孫元起突然想起，前天見康格先生的時候，好像說起今天駐北京的各國公使將要舉行會議，決定是否以『保護使館』為名，聯合出兵北京。也就是說，外國干涉即將到來，局勢將惡化到不可收拾的地步。恐怕此時不走，再想走就來不及了！
平日里，孫元起是個優柔寡斷的人。但有重大決定的時候，卻絕對稱得上是雷厲風行。當下，先讓老佟去京師大學堂給自己請假，其實這只是走個過場。因為義和團一鬧，京師大學堂肯定停辦。這一停，就得到1902年全國情勢轉好後才能重新開張，這也是為什麼中國很多大學都是1902年建校的緣故。
讓老鄭去崇實中學給自己請假，順便去前門火車站買了明天去天津的車票；老趙幫忙收拾屋子，把一些緊要的東西收拾進一件空屋子，鎖好門。又讓老趙家的、老鄭家的幫自己收拾衣物、日用品。自己則去電報局，分別給美國的耶魯大學、MIT、化學會，加拿大的盧瑟福發電報，表示自己6月份將到美洲。
三家人都不知道孫元起幹什麼，只好按照吩咐去做。學生們有的在給小學堂上課，有的在整理、編寫教材，有的在溫習功課，尚不知道外面的變故。
等到了下午，孫元起先召集齊物理傳習所的學生，對他們說：「你們都知道，現在外面在鬧義和團，京畿一帶形勢變幻莫測。義和團的口號是『扶清滅洋』，『扶清』，這就不用說了；『滅洋』，不單純是消滅洋人、剷除洋教，還包括所有來自西方的物品，比如鐵路、比如電線。在這種環境里，恐怕科學知識傳播，包括物理，會受到較大的影響。形勢不穩，加上美國的一些大學相邀，我可能暫時出國一段時間。所以物理傳習所恐怕要——」
下面的學生都驚呆了，一個個目瞪口呆。過了半晌，陳驥德才問道：「那先生，你還回來了？」
「會回來的！」在學生急切的目光里，孫元起非常肯定地點點頭。
「那要多久？」周宗武迫不及待地問。
多久？孫元起也不知道義和團到底堅持了多久，不過既然叫「庚子國變」，那麼多數不會鬧到1901年吧？思忖一會兒，回答道：「少則半年，多則一載。」
韓蘧、張純他們才算放下心。
顧之麟答道：「先生，您就放心去吧。我們留在這裡，和師弟們一起溫習以前的功課就行，還可以教教小學堂。我們不會讓傳習所關門的！」
「對，我們不會讓傳習所關門的！」學生們紛紛叫道。
孫元起鼻子有些發酸，過了好久，才說道：「你們這些學生，在這個風雨飄搖的時代里，還能夠喜歡科學，尤其是物理，作為老師，我倍感欣慰。中國的進步和發展，就寄希望於你們了！只是，我這個老師不稱職，卻要提前出走。我，我，對不起你們啊。」說著，沖學生鞠了一躬。
那群學生頓時手忙腳亂，好幾個都跪倒在地上。
劉斌帶著鼻音：「先生，你就安心地去吧，這裡有我們呢！」
還沒說完，後腦勺挨了陳驥德一巴掌：「咋說話呢！」
孫元起又諄諄告誡他們：在緊要時期，不要輕易出門；家裡準備好糧食和日用品；生命第一，必要時放棄財產；緊迫時，可以進入美國公使館避難，只要說是YorkJohnson的親友即可；不要放棄學習，我會從美國給你們寄送教科書的……
說了一番，孫元起才離開屋子。小學堂的事兒就不用管了，反正有物理傳習所的學生教他們，學生又都是院子里的，教材也有。接著，又叫老佟、老趙、老鄭三家人過來，告訴他們自己最近要出國去。
這三家人和那群學生一樣，都慌了手腳。尤其是老佟，頓時眼淚就下來了：「孫先生，您老可千萬不要扔下老佟不管啊……」
老佟一嗓子嚎開，老趙家的、老鄭家的眼淚也下來了，哭得咿咿呀呀的。老趙也時不時地拿袖子擦眼角，老鄭則耷拉著一張臉，在一旁唉聲嘆氣。
孫元起只好哄他們：「哭什麼，哭什麼……哎呀，我只是去幾個月就回來啦！你看看，我又不是一走不回來，你們哭什麼呀？」
老佟這才止住哭：「孫先生，你這一去，到底要多久？你說實話，可不能騙咱老佟啊。」
「少則半年，多則一載。」孫元起答道，「糧食、油鹽醬醋什麼的，我都讓你們買好了。這外面不太平，你們也少往外面去。這些東西，你們都儘管用，就是注意別放壞了。」
三家人都低聲回答：「知道了！」
「外面真要鬧起來，這柴米油鹽的價格可定往上漲，你們如果有親朋好友，能接濟就接濟點。但不要給得太多，這不是吝嗇，主要是怕有人起了歹心，反而不好。如果真有什麼不測，這院子丟了也就丟了，關鍵要人好好的。實在不行，你們就去美國公使館，老佟認識那個美國公使，你跟他說，你們就是我的親友，他們就讓你進去了……」孫元起仔細地說了幾點能想到，最後，自己都覺得自己有些碎碎叨叨的。
老佟他們都點點頭，表示記下了。
說完，孫元起從口袋裡掏出六張一百兩銀票，這是《Sce》剛寄給自己的稿酬，準備給每家分兩張：「我要走一段時間，怕你們手頭拮据，先給你們一些花著，不夠，回來再補。」
三家人都連連推脫：「孫先生，你還是自己留著吧！」
「是啊，在家千日好，出門一時難。我們在家的窮不著！」
「孫先生，你給俺們吃的、用的都準備好了，還花什麼錢？」
……
老趙、老趙兩家都逃也似的跑出門去，只有老佟年齡大了沒走脫，被孫元起逮住。老佟一看孫元起要往自己身上塞錢，眼淚又下來了：「孫先生，老佟承您的情還少么？你給的錢，還剩不少，如何再要你的錢！你這是去蠻夷之國，身上沒錢怎麼行？我今天要是拿了您的錢，出門就得挨雷劈啊！」
孫元起看老佟死活不要，只好騙他：「要不這樣，這錢你先拿著——不要推辭，你聽我說！你看，我們這兒不是辦學堂么，學生不少，可書沒幾本。學堂哪能沒書呢？這世道不太平，書本肯定不值錢，等著什麼時候便宜，你去給我買一些回來，給學生們看，越多越好！這些錢，就是買書的錢。你看，中不中？」
這麼說，老佟才接燙手山芋一樣，接過那六張銀票。
出國之事，宜早不宜遲。孫元起第二天就打算動身，雖然身上只有不到兩千兩銀子，心裡並不覺得怵：身無分文來到大清都沒有餓死，如今有了那麼多錢，還哪兒不能去的？莫不是「初生牛犢不怕虎，長了犄角反怕狼」？
第二天一大早，院子里就忙起來。老趙家的、老鄭家的從昨晚上就開始拾掇包餃子，說是「出門餃子進門面」，吃餃子，圖的是「彎彎順」。老趙、老鄭忙著殺雞、煮肉。不知道的，還以為過年呢。
物理傳習所的學生也來了。一起吃了飯，老趙早雇了兩輛大車候在門外，搬上行李。這時候，不知怎麼，孫家鼐老大人府上得知了消息，送來了一份「程儀」，整整五百兩。孫元起也沒有推辭。
韓蘧、顧之麟他們本來要送孫元起上火車。孫元起搖搖頭：「你們都回去上課吧！這樣，我走也放心。」學生拗不過老師，只好送到門口。等孫元起上了馬車，學生們都跪在身後。孫元起沖他們揮了揮手，馬車開始向前走。不知是趙景惠還是宋景堯哭出了第一聲，頓時後面一片嗚咽。坐在車上的孫元起就聽見劉斌大聲喊道：「先生，你可早些回來呀！」
老佟、老鄭和孫元起坐在一輛大車上，聽了後面的哭喊聲，都感嘆說：「瞧瞧那群學生，就知道孫先生是個大好人哪！」
孫元起想起後世相聲里的一個笑話，便說出來：「有個人去世，聽到消息，街坊鄰居哭成一片：『這麼好的人啊，死晚了！』」
老佟、老鄭聽了，噗嗤一笑，黯然的別離氛圍頓時沖淡了不少。
1900年5月29日，孫元起踏上了開往天津的火車，同日到達目的地。然後買票，準備在6月2日搭乘「傑拉爾德號」郵輪，遠渡重洋。
就在第二天，1900年5月30日，軍機大臣、刑部尚書、兼管順天府事趙舒翹，順天府尹何乃瑩上奏說：「拳會蔓延，誅不勝誅，不如撫而用之，統以將帥，編入行伍，因其仇教之心，用作果敢之氣，化私忿而為公義，緩急可恃，似亦因勢利導之一法。」這樣的意見，代表了當時一部分頑固大臣的主張，他們想利用義和團的力量來對付外國侵略者。然而湖廣總督張之洞、兩江總督劉坤一、直隸總督裕祿等，卻連電清廷，主張加緊鎮壓拳民，以免列強幹預。
同日，各國軍隊以保護使館的名義，由天津陸續開抵北京，進駐東交民巷。到6月8日為止，約數千人的軍隊到達北京。為了阻止侵略軍繼續進駐北京，義和團開始拆毀京津鐵路，切斷京津電報線，並與前來鎮壓的清軍發生激戰。此時，在大沽口外已集結了俄、英、日、美、法等國的24艘軍