又有幸得到山西父老的支持，在下不勝感激。如今閻某應天時、順民意，光復太原，實則有賴手下弟兄的用命，閻某不敢居功。如今中華民國山西軍政府成立在即，請咨議局議員群策群力，選出軍政府都督，一則儘快組建政府各部門，更好地為山西民眾服務；二則儘早光復全省各府縣，防止滿清韃虜反撲。」
閻錫山的致辭，從孫中山到山西父老、再到手下弟兄感謝了一個遍，卻沒有半個字提及孫元起，程子寅和張輝瓚不覺相互對視一眼，面色凝重。
閻錫山下台後，山西咨議局議長梁善濟被推上了講台，言不由衷地唱幾句高調。趁著這個機會，程子寅側身對邊上的閻錫山說道：「百川兄，山西軍政府選舉都督一事干係匪淺，我們是不是該先告知先生一下？即便不告知先生，也該知會趙協統他們吧？」
閻錫山似乎有些無可奈何：「閻某也知道茲事體大，只是現在太原剛剛光復，必須儘快粘貼安民告示。而且第四十三混成協的第85、第86兩標也正在往回趕，我們必須搶佔先機，才能致人而不致於人。所謂『事急從權』，閻某不得不如此，想來孫先生、趙協統也會明白閻某苦心的！」
梁善濟在台上說道：「……如今山西已經光復，應該乘機實現共和。我等推舉都督不妨採用投票的方法，從在場諸人中選出山西軍政府都督，既可以體現民心所向，也可以昭示軍政府的正統。」
閻錫山在山西招收的第一營營長張樹幟此時突然從台下跳上台，用肩膀把梁善濟推到身後，大聲叫道：「我等要選閻百川為大都督！不用選票，用舉手表決！」說罷，率先舉起左手。
諸位議員還在遲疑張望，閻錫山在山西招收的第二營營長周玳在台下猛然起身，掏出腰間擼子狠狠拍在桌上，眼睛掃視各位議員，一字一頓地說道：「贊成的舉手！」