年就是這麼回事兒，吃吃喝喝就過去了。
過了正月十五元宵節，這年算是正式過完，京師大學堂、崇實中學、院內的小學堂都先後開學，孫元起又開始了三個學校來回奔波的生活。
商務印書館的客人在送別的時候，「建議」孫元起加快編寫教科書的速度，因為現在還沒有一套完整的現代化的教材，孫元起這一套算是開了先河，各類中、小學堂反應強烈。這時候，對後繼教材的需求就有一定的迫切性，畢竟學生一年一年地在成長，時間不等人！
孫元起也覺得，既然自己有能力讓現在的學生接觸更新更好的教材，為什麼不努力一些，影響和改變更多人的人生呢？畢竟，這種影響和改變是具有積極意義的。如今，寄給《Sce》的論文還沒有迴音，學界對於論文的理解和消化還需要一段時間。利用這個時間，加上崇實中學三年級那些新拜師的學生，編寫教材的速度應該可以達到商務印書館的期待值吧？
自從過了年，孫元起一直處於不安的狀態。因為過了春節，就是庚子年，著名的義和團運動便爆發於此年，最終導致了「庚子國變」。
本來，孫元起也不太關心政治，自己就是一個普通人，那個層面的東西離自己的生活實在太遠。但義和團運動是一場全民的運動，尤其是在華北地區，它更是波及了上至皇帝、太后，下至平民百姓的大部分人群，幾萬乃至幾十萬人在這場運動中喪生。從長遠角度來說，它影響了中國近現代歷史發展的進程。孫元起作為芸芸眾生中的一員，自忖難以在這場運動中獲得一個明哲保身的機會。
作為一個理科生，孫元起對義和團運動的了解，只局限於前世中學歷史課本所描寫的片段，間或夾雜著《神鞭》等影視作品的描述，覺得那是一場聲勢浩大的「反帝國主義戰爭」。印象中，前世中學歷史課本上有一面義和團的三角旗，上面寫著四個大字——「扶清滅洋」。
在以前，或許他會和其他人一樣，同情義和團，仇視洋人、仇視外國傳教士，認為他們是帝國主義侵略中國的幫凶。但自打來清朝以後，先後接受康格先生一家、丁韙良大人、盧瑟福等人的幫助，覺得洋人和中國人並沒有兩樣，都是既有壞人也有好人的。「滅洋」，就是殺光洋人，那麼康格先生一家、丁韙良大人都屬於被消滅的對象。這樣對么？
而且，自己呢？中國人最清楚「攘外必先安內」的道理，而且比起恨洋人，更恨「漢奸」「二鬼子」！自己在旁人眼中，毫無疑問屬於「二鬼子」吧！所以自己現在的境遇，就像溫水中的青蛙，在不經意間，一步步逼近死亡。
對死的恐懼，對生的渴望，迫使孫元起不得不關心眼下的局勢。春節之後，每天他都會讓老佟出去打探消息。老佟畢竟是土生土長的北京人，還是八旗子弟，在京城五城九門，絕對的一個「地頭蛇」，出去轉一圈，見幾位熟人，喝喝茶，聊聊天，北京城的大風小事，便門兒清了。
最初，老佟對於這項「業務」還很是好奇，不知孫先生有何打算。只見他每日給自己一點零錢，讓自己出去打探消息，然後回來說給他聽。便開始亂猜：這是孫先生想聽著解悶呢？還是想打聽什麼事兒呢？難道是怕自己悶著，給自己一個消遣的法子？
不過，孫元起對老佟確實沒說的，供吃供喝供住供花銷，還免費給他教孫子。孫元起吩咐他去打聽消息，問都不問，就出門了。這樣，每天孫元起都能聽到清末版新聞聯播：從太后懿旨，到軍機糾紛；從水旱災荒，到柴米油鹽；從京劇名角，到青樓頭牌……
如是半個月，孫元起也沒有得到什麼有用的消息。孫元起只好指示老佟打探的大方向：最好打聽一下北京人最近有什麼大的活動，比如，有沒有人結社集會、組織練拳什麼的。
果然，在農曆二月底（西曆3月底）的時候，老佟回來告訴孫元起一個不起眼的消息：在東單牌樓西裱褙衚衕于謙祠內，出現了一個義和團壇口。
聽了這個消息，孫元起渾身一激靈，感覺有冷氣從腳底直衝頭頂：看來，歷史還是固執地按照劇本往前發展啊！當下，連忙指示老佟：一定要注意打探這方面的消息！
老佟不明白孫元起為什麼要關注這方面的事情，不過看孫元起一臉凝重，知道這事兒恐怕不像自己想像那麼簡單，所以乾脆地答應了。
又過幾天，老佟回來時，手裡捏著一張紙，急急忙忙來物理講習所找孫元起：「孫先生，您看看這是什麼？」
孫元起急忙接過來，一看，卻是一張揭帖，上面寫著：「最恨和約，誤國殃民，上行下效，民冤不伸，原忍至今，羽翼洋人，趨炎附勢，肆虐同群……」連忙問：「老佟，這是從哪裡得來的？」
老佟顧不得喘勻氣，就達到：「從西什庫教堂的牆上揭下來的！據說，現在北京城的教堂上都貼了這個，據說三月底要與教堂為難，還說，要殺盡洋鬼子呢！」
孫元起的臉色有些發白。
旁邊的學生聽到聲響，都圍過來。劉斌是直隸人，似乎對孫元起手裡的那張紙很熟悉：「哦，先生，您拿的不是義和拳的揭帖么？」
顧之麟、陳驥德都點點頭，表示贊成劉斌的說法。
「你們也知道義和拳？」孫元起抬起頭。
「自然！」陳驥德答道，「春節回家的時候，發現保定府處處都有人設場練拳。有些地方，夜聚明散，練習秘法，說是要年前年後起事，毀洋教，滅洋人呢！」
顧之麟是滄州人，知道得更多，補充道：「嗯！我回家的時候也發覺了，遍地都有人在練拳呢。這些人，主要是種田的。據說，跟著師傅練拳，少則1天，多則103天，便可習會。練得拳法後，即可降神附體。降神時，好像是羊角風發作一般，面紅眼直，口噴白沫，飛拳踢腳，力氣極大，可以刀槍不入。所降之神，有關二爺、張飛、孫大聖、豬八戒……」
旁邊的幾個人聽得如痴如醉，老佟還念叨：「可以刀槍不入啊！真是神了……」
孫元起叱道：「怎麼，你們也相信這鬼話？」
顧之麟連忙分辨道：「學生自是不信的，只是外界傳聞如此。」
「你們哪……」孫元起情不自禁地嘆口氣，「思考問題要用腦子呢！所謂的降神，不過是催眠罷了。催眠，上《心理學》的時候，你們沒有學過么？如何此時全忘了？還有，他們降神的孫大聖、豬八戒，不過是《西遊記》中虛構的人物，就好比《紅樓夢》中的林黛玉、薛寶釵，天上、地下哪裡尋去？……對於這種道聽途說的無稽之談，你們應該不信、不傳！」
學生們和老佟都躬身說「是」。
儘管如此，情勢還是急轉直下。農曆三、四月間，北京就有人聚在一塊練習拳棒，不過這些人都是衚衕里不懂事的孩子以及幾個不安分的閑人。等到了四月底，從直隸、山東來的拳民遍布北京城，有的人穿著紅肚兜、紅腿帶、紅巾裹兩手，頭扎紅巾，內藏符咒；有的則是黃色的；間或有人穿著紅色，頭上卻扎著黑巾，號稱「黑團」，據說這種人最為厲害。這些拳民公然在街上設壇練拳，橫行無忌。
為此，清政府曾下「認真查禁」的上諭：「近聞京城內外，奸民以拳會為名，到處張貼揭帖，搖惑民心，事關交涉，深恐釀成釁端。應如何防範查禁之處，著步軍統領衙門、順天府、五城御吏會同妥議章程，迅速辦理。」然而義和團在北京發展得很快，這道諭令已經變成了一紙空文。
孫元起知道此時已經事不可為，便取出自己的存錢，大約兩千多兩銀子，開始未雨綢繆。
先分出四百兩給老趙和老鄭，囑咐他們出去買糧食和各種生活用品。這戰亂一起，誰知道什麼時候結束？戰亂可以曠日持久，但肚子卻不能一日空著。尤其是這個院子里有十多口人，「手中有糧，心中不慌」。所以，當務之急是準備好糧食和各種日用品。
老趙從來沒見過那麼多錢，說話都結巴了：「先生，這些銀票，可買不老少糧食呢，都夠俺們吃三四年的啦！一口氣買那麼多，只怕存不住，霉爛了！」
孫元起也不解釋，只是讓他不用擔心，儘管買就是。
接著，把自己的一些緊要東西收起來，有些就直接在書房裡挖個大坑，埋了進去。上面再擺上書架。自春節以來，孫元起給自己院子里學生的上課速度明顯加快，編書速度也提速不少。一方面，學生少，有問題也可以迅速解決；一方面，日子也在漸漸變長，上課時間跟著加長，學生自然無話，學生家長更是歡欣鼓舞，認為孫先生是盡心儘力。只是這樣，忙了編寫教材的學生。不過，加上崇實中學新來的學生，人多力量大，倒不是太苦。到了農曆四月底（西曆5月底）的時候，小學堂的各科教材已經編到五年級上學期，而《中等物理教科書》、《中等化學教科書》、《中等數學教科書》第三冊已經編完，著手編著第四冊了。孫元起用拍電報的方式通知商務印書館，讓他們儘快來取。
等這些都忙完了，孫元起先去拜訪丁韙良先生