孫元起儘管很忙，但在1899年的聖誕節前，還是努力抽空拜訪了丁韙良大人和康格公使。
丁韙良是一如既往的和藹，也是一如既往的嘮叨。見了孫元起，就抱怨他那麼久不來探望自己，又對京師大學堂的管理髮一通牢騷。在抱怨和牢騷中，孫元起感受到這位老人的慈祥和善良。老人極力挽留孫元起和他共進午餐。在告別時，還叮囑以後一定要經常來。
至於康格公使，見面就是一個擁抱。康格太太在握手後，笑著說：「我們收到了Tomy來信，他在信中極力稱讚你做出的突出成績呢。」
康格先生拍著孫元起的肩膀：「這一年多以來，你一直過著隱士般的生活，所以才能取得這麼優秀的成績。你要知道，在你出名之後，很多人都在打探YorkJohnson是誰，這是外交官們樂此不疲的話題。儘管沒有誰比我們還知道答案，但我們一直保持緘默。保守秘密是我的操守，無論作為軍人，還是外交官。」
孫元起連番感謝。
在農曆新年快要到來的時候，孫元起的論文終於攢好，論文名字就叫做《論動體的電動力學以及質量與能量的關係》。論文共分為三個部分：
第一部分是運動學部分，先把相對性原理和光速不變原理共同作為基本公設和出發點。從兩個基本原理出發，推導出了著名的洛倫茲變換方程。同時，還導出了運動剛體的「長度收縮」、運動時鐘的「時間膨脹」效應和速度的「加法定理」，把空間、時間同物質運動密切聯繫起來，揭示了空間和時間的相對性。
第二部分是把導出的洛倫茲變換方程組應用於電動力學，認為電磁場方程在不同的慣性系中具有相同的形式。因此，「只有作為電力和磁力的載體的光以太的觀念不再適合於這裡提出的理論」，即以太不存在。文中，還解決了把經典麥克斯韋方程應用於法拉第電磁感應實驗所引起的不對稱問題，探討了多普勒原理和光行差的理論等。
第三部分則是推導出了赫赫有名的質能方程E=mc2，把質量守恆定律與能量轉化和守恆定理統一起來。這就是導致原子彈、氫彈等核武器的理論依據。文中，設計了用鐳—溴化物微粒發出的β射線進行證明的實驗方案。
雖然說起來很簡單，真正落到紙面上的時候，需要嚴密的推導和嚴格的證明。所以論文很冗長，所幸沒有超過之前的《光電效應：從現象到本質》。在春節到來之前，把它作為新春禮物，寄給了《Sce》。如今，後世牛氣哄哄的《Sce》已成為孫元起的後花園，幾乎是想什麼時候發文就什麼時候發。
然後，春節就來了。
春節是中國人最重視的節日，所以學堂裡面的學生都已經放假。顧之麟、陳驥德、劉斌都是直隸人，回去最早。韓蘧、周宗武、張純家在北京城，臘月二十八還相約跑來孫元起的院子里轉了一圈。至於小學堂中，佟景仁、佟景智、佟景聖以及「孫家五少」則是「各回各家，各找各媽」。院子里頓時空閑不少。
老佟儼然以管家自居，指揮著老趙、老鄭兩家忙東忙西。孫元起這一年的薪水攢下不少，足夠過個肥年。或許是過年、或者得意的緣故，老佟吆喝得是眉飛色舞。
大年初一一大早，老佟就領著另外兩家人到孫元起住處拜年，大大小小的跪了一地。孫元起趕緊讓大家起來，人人都有壓歲錢。看著五六個孩子都能認識幾個字，心裡的憂鬱也減輕些：我來到這裡，畢竟是改變了一些人的命運！
過了大年初一，開始挨家挨戶地拜年。孫元起來大清已經一年有半，因為一直閉門著書，也不認識幾個人，想來就是孫家鼐老大人、丁韙良大人、康格公使三家，其他的沒了。兩個洋人，走走過場就行；孫家鼐老大人那裡，年前拜訪過一次，如今再去，恐怕拜客盈門，到正月十五都輪不上自己呢！
大年初二，老佟回去了，估計是去他哥哥那裡。老鄭一家也出去串門了。老趙一家是逃荒過來的，在京城沒有親朋好友。這樣，老趙家的帶著趙景惠、宋景堯在準備午飯。老趙，還有趙景行、趙景范兩個小子，陪著孫元起有一句沒一句的聊天。
這時候，門外傳來一陣鞭炮聲。老趙趕忙起身，出去看看究竟是怎麼回事。還沒走到門口，就看見韓蘧、周宗武他們領著一群人進了門。他們也不和老趙客氣，打了招呼便往院子里走，一點兒都不生分。
孫元起閑著沒什麼事兒，看著老趙出去，自己也起身跟在後面，恰好看到那群學生闖進院子。這群學生，孫元起都認識，除了韓蘧、張純、周宗武，剩下那六七個學生都是崇實中學三年級的學生，韓蘧他們的學弟。怪不得能一塊來。
學生們見了孫元起，都連忙走快幾步，撩起棉袍，就跪倒一片。幸好過年這幾天沒有雨雪，老趙年前也打掃得乾淨，不然，這麼多件新整的衣服就遭踐了。
孫元起連忙讓他們起來：「都起來吧！大過年的，我們不講那些虛禮！」
韓蘧、張純、周宗武他們仨倒是起來了，其他人還跪著不動。
孫元起奇道：「怎麼，還要壓歲錢么？」
韓蘧笑嘻嘻地來到孫元起身邊，看著那些師弟，說道：「先生，他們可不像我們仨光是拜年！」
「那還幹什麼？」孫元起掃射一眼這群跪地不起的少年。
「拜師唄！」周宗武、張純在一旁擠眉弄眼，齊聲說道。
「拜師？」孫元起明白了，他們是沖著「物理傳習所」來的，怪不得兩撥人一起呢。「你們不是還沒畢業嘛？著什麼急啊？都趕緊起來！」
張純說：「先生，你要不答應，他們可不起來的。」
幾個跪著的學生也參差地說：「要是不答應，就不起來！」
孫元起只好答應：「那好，你們起來吧！」
那幾個學生歡呼一聲，磕了個頭，都跳起來。其中一個孫元起認識，叫潘咸，沖著身邊的同學說道：「剛才可是我最先跪倒的，我是大師兄！」
韓蘧頓時不樂意了：「鹹菜！你是大師兄，那我是什麼？」
那潘咸頓時躬下腰，一溜煙地跑到韓蘧面前：「您是我們的大師兄，我是他們的大師兄……」
周宗武就在旁邊：「扯淡！告訴你，韓蘧，大師兄。我，二師兄，張純，三師兄。你？」
潘咸介面道：「那我是四師兄？」
「球！你是那白龍馬！」張純沒好氣地說。
院子裡面一陣笑聲。
又過了五六日，老佟帶著他的三個侄孫回來了——不，是兩個侄孫，一個孫子。據老佟說，他哥哥已經答應把最小的孫子佟景聖過繼給他，如今，他不再是「孤家寡人」。也就是說，院子里，孤家寡人就只有孫元起一個。老佟好幾次隱晦地暗示孫元起，是時候給家裡找個「主母」了。這個問題，孫元起不是沒想過，可是一來在大清人生地不熟，根本就沒遇到幾個女性。這個時代的少女，都躲在各式的深閨淺閨中了。像趙景惠、宋景堯、鄭景懿這種能和男孩子一塊兒坐到教室里聽課的，大清國中幾乎沒有。二來孫元起在孫家鼐大人的府上，見過幾次所謂的大家閨秀，一個個腳丫子裹得像個錐子，走路都在搖擺，看得孫元起心中發毛：難道自己要娶個這樣的媳婦？別說能不能交流溝通，這完全就是生理畸形嘛！於是，孫元起徹底打消了這個念頭。
老佟正跟孫元起彙報這幾日衣錦還鄉的歷程呢，好久不見的胡勛、左功先、曾廣錫、李國秉四兄弟領著兩個陌生人前來拜年。
相互見禮拜年之後，胡勛向孫元起介紹道：「這二位，是上海商務印書館的石先生和殷先生。先生給學生的幾本著述，就是拜託他們印製的。」說著，就從隨身的包裹中取出一大摞書，呈遞給孫元起。
孫元起接過來，大致翻閱了一下，最先是《教育學大綱》、《心理學大綱》、《教學方法論》，接著是《中等物理教科書》、《中等化學教科書》、《中等數學教科書》，最下面卻是《初等物理教科書》六冊。這六冊書，本來是京師大學堂刊印作學生教材的，孫元起給崇實中學新一級學生上課都沒有辦法，只好從京師大學堂要了兩套，分給學生傳抄。現在看時，卻是從京師大學堂刊印本翻印的，也不知道侵權不侵權。然後，說道：「印得很是不錯。子實、執中、厚臣、君衡，辛苦你們了！石先生、殷先生，你們的工作很好！」
六個人都躬身說道：「不敢當！」
那個姓石的中年人笑容可掬地說：「在孫先生面前，我們可當不起『先生』這個稱呼！」
同行姓殷的則是為青年人，現在面上還有一絲驚訝：「沒見到孫先生之前，我們拜讀先生的幾種講義和教科書，以為孫先生著述等身，定然是位皓首窮經的長者。沒想到，孫先生居然這麼年青，真真是沒想到！」
李國秉斜覷了那位姓殷的一眼：「我們孫先生雖然年青，學問確實極好的，不要說在大清了，就是——」
「就是以後見了洋人的教材，也定然不及